牛卵泡发育相关基因表达的研究
发布时间：2021-02-18 00:42
牛属于单胎动物,在一般情况下一个发情周期卵巢内只有一个成熟卵泡释放卵子,大量发育的卵泡在其发生过程中闭锁而不能排卵,限制了养牛业的快速发展。卵母细胞本身在内分泌激素的调控下有序的生长、发育,相关的基因在不同的时空准确表达。一些可能的因子（促性腺激素,生长因子,c-kit）已经有人研究过,但是抑制卵泡生长发育的机制我们知道的仍然很少。本试验以牛卵泡为研究对象,利用深度测序技术筛选出10个与卵泡发育相关的基因,进一步通过qRT-PCR技术对这10个基因在另一时期加以研究,旨在探讨其与母牛繁殖性能的关系,为进一步研究母牛繁殖方面的调控提供理论依据。本试验的研究结果及结论如下：1.通过深度测序技术对牛ODF1和PDF1颗粒细胞转录组数据进行了分析,分别获得了43,708,132和44,082,301个"clean reads"。在这两个文库中,统计得到了719个表达量相对较高的基因,并且还获得了83个差异表达基因,其中41个下调基因,42个上调基因。通过功能筛选,发现10个基因在牛卵泡发育过程中可能起到关键作用。2.荧光定量PCR结果表明：MAPK13和CPXM1在从属卵泡颗粒细胞中的表达量极...
【文章来源】：山西农业大学山西省
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
发情周期内卵泡发育波图解（引自丨relandJ.J.etal,2000)
结果发现两组样本的总RNA的纯度比较高且完整性好，可直接用于下一步深度测序（见图2-1)。I 一 s< . ~18S图2-1总RNA电泳图Fig.2-1 Gel electrophoresis figure for total RNA2.2 Illumina测序与序列重新装配通过Illumina平台对PDFl和ODFl测序，我们分别得到44,189,827和43,826,914个原始“reads”。经过去除接头、低质量的“reads”以及空“reads”等一系列过滤过程后，分别产生了44，082,301和43,708,132个“dean reads”。然后使用CLC基因组学工作平台(CLC bio, Aarhus, Denmark)将这些“clean reads"映射到牛的RefSeq数据库中，我们得到35,325经过注释的转录本。，我们规定对RPKM< 0.5的基因可以视为在这两种不同时期的卵泡颗粒细胞中不表达。经过计算，共有15，533个基因在PDF1和ODF1颗粒细胞中表达。此外
为了进一步了解这些上调基因的功能，我们将这42个基因的“term”映射到GO数据库中，发现其中22个基因有GO ID并且可以划分为三大类，共14个功能性的分组(图2-3)，其中17个基因表现为生物学过程(35%), 14个基因表现为细胞组分(30%)，还有17个表现为分子功能(35%).'4 r UO。-- . S I Il-mZ z Z Z z ZZ Z z Z 声 z Z、分、z Z \ 》V )^ Y YBiological process C'elluhir component Molecular function图2-3在ODFl和PDFl中表现在正调控基因的GO分析Fig 2-3. GO analysis of genes up-regualted in ODFl vs PDFl2.5 KEGG pathway显著富集分析为了进一步研究这些表达量相对较高基因的信号通路，我们通过将这719个基因映射到KEGG数据库中，发现其中有189个基因有特异的KEGG pathway注释，并且可以归为12类（见图2-3)。在这12类pathway中显著富集的基因都参与了核糖体pathway。此夕卜，我们专门对在ODFl/PDFl中表现为上调的42个基因进行KEGG pathway分析，发现CYP11A1和CYP19A1参与了类固醇激素生物合成
【参考文献】：
期刊论文
[1]补体系统丝氨酸蛋白酶的结构与功能[J]. 何智,陈政良. 国外医学(免疫学分册). 2004(06)
博士论文
[1]PRRSV和CSFV实时荧光定量PCR方法的建立及PRRSV M蛋白重组质粒实验免疫研究[D]. 牛伟.吉林大学 2012
本文编号：3038788
【文章来源】：山西农业大学山西省
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
发情周期内卵泡发育波图解（引自丨relandJ.J.etal,2000)
结果发现两组样本的总RNA的纯度比较高且完整性好，可直接用于下一步深度测序（见图2-1)。I 一 s< . ~18S图2-1总RNA电泳图Fig.2-1 Gel electrophoresis figure for total RNA2.2 Illumina测序与序列重新装配通过Illumina平台对PDFl和ODFl测序，我们分别得到44,189,827和43,826,914个原始“reads”。经过去除接头、低质量的“reads”以及空“reads”等一系列过滤过程后，分别产生了44，082,301和43,708,132个“dean reads”。然后使用CLC基因组学工作平台(CLC bio, Aarhus, Denmark)将这些“clean reads"映射到牛的RefSeq数据库中，我们得到35,325经过注释的转录本。，我们规定对RPKM< 0.5的基因可以视为在这两种不同时期的卵泡颗粒细胞中不表达。经过计算，共有15，533个基因在PDF1和ODF1颗粒细胞中表达。此外
为了进一步了解这些上调基因的功能，我们将这42个基因的“term”映射到GO数据库中，发现其中22个基因有GO ID并且可以划分为三大类，共14个功能性的分组(图2-3)，其中17个基因表现为生物学过程(35%), 14个基因表现为细胞组分(30%)，还有17个表现为分子功能(35%).'4 r UO。-- . S I Il-mZ z Z Z z ZZ Z z Z 声 z Z、分、z Z \ 》V )^ Y YBiological process C'elluhir component Molecular function图2-3在ODFl和PDFl中表现在正调控基因的GO分析Fig 2-3. GO analysis of genes up-regualted in ODFl vs PDFl2.5 KEGG pathway显著富集分析为了进一步研究这些表达量相对较高基因的信号通路，我们通过将这719个基因映射到KEGG数据库中，发现其中有189个基因有特异的KEGG pathway注释，并且可以归为12类（见图2-3)。在这12类pathway中显著富集的基因都参与了核糖体pathway。此夕卜，我们专门对在ODFl/PDFl中表现为上调的42个基因进行KEGG pathway分析，发现CYP11A1和CYP19A1参与了类固醇激素生物合成
【参考文献】：
期刊论文
[1]补体系统丝氨酸蛋白酶的结构与功能[J]. 何智,陈政良. 国外医学(免疫学分册). 2004(06)
博士论文
[1]PRRSV和CSFV实时荧光定量PCR方法的建立及PRRSV M蛋白重组质粒实验免疫研究[D]. 牛伟.吉林大学 2012
本文编号：3038788
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