猪ALCAM基因密码子偏好性分析、蛋白结构功能预测以及组织表达谱检测

发布时间：2021-04-20 09:18

　　为探讨猪活化白细胞黏附分子（Activated Leukocyte Cell Adhesion Molecule,ALCAM）基因的结构与功能,本研究运用EMBOSS和Codon W软件分析猪ALCAM基因密码子使用偏好性,运用生物信息学相关软件分析ALCAM蛋白的理化性质、结构功能并预测与其存在互作关系的蛋白,运用实时荧光定量的方法检测ALCAM基因在梅山猪不同组织中的表达水平。结果表明:ALCAM基因偏好使用以A/U结尾的密码子,存在28个偏好性较强的密码子（RSCU值>1）,其中CGG、AGA、GGA、GCU、ACA这5个密码子的偏好性最强,猪ALCAM基因与小鼠和酵母基因组的密码子使用差异小于大肠杆菌基因组,表明小鼠和酵母更适合作为ALCAM基因的外源表达系统;猪ALCAM基因CDS区序列全长1 713 bp,编码570个氨基酸,为脂溶性、不稳定的亲水性蛋白,存在一个跨膜结构域（515～537 aa）和信号肽区域（1～27 aa）;该蛋白存在5个潜在的N-糖基化位点和96个特异性蛋白激酶结合位点,二级结构以无规则卷曲和延伸链为主,可能与CD6、CD44、PTPRC和CNT... 

【文章来源】：中国畜牧杂志. 2020,56(11)北大核心

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 实验材料
    1.2引物设计与合成
    1.3 总RNA提取、c DNA合成和荧光定量反应
    1.4猪ALCAM基因密码子偏好性分析
    1.5 生物信息学分析
    1.6 数据分析
2 结果与分析
    2.1 ALCAM基因组、m RNA和蛋白结构分析
    2.2 猪ALCAM基因密码子偏好性分析
        2.2.1 猪ALCAM基因碱基组成及相关参数分析
        2.2.2 猪ALCAM基因RSCU值分析
        2.2.3 与模式生物基因组密码子使用频率比较分析
    2.3 猪ALCAM基因蛋白质结构与功能位点分析
    2.4 进化分析
    2.5 梅山猪ALCAM基因组织表达谱分析
3 讨论
4 结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]草原红牛FABP7基因克隆、生物信息学及组织表达差异分析[J]. 吕阳,曹阳,高一,刘理想,薛佳佳,张国梁.  中国畜牧杂志. 2019(09)
[2]类乌齐牦牛SIRT3基因克隆与生物信息学及差异表达分析[J]. 杨玉梅,柴志欣,王会,王吉坤,信金伟,姬秋梅,钟金城.  中国畜牧杂志. 2019(06)
[3]蛋白质糖基化修饰的研究进展[J]. 王晓龙,王秀然,卢天成.  基因组学与应用生物学. 2017(10)
[4]猪miR-192对DLG5和ALCAM基因的靶向作用关系验证[J]. 孙丽,吴森,吴嘉韵,赵呈祥,吴圣龙,包文斌.  农业生物技术学报. 2017(09)



本文编号：3149410