北京油鸡不同组织和不同体重个体基因组DNA甲基化分析
发布时间：2021-03-15 20:48
摘要：在真核生物中,DNA甲基化是表观遗传学重要的修饰方式之一,对基因的表达具有调控作用,研究表明：DNA甲基化在动物生长和组织发育分化中具有重要作用。本研究以17周龄北京油鸡肌肉和卵巢组织为实验材料,应用甲基化敏感扩增片段多态性（Methylation sensitive amplified polymorphism, MSAP）方法检测2个组织基因组DNA甲基化程度,通过毛细管电泳结果优化了实验条件,开发了MSAP荧光检测数据的自动分析软件,对北京油鸡肌肉和卵巢组织及不同体重组间基因组DNA甲基化水平差异进行研究。结果如下：1、采用毛细管电泳荧光检测技术分析MSAP选择性扩增产物,通过对基因组DNA用量、预扩增产物稀释倍数、选择性引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、电泳DNA量、内标量和进样时间等8个主要参数进行分析和优化,优化了用于北京油鸡基因组DNA甲基化分析的MSAP毛细管电泳荧光检测体系。2、应用MSAP方法检测北京油鸡肌肉组织基因组DNA甲基化水平。对获得的MSAP荧光检测初始数据分别应用直接取整法、整区间放置法和半区间放置法等三种自动处理方法进行分析并比较。结果显示...
【文章来源】：北京交通大学北京市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：70 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
预扩增产物琼脂糖电泳图谱
预扩增产物稀释10倍后作为模板，应用12对选择性扩增引物组合进行选择性扩增反应。基因组DNA、双酶切、预扩增、选择性扩增结果如图26所示。M arker 12 3 4H M H M H M H M图26北京油鸡肌肉组织MSAP琼脂糖电泳检测结果A：基因组DNA提取结果；B:酶切反应结果；C:预扩增反应结果；D:选择性扩增反应结果。Marker: DL2000; H： //pall/^^croR I 双酶切产物；M: Afe/? I /及roR I 双酶切产物；1、2:高体重组肌肉组织，3、4:低体重组肌肉组织。Fig.26 MSAP agarose electrophoresis test results of Beijing You chicken muscle tissueA: Genomic DNA extracted from Beijing You chicken tissues; B: genomic DNA digested withrestriction enzyme; C: result of pre-amplification; D: result of selective amplification. Marker:DL2000; H: digested by Hpa II fEcoR I，M: digested by Msp I /EcoR I ； 1,2: muscles from highweight group; 3，4: muscles from low weight group.i 41
将原始数据导出为Excel表格数据，PAGE电泳图谱、内标图谱、焚光图谱和对应的Excel表格数据如图27所示：r‘^ wWtSt 出卜 I ;2 0 0I 二二二 气 ；^ H I :: H I : " 3_so.s-si.ssia3 m.sr';、 / M 媒rj 4,th$-SZS 0 0“、* — f ‘ ."■iT: - ^ :j : i ^ $ S2.s-sxs 0 0O. M I *? V-JS?慈X~ >f"、 K. ￠: 補》?>,.:>“》 . §.**"各4 ^ 寒，》g!S 分i，謂!“:::；. ： ： 1: I-jM i ： 1 ;■ IQ, 57.5-68. S ST. 8 S7. T?? - ?嗜. ■ I " i ?； ！ 11； ? M U 58.5-59.5 0 "ti 一 -‘ 'f. AI “ ^ ‘ i., C n ,ss, s-w. $ ss. rs ? D?,.sa?::?as： :?-J I丄 ‘“4一 U,-“:..》.?13 60.5-SI.5, 0 』图27电泳检测结果及数据的导出A： MSAP银染图谱；B： GeneMapper4.0导出的内标焚光图谱；B： GeneMapper 4.0导出的样品焚光图谱；D:原始数据经软件处理后结果。Fig.27 Results of electrophoresis detection and data obtained from MSAP samplesA: MSAP profiles using silver stain; B: Marker fluorescent print generated by GeneMapper 4.0; C:sample fluorescent print generated by GeneMapper 4.0; D: The raw data processing results bysoftware.3.4.3 DNA甲基化模式的分析在MSAP检测技术中，应用同裂酶HpaW/Msp I分别和五coR I组合对基因组DNA进行双酶切，同裂酶HpaII和Msp I能够识别CCGG位点，但对位点中的甲基化程度敏感性不同，//;?all不能酶切双链上的内外侧胞喷徒的甲基化及任一侧胞喷唆甲基化状态，即不能酶切含"CCGG、CrCGG和mcTCGG的位点。而Mp I可以识别单链或双链上内部胞嚼徒甲基化状态
本文编号：3084795
【文章来源】：北京交通大学北京市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：70 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
预扩增产物琼脂糖电泳图谱
预扩增产物稀释10倍后作为模板，应用12对选择性扩增引物组合进行选择性扩增反应。基因组DNA、双酶切、预扩增、选择性扩增结果如图26所示。M arker 12 3 4H M H M H M H M图26北京油鸡肌肉组织MSAP琼脂糖电泳检测结果A：基因组DNA提取结果；B:酶切反应结果；C:预扩增反应结果；D:选择性扩增反应结果。Marker: DL2000; H： //pall/^^croR I 双酶切产物；M: Afe/? I /及roR I 双酶切产物；1、2:高体重组肌肉组织，3、4:低体重组肌肉组织。Fig.26 MSAP agarose electrophoresis test results of Beijing You chicken muscle tissueA: Genomic DNA extracted from Beijing You chicken tissues; B: genomic DNA digested withrestriction enzyme; C: result of pre-amplification; D: result of selective amplification. Marker:DL2000; H: digested by Hpa II fEcoR I，M: digested by Msp I /EcoR I ； 1,2: muscles from highweight group; 3，4: muscles from low weight group.i 41
将原始数据导出为Excel表格数据，PAGE电泳图谱、内标图谱、焚光图谱和对应的Excel表格数据如图27所示：r‘^ wWtSt 出卜 I ;2 0 0I 二二二 气 ；^ H I :: H I : " 3_so.s-si.ssia3 m.sr';、 / M 媒rj 4,th$-SZS 0 0“、* — f ‘ ."■iT: - ^ :j : i ^ $ S2.s-sxs 0 0O. M I *? V-JS?慈X~ >f"、 K. ￠: 補》?>,.:>“》 . §.**"各4 ^ 寒，》g!S 分i，謂!“:::；. ： ： 1: I-jM i ： 1 ;■ IQ, 57.5-68. S ST. 8 S7. T?? - ?嗜. ■ I " i ?； ！ 11； ? M U 58.5-59.5 0 "ti 一 -‘ 'f. AI “ ^ ‘ i., C n ,ss, s-w. $ ss. rs ? D?,.sa?::?as： :?-J I丄 ‘“4一 U,-“:..》.?13 60.5-SI.5, 0 』图27电泳检测结果及数据的导出A： MSAP银染图谱；B： GeneMapper4.0导出的内标焚光图谱；B： GeneMapper 4.0导出的样品焚光图谱；D:原始数据经软件处理后结果。Fig.27 Results of electrophoresis detection and data obtained from MSAP samplesA: MSAP profiles using silver stain; B: Marker fluorescent print generated by GeneMapper 4.0; C:sample fluorescent print generated by GeneMapper 4.0; D: The raw data processing results bysoftware.3.4.3 DNA甲基化模式的分析在MSAP检测技术中，应用同裂酶HpaW/Msp I分别和五coR I组合对基因组DNA进行双酶切，同裂酶HpaII和Msp I能够识别CCGG位点，但对位点中的甲基化程度敏感性不同，//;?all不能酶切双链上的内外侧胞喷徒的甲基化及任一侧胞喷唆甲基化状态，即不能酶切含"CCGG、CrCGG和mcTCGG的位点。而Mp I可以识别单链或双链上内部胞嚼徒甲基化状态
本文编号：3084795
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