大理部分地区猪流行性腹泻病毒（PEDV）S基因遗传进化分析

发布时间：2021-03-01 15:42

　　为了解大理地区流行的猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）S基因的核苷酸序列和氨基酸序列与目前商品化疫苗毒株的差异性,从大理市、宾川县、洱源县、祥云县、鹤庆县、剑川县等6个地区采集疑似患猪流行性腹泻（Porcine epidemic diarrhea,PED）仔猪的粪便样品60份,采用RT-PCR方法进行PEDV S基因的扩增、测序分析。结果表明:在60份疑似感染PEDV粪便样品中,祥云县、鹤庆县、剑川县、洱源县、大理市、宾川县PEDV检测阳性率分别为30%、10%、20%、30%、10%、10%,平均阳性率为18.33%。大理地区检测到的PEDV的S基因的核苷酸序列与10个PEDV疫苗参考毒株同源性在94.6%～98.7%之间,与CV777疫苗株（瑞士）同源性最低（94.6%）,与AJ1102疫苗株（湖北）同源性最高（98.7%）;S基因的氨基酸存在突变,其57位氨基酸N→T,86位氨基酸N→D,107位氨基酸T→K,171位氨基酸F→S,192位氨基酸F→L,214位氨基酸L→V,223位氨基酸V→F。说明大理地区流行的PEDV... 

【文章来源】：上海畜牧兽医通讯. 2020,(06)

【文章页数】：4 页

【部分图文】：

PEDV S基因RT-PCR扩增结果

根据核苷酸系统进化树(图2)分析可以看出:大理地区流行的毒株Dali 2020与国内外流行的毒株相似。系统进化树一共有3个分支,大理地区流行的毒株与AJ1102、GD-B、XJ-DB2、KPEDV-9、CV777-AF353511、virulent DR13、attenuated DR13等疫苗株都在一个分支上,特别与AJ1102疫苗株遗传进化最接近;与CV777-JN599150、83P-5、P-5V疫苗株处于不同分支。2.4 S基因推导的氨基酸序列分析结果

【参考文献】：
期刊论文
[1]我国部分省份猪流行性腹泻病毒S基因分子特征及遗传演化分析[J]. 李岚,段纲,杨春艳,李晓成.  养殖与饲料. 2020(03)
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[3]云南部分地区猪流行性腹泻病毒S基因克隆与序列分析[J]. 周玉照,张小苗,赵天智,普星星,张以芳.  上海畜牧兽医通讯. 2019(01)
[4]猪流行性腹泻病毒CH/JLDH/2016株分离鉴定及S基因序列分析[J]. 曹东梅,张双,朱俊辉,郭梦茹,陆伟,刘岸,何浩,王开,胡桂学.  黑龙江畜牧兽医. 2019(01)



本文编号：3057690