甲型H1N1流感病毒感染仔猪肺泡巨噬细胞差异miRNA调控网络构建与分析

发布时间：2021-03-23 00:24

　　流感病毒是一种RNA病毒,它能够引发季节性流感甚至全球大范围的流感,造成人类和动物的急性呼吸道感染。2009年,由新型猪源甲型H1N1病毒引发的流感疫情在全球大规模蔓延,严重影响了人类健康和社会经济的发展。因此,对甲型H1N1流感病毒感染宿主致病机制的研究具有重要的意义。甲型HIM病毒感染宿主能够引起宿主miRNA的差异表达,本文通过对甲型H1N1病毒感染仔猪0d、4d、7d后其肺泡巨噬细胞的小RNA深度测序数据进行分析,挖掘出感染后4d与0d有70个差异表达miRNA,其中8个上调,62个下调；7d与0d有16个差异表达miRNA,6个上调,10个下调；7d与4d有56个差异表达miRNA,49个上调,7个下调。通过整合miRNA实验证实的靶标和预测靶标,分别得到感染H1N14d与0d、7d与Od、7d与4d的差异miRNA把标调控网络,并对样本间的差异表达miRNA靶标进行GO功能注释和KEGG通路分析。结果表明,与0d相比,感染4d后的差异miRNA靶标功能主要集中在转录、信号转导、代谢、细胞增殖、细胞凋亡、防御应答、免疫以及炎症反应等,主要参与MAPK信号通路、黏着斑、细胞因子... 

【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：69 页

【学位级别】：硕士

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本研究由
提供资助
摘要
ABSTRACT
目录
文献综述
    第一章 甲型H1N1流感与miRNA研究进展
        1.1 甲型H1N1流感病毒研究进展
        1.2 miRNA研究进展
            1.2.1 miRNA的发现
            1.2.2 miRNA的产生及作用机制
            1.2.3 miRNA的功能和相关疾病研究
            1.2.4 miRNA的主要研究手段
            1.2.5 miRNA相关数据库
        1.3 生物复杂网络研究进展
            1.3.1 miRNA-mRNA靶标调控网络
            1.3.2 miRNA介导的蛋白质相互作用网络
            1.3.3 TF-miRNA调控网络
        1.4 研究目的及意义
实验研究
    第二章 甲型H1N1感染仔猪肺泡巨噬细胞的深度测序数据处理
        2.1 材料
        2.2 方法
            2.2.1 小RNA深度测序数据初步处理
            2.2.2 与已知miRNA的比对
            2.2.3 已知miRNA的差异分析
            2.2.4 差异表达miRNA的聚类分析
        2.3 实验结果
            2.3.1 小RNA深度测序数据初步处理
            2.3.2 与已知miRNA的比对
            2.3.3 已知miRNA的差异分析
            2.3.4 差异表达miRNA的聚类分析
        2.4 讨论
        2.5 小结
    第三章 甲型H1N1病毒感染仔猪肺泡巨噬细胞差异表达miRNA的系统生物学分析
        3.1 材料
        3.2 方法
            3.2.1 差异miRNA相关的转录因子
            3.2.2 差异miRNA靶标预测
            3.2.3 差异miRNA靶标的GO功能富集分析
            3.2.4 差异miRNA靶标的通路分析
            3.2.5 差异miRNA介导的蛋白质相互作用网络网络
            3.2.6 差异miRNA介导的蛋白质互作网络的拓扑属性
        3.3 实验结果
            3.3.1 差异miRNA相关的转录因子
            3.3.2 差异miRNA靶标预测
            3.3.3 差异miRNA靶标GO功能富集
            3.3.4 差异miRNA靶标通路富集分析
            3.3.5 差异miRNA调控的蛋白质网络
            3.3.6 差异miRNA介导的蛋白质互作网络的拓扑属性分析
        3.4 讨论
        3.5 小结
结论
参考文献
致谢
作者简介



本文编号：3094765