Fis蛋白在沙门氏菌中的全局调控网络及其对致病岛的调控机制研究
发布时间：2021-02-15 02:46
沙门氏菌是一类革兰氏阴性致病菌,可以导致小鼠,小牛,鸡和猪的系统性疾病,而且也可以潜伏在家禽和成年牛的体内,在人体内,会导致肠胃炎,包括发烧,腹泻和腹痛。沙门氏菌的致病性主要由鞭毛,菌毛和沙门氏菌致病岛基因决定。沙门氏菌Typhimurium LT2的致病岛主要包括五个致病岛,其中沙门氏菌感染宿主的侵染能力主要是由SPI-1来介导的。SPI-1编码一个三型分泌系统,可以形成一个将细菌效应蛋白注射入宿主细胞质的针状复合体结构。SPI-1分泌效应蛋白可以导致宿主细胞内的许多生理学改变,包括肌动蛋白重排导致的吞噬细菌。沙门氏菌Typhimurium LT2的SPI-2是沙门氏菌在宿主细胞内复制和系统性感染小鼠必须的。SPI-2编码的三型分泌系统运送的效应蛋白,通过改变细胞成分,包括细胞支架结构,信号传导途径,囊泡运输,来促进沙门氏菌在宿主细胞的生存和复制。在细菌中,核酸结合蛋白Fis是一个全局调控因子,可以参与到基因组结构与基因调控等过程。Fis蛋白是同源二聚体结构,在对数期大量表达,在对数早期,Fis在细胞内拷贝数高达50000,然后逐渐减少。之前的研究认为,Fis抑制转录的起始,主要是通...
【文章来源】：南开大学天津市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：178 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 引言
第一节 沙门氏菌的研究现状
1.1.1 沙门氏菌的生物学特征及分类
1.1.2 多重抗药性沙门氏菌的威胁
1.1.3 沙门氏菌的致病性及致病机制
1.1.4 钴胺素在沙门氏菌中的合成
第二节 高通量测序与转录组学
1.2.1 RNA
1.2.2 高通量测序技术
第三节 原核转录组研究现况
1.3.1 转录组研究方法
1.3.2 转录组的复杂性
1.3.3 宏转录组
第四节 核酸结合蛋白FIS的研究背景
1.4.1 核酸结合蛋白
1.4.2 Fis蛋白
1.4.3 Fis影响沙门氏菌与大肠杆菌的DNA超螺旋化
1.4.4 Fis蛋白在转录调控中的作用
1.4.5 Fis蛋白在基因组上结合位点的研究进展
第五节 本课题的研究内容及意义
第二章 材料与方法
第一节 实验材料
2.1.1 菌株与细胞株
2.1.2 基因组与引物
2.1.3 仪器和设备
2.1.4 试剂及试剂盒
第二节 实验方法
2.2.1 细菌培养
2.2.2 基因克隆,敲除与插入
2.2.3 RT-PCR
2.2.4 染色体免疫共沉淀（ChIP-Seq）样品制备
2.2.5 转录组测序样品制备
2.2.6 文库构建与测序
2.2.7 细胞侵染实验
2.2.8 胶迁移实验
2.2.9 预测的sRNA 5’末端测定
2.2.10 生物信息学分析
第三章 实验结果与讨论
第一节 FIS在沙门氏菌中结合位点分析
3.1.1 测序数据
3.1.2 结合位点特征 #,92
3.1.3 统计motif
3.1.4 与大肠杆菌差异
第二节 对数中期转录组测序及FIS调控网络分析
3.2.1 转录组测序结果
3.2.2 Fis转录调控基因COG分类
3.2.3 Fis转录调控基因与已报道数据比较
3.2.4 调控网络分析
3.2.5 Fis蛋白调控沙门氏菌LT2毒性的机制
第三节 FIS对沙门氏菌致病岛基因的调控机制
3.3.1 Fis蛋白在沙门氏菌致病岛上的结合位点
3.3.2 Fis蛋白调控致病岛基因的分子机制
第四节 FIS蛋白在对数早期调控基因
3.4.1 对数早期Fis的调控基因
3.4.2 对数早期和中期Fis调控基因的比较
3.4.3 对数早期Fis调控基因与已报道基因的比较
第五节 预测SRNA及验证
3.5.1 预测sRNA的标准
3.5.2 对数早期转录组中预测的sRNA
3.5.3 对数中期转录组中预测的sRNA
3.5.4 实验验证预测的sRNA
第四章 结论
参考文献
致谢
个人简历 在学期间发表的学术论文与研究成果
【参考文献】：
期刊论文
[1]减毒鼠伤寒沙门菌体内定位分析[J]. 张辉,胡茂志,顾志强,焦新安,耿士忠,张晓明,潘志明. 微生物学报. 2008(01)
博士论文
[1]基于RNA-Seq技术的米曲霉RIB40转录组学研究[D]. 王斌.华南理工大学 2010
硕士论文
[1]基于RNA-seq测序的梅花转录组分析[D]. 石文芳.北京林业大学 2012
[2]基于RNA-Seq技术的人转录组分析研究[D]. 陈超.中南大学 2011
本文编号：3034292
【文章来源】：南开大学天津市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：178 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 引言
第一节 沙门氏菌的研究现状
1.1.1 沙门氏菌的生物学特征及分类
1.1.2 多重抗药性沙门氏菌的威胁
1.1.3 沙门氏菌的致病性及致病机制
1.1.4 钴胺素在沙门氏菌中的合成
第二节 高通量测序与转录组学
1.2.1 RNA
1.2.2 高通量测序技术
第三节 原核转录组研究现况
1.3.1 转录组研究方法
1.3.2 转录组的复杂性
1.3.3 宏转录组
第四节 核酸结合蛋白FIS的研究背景
1.4.1 核酸结合蛋白
1.4.2 Fis蛋白
1.4.3 Fis影响沙门氏菌与大肠杆菌的DNA超螺旋化
1.4.4 Fis蛋白在转录调控中的作用
1.4.5 Fis蛋白在基因组上结合位点的研究进展
第五节 本课题的研究内容及意义
第二章 材料与方法
第一节 实验材料
2.1.1 菌株与细胞株
2.1.2 基因组与引物
2.1.3 仪器和设备
2.1.4 试剂及试剂盒
第二节 实验方法
2.2.1 细菌培养
2.2.2 基因克隆,敲除与插入
2.2.3 RT-PCR
2.2.4 染色体免疫共沉淀（ChIP-Seq）样品制备
2.2.5 转录组测序样品制备
2.2.6 文库构建与测序
2.2.7 细胞侵染实验
2.2.8 胶迁移实验
2.2.9 预测的sRNA 5’末端测定
2.2.10 生物信息学分析
第三章 实验结果与讨论
第一节 FIS在沙门氏菌中结合位点分析
3.1.1 测序数据
3.1.2 结合位点特征 #,92
3.1.3 统计motif
3.1.4 与大肠杆菌差异
第二节 对数中期转录组测序及FIS调控网络分析
3.2.1 转录组测序结果
3.2.2 Fis转录调控基因COG分类
3.2.3 Fis转录调控基因与已报道数据比较
3.2.4 调控网络分析
3.2.5 Fis蛋白调控沙门氏菌LT2毒性的机制
第三节 FIS对沙门氏菌致病岛基因的调控机制
3.3.1 Fis蛋白在沙门氏菌致病岛上的结合位点
3.3.2 Fis蛋白调控致病岛基因的分子机制
第四节 FIS蛋白在对数早期调控基因
3.4.1 对数早期Fis的调控基因
3.4.2 对数早期和中期Fis调控基因的比较
3.4.3 对数早期Fis调控基因与已报道基因的比较
第五节 预测SRNA及验证
3.5.1 预测sRNA的标准
3.5.2 对数早期转录组中预测的sRNA
3.5.3 对数中期转录组中预测的sRNA
3.5.4 实验验证预测的sRNA
第四章 结论
参考文献
致谢
个人简历 在学期间发表的学术论文与研究成果
【参考文献】：
期刊论文
[1]减毒鼠伤寒沙门菌体内定位分析[J]. 张辉,胡茂志,顾志强,焦新安,耿士忠,张晓明,潘志明. 微生物学报. 2008(01)
博士论文
[1]基于RNA-Seq技术的米曲霉RIB40转录组学研究[D]. 王斌.华南理工大学 2010
硕士论文
[1]基于RNA-seq测序的梅花转录组分析[D]. 石文芳.北京林业大学 2012
[2]基于RNA-Seq技术的人转录组分析研究[D]. 陈超.中南大学 2011
本文编号：3034292
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3034292.html
