林麝和麋鹿肠道内病毒群落解析及新发病毒遗传特征研究

发布时间：2021-04-01 04:40

　　利用病毒宏基因组学（Viral Metagenomic）方法,构建林麝和麋鹿粪便病毒宏基因组学文库,解析二者粪便样本内病毒群落,挖掘新型病毒并分析其遗传特征。主要内容及结论如下:1.粪便病毒群落解析:林麝粪便病毒群落主要有圆环病毒科（Circoviridae）12.6726%、微小噬菌体科（Microviridae）42.7562%、拟态病毒科（Mimiviridae）1.2180%、野田村病毒科（Nodaviridae）5.7245%、未分类的病毒（None）占比25.8715%、藻类去氧核糖核酸病毒科（Phycodnaviridae）占比2.5980%、长尾噬菌体科（Siphoviridae）2.1163%、其他病毒科（Others）7.0429%。感染脊椎动物能力的病毒较多,其中星状病毒科（Astroviridae）、圆环病毒科、野田村病毒科和小RNA病毒科（Picornaviridae）构成了其主体部分,圆环病毒科占比最大。麋鹿粪便样本中病毒群落主要包括:圆环病毒科12.5612%、微小噬菌体科36.1924%、拟态病毒科3.6175%、未分类病毒科33.7381%、藻类去氧核... 

【文章来源】：江苏大学江苏省

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林麝和麋鹿肠道内病毒群落解析及遗传特征研究122.1.12文库测序结果分析高通量测序得到原始数据（RawData）后，利用生物信息学分析平台分析对原始数据去除杂质导出测序结果并生成网页。利用序列分析软件对发回的文库结果结合其原始数据，进行拼接和组装，深入分析病毒文库中的群落分布情况，并获得完整的病毒株。2.2病毒宏基因组学文库的质量检测和结果分析2.2.1病毒宏基因组学文库质量检测1.0%琼脂糖凝胶电泳结果能够展示文库质量，如图2.1A-C所示林麝和麋鹿肠道文库经过筛选纯化前后的电泳结果。图2.2代表的是林麝和麋鹿肠道病毒宏基因组文库质量分析结果。电泳结果显示我们构建的林麝和麋鹿肠道文库质量符合测序要求的。图2.1（A）林麝文库筛选纯化前电泳结果；（B）麋鹿文库筛选纯化前电泳结果；（C）文库纯化后电泳结果Figure2.1(A)Electrophoresisresultsofforestmuskdeerlibrarybeforepurification;(B)Electrophoresisresultsofelklibrarybeforepurification;(C)Electrophoresisresultsafterlibrarypurification

江苏大学硕士学位论文13图2.3病毒DNA文库分析结果Figure2.2TheresultsofthequalityofviralDNAlibraryfrommuskdeerandelkfeces2.2.2林麝肠道病毒群落解析病毒文库的结果是一种网页形式。如图2.3中展示的是Lin1文库截图，有病毒的各种分类，每种病毒的最大重叠序列（Contig）、病毒序列条数（Reads），比对后病毒的最大和最小的E-value值。图2.3林麝文库结果展示图Figure2.3forestmuskdeerlibraryresultsdisplay2.2.2.1林麝肠道病毒群落组成基于林麝肠道病毒文库分析林麝肠道病毒群落的组成情况。由图2.4可知，林麝8个肠道样本文库主要的病毒群落有：星状病毒科（Astroviridae）、杆状病


本文编号：3112681