不同纤维源日粮下东北梅花鹿瘤胃微生物功能基因的宏基因组分析
发布时间：2021-03-10 22:30
为了研究不同粗纤维源日粮对梅花鹿瘤胃微生物区系的影响,选择10头健康公鹿分成JG、ZS 2组,每组5头,分别以玉米秸叶和柞树叶作为粗纤维源,试验时期为2个月,提取梅花鹿瘤胃液中微生物总基因,构建文库并测序及基因功能注释分析。结果表明:JG和ZS 2组样本的总碱基数量和总序列数量分别为11150909160和12540742633、75018396和84518090。在JG和ZS 2组样品中约1/2以上的纤维素糖苷水解酶（glycoside hydrolases,GHs）来自于瘤胃球菌属（Ruminococcus）（JG和ZS 2组样品分别为52.79%和51.07%）和纤维杆菌属（Fibrobacter）（JG和ZS 2组样品分别为14.22%和15.49%）。而很大一部分半纤维素酶由Ruminococcus（分别为39.20和37.55%）、普雷沃菌属（Prevotella）（分别为22.68%和20.66%）、Fibrobacter（8.86%,9.48%）、梭状芽孢杆菌属（Clostridium）（2.27%,1.94%）分泌。此外,共有24个GHs家族参与植物细胞壁多糖的降解,...
【文章来源】：中国兽医学报. 2020,40(07)北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
2组梅花鹿瘤胃液样品的eggNOG功能分类分布图
基因KEGG 生物通路数据库注释分析结果见图1。从图1可以看出,不同的代谢途径在JG和ZS 2组差异很大,但2种样品代谢途径的模式总体上相似。其中新陈代谢强度ZS组显优于JG组。图2 2组梅花鹿瘤胃液样品的CAZy功能分类分布图
图1 2组梅花鹿瘤胃液样品的KEGG pathway功能分类分布图CAZy功能注释分析结果结果见图2。可以看出,虽然JG和ZS 2组的碳水化合物活性酶多样性总体上相似,但各碳水化合物活性酶的丰度却存在差异。JG和ZS 2组中GHs的含量最高,分别占总碳水化合物活性酶的49.44%,42.54%,其次为糖基转移酶(glycosyl transferases,GTs)(23.38%,32.67%)、碳水化合物结合模块(carbohydrate-binding modules,CBMs)(21.59%,15.78%)、碳水化合物酯酶(carbohydrate esterases,CEs)(3.4%,6.79%)和多糖裂合酶(polysaccharide lyases,PLs)(1.95%,2.13%),而辅助氧化还原酶(auxiliary activities,AAs)丰度最低,分别仅占总碳水化合物活性酶的0.24%,0.09%。
【参考文献】：
期刊论文
[1]海子水牛瘤胃微生物的宏基因组学分析[J]. 张慧敏,夏海磊,黄强,绪欣,毛永江,岑宁,杨章平. 动物营养学报. 2017(11)
[2]云南大额牛瘤胃微生物多样性分析[J]. 周熊艳,王松明,顾招兵,吴锡川,冷静,毛华明,李清,冯励,杨舒黎. 中国畜牧兽医. 2016(05)
[3]利用元基因组学方法从瘤胃中筛选的功能酶及酶基因研究进展[J]. 张俊,赵圣国,王加启,金迪,卜登攀. 生物技术通报. 2015(05)
[4]牛瘤胃未培养细菌中一个β-葡萄糖苷酶基因umbgl3A的克隆及鉴定[J]. 赵广存,段承杰,庞浩,封毅,许跃强,莫新春,唐纪良,冯家勋. 西南农业学报. 2005(04)
博士论文
[1]堆肥过程N2O减排控制与木质纤维素降解微生物学机理研究[D]. 王成.浙江大学 2014
硕士论文
[1]不同纤维源日粮对梅花鹿瘤胃微生物和营养利用的影响[D]. 魏园.吉林农业大学 2017
[2]鲁西黄牛瘤胃高效降解纤维素机制初步研究[D]. 王金兰.山东大学 2011
本文编号：3075388
【文章来源】：中国兽医学报. 2020,40(07)北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
2组梅花鹿瘤胃液样品的eggNOG功能分类分布图
基因KEGG 生物通路数据库注释分析结果见图1。从图1可以看出,不同的代谢途径在JG和ZS 2组差异很大,但2种样品代谢途径的模式总体上相似。其中新陈代谢强度ZS组显优于JG组。图2 2组梅花鹿瘤胃液样品的CAZy功能分类分布图
图1 2组梅花鹿瘤胃液样品的KEGG pathway功能分类分布图CAZy功能注释分析结果结果见图2。可以看出,虽然JG和ZS 2组的碳水化合物活性酶多样性总体上相似,但各碳水化合物活性酶的丰度却存在差异。JG和ZS 2组中GHs的含量最高,分别占总碳水化合物活性酶的49.44%,42.54%,其次为糖基转移酶(glycosyl transferases,GTs)(23.38%,32.67%)、碳水化合物结合模块(carbohydrate-binding modules,CBMs)(21.59%,15.78%)、碳水化合物酯酶(carbohydrate esterases,CEs)(3.4%,6.79%)和多糖裂合酶(polysaccharide lyases,PLs)(1.95%,2.13%),而辅助氧化还原酶(auxiliary activities,AAs)丰度最低,分别仅占总碳水化合物活性酶的0.24%,0.09%。
【参考文献】：
期刊论文
[1]海子水牛瘤胃微生物的宏基因组学分析[J]. 张慧敏,夏海磊,黄强,绪欣,毛永江,岑宁,杨章平. 动物营养学报. 2017(11)
[2]云南大额牛瘤胃微生物多样性分析[J]. 周熊艳,王松明,顾招兵,吴锡川,冷静,毛华明,李清,冯励,杨舒黎. 中国畜牧兽医. 2016(05)
[3]利用元基因组学方法从瘤胃中筛选的功能酶及酶基因研究进展[J]. 张俊,赵圣国,王加启,金迪,卜登攀. 生物技术通报. 2015(05)
[4]牛瘤胃未培养细菌中一个β-葡萄糖苷酶基因umbgl3A的克隆及鉴定[J]. 赵广存,段承杰,庞浩,封毅,许跃强,莫新春,唐纪良,冯家勋. 西南农业学报. 2005(04)
博士论文
[1]堆肥过程N2O减排控制与木质纤维素降解微生物学机理研究[D]. 王成.浙江大学 2014
硕士论文
[1]不同纤维源日粮对梅花鹿瘤胃微生物和营养利用的影响[D]. 魏园.吉林农业大学 2017
[2]鲁西黄牛瘤胃高效降解纤维素机制初步研究[D]. 王金兰.山东大学 2011
本文编号：3075388
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