全基因组选择信号揭示绒山羊绒毛性状相关的候选基因

发布时间：2021-01-22 21:02

　　旨在对辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊的基因组选择信号进行筛选。本研究利用Illumina 50K的山羊芯片,对内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊和黄淮山羊进行基因型检测,质控后获得50 010个共同SNPs位点。通过群体分化系数Fst和XP-EHH,以黄淮山羊为参考群体分别对内蒙古绒山羊和辽宁绒山羊进行选择信号检测,Fst和XP-EHH值的top 5%作为阈值。结果,利用Fst在绒山羊基因组中筛选到501个候选基因,利用XP-EHH在绒山羊基因组中筛选到145个候选基因。其中有12个SNPs在绒山羊基因组中受到较强选择。通过基因注释筛选到21个候选基因,包括EXOC4、ASIC2、PCDH9、RHBDD1、IRS1和PDE10A等。这些基因主要富集在PI3K-Akt信号通路、蛋白质消化吸收和松弛素信号通路等。研究结果发现,绒山羊在驯化过程中其基因组很多与毛囊相关的基因受到了强烈的选择。这些发现也有助于更好地了解绒山羊的选择进展,为中国绒山羊品种的种质资源保护和利用提供重要参考。 

【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(12)北大核心

【文章页数】：10 页

【部分图文】：

3个山羊品种的主成分分析

用Genepop4.2.2软件对质控后的50 010个SNPs位点进行计算,得到3个群体之间所有成对的遗传分化指数Fst值。并绘制了绒山羊与非绒山羊两个群体间每个位点的Fst值经验分布图,见图2所示。有很多位点位于Fst分布的尾端(Fst>0.25),表明绒山羊与非绒山羊之间存在很强的群体分化。在全基因组水平分别取内蒙古绒山羊和辽宁绒山羊前5%的SNPs作为受选择位点,分别有2 400个(Fst值>0.281 5)和2 396个(Fst值> 0.321 1)SNPs位点高于阈值线。2.2.2 XP-EHH分析

将HHG作为参考群体,两个绒山羊品种分别作为试验群体,对绒山羊和非绒山羊群体进行选择信号分析。其中内蒙古绒山羊和辽宁绒山羊XP-EHH值的频率分布直方图见图3和图4,可以看出,绒山羊与非绒山羊群体间XP-EHH统计量近似服从正态分布。取前5%作为绒山羊群体中受选择的SNPs位点,分别有2 446(XP-EHH值>1.157 6)和2 445(XP-EHH值>1.451 2)个SNPs位点高于阈值线。图4 辽宁绒山羊与黄淮山羊的XP-EHH频数分布

【参考文献】：
期刊论文
[1]Effects of melatonin implantation on cashmere yield,fibre characteristics,duration of cashmere growth as well as growth and reproductive performance of Inner Mongolian cashmere goats[J]. Chunhui Duan,Jianhai Xu,Changmian Sun,Zhihai Jia,Wei Zhang.  Journal of Animal Science and Biotechnology. 2015(04)



本文编号：2993896