FSHβ基因区域多态性与台湾褐色菜鸭生产性状关联研究

发布时间：2017-04-18 13:14

  本文关键词：FSHβ基因区域多态性与台湾褐色菜鸭生产性状关联研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：本实验以台湾褐色菜鸭为试验材料,通过PCR-SSCP和测序技术对台湾褐色菜FSHβ基因进行SNP检测同时分析其多态性与各性状的关联；通过实时荧光定量PCR技术,通过使用2-△△ct换算法对FFSHβ基因拷贝数进行定量,并分析其多态性与生产性能的关联。(1)在台湾褐色菜鸭FSHβ基因扩增序列的第106bp、第266bp和第267bp位点发现碱基替换(分别为A106C.C266T和A267G),并产生了HH、Hh和hh三种基因型,其中HH型为野生型,共有7个个体,Hh型共有46个个体,hh型共有41个个体；h等位基因频率是0.6809,H等位基因频率是0.3191；该基因座位的杂合度为0.4346；其多态信息含量为0.3401；FSHβ基因多态位点经χ2适应性检验表明处于平衡状态。经关联发现,基因型Hh和基因型hh的个体的四周龄体重均显著低于基因型HH的个体(P0.05)；基因型Hh和基因型hh的个体的蛋重均显著高于基因型HH的个体(P0.05)；基因型Hh的个体蛋壳厚度极显著低于基因型HH的个体(P0.01),同时基因型hh的个体也显著低于基因型HH的个体(P0.05)。(2)将FFSHβ-F/FSHβ-R和|Anpl-DRA-F-F/Anpl-DRA-两对引物进行定量PCR的扩增,应用荧光定量PCR仪自带系统,绘制标准曲线。FSHβ基因引物的曲线相关系数R2=0.996,扩增效率E=108.337%,斜率为-3.137；Anpl-DRA基因引物的曲线相关系数R2=0.990,扩增效率E=106.068%,斜率为-3.185。其中斜率差为0.048,扩增效率差为2.269%。(3)本试验利用荧光定量PCR技术检测鸭FSHβ基因拷贝数变异情况,共检测五种变异类型,个体数分别为42、26、15、7、4。关联分析显示,台湾褐色菜鸭FSHβ基因CNVs位点的五种拷贝数变异与其蛋壳厚度和蛋白高度均存在显著相关(P0.05),在蛋壳厚度中五种拷贝数变异存在两两显著差异,其中拷贝数为1的个体蛋壳厚度极显著高于拷贝数为2的个体；拷贝数为Ⅳ的个体蛋白高度明显低于拷贝数为Ⅰ、Ⅱ、和Ⅲ的个体；其余性各状间均无显著相关(P0.05)。
【关键词】：SNP 拷贝数 多态性 FSHβ 鸭
【学位授予单位】：福建农林大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S834
【目录】：

• 摘要7-8
• Abstract8-10
• 第一章 文献综述10-20
• 1. DNA分子遗传标记10
• 2. 单核苷酸多态性的研究进展10-14
• 2.1 单核苷酸多态性标记10-11
• 2.2 单核苷酸多态性检测方法11-13
• 2.3 SNP在畜禽中的应用13-14
• 3 拷贝数变异的研究进展14-18
• 3.1 拷贝数变异的检测方法14-16
• 3.2 CNVs在畜禽中的研究16-18
• 4 促卵泡素β亚基基因18-19
• 5 本研究的意义与目的19-20
• 第二章 FSHβ基因SNPs与鸭性状关联分析20-32
• 1 实验材料20-21
• 1.1 实验动物与性状测定20
• 1.2 试验所需仪器与设备20
• 1.3 主要试剂药品及来源20
• 1.4 常用主要试剂20-21
• 2 试验方法21-26
• 2.1 鸭基因组DNA提取21
• 2.2 基因组DNA的浓度及纯度的检测21
• 2.3 琼脂糖凝胶电泳检测21-22
• 2.4 引物的设计合成22
• 2.5 PCR扩增及检测22-23
• 2.6 PCR-SSCP操作步骤23
• 2.7 银染过程23-24
• 2.8 数据统计及性状关联分析24-26
• 3. 结果与分析26-30
• 3.1 基因组DNA提取26
• 3.2 FSHβ基因多态性检测26-30
• 4 讨论30-32
• 第三章 FSHβ基因拷贝数变异与各性状关联分析32-44
• 1 实验材料32
• 1.1 实验动物与性状测定32
• 1.2 试验所需仪器与设备32
• 1.3 主要试剂药品及来源32
• 2. 试验方法32-37
• 2.1 鸭基因组DNA提取32
• 2.2 基因组DNA的浓度及纯度的检测32
• 2.3 引物的设计与合成32-33
• 2.4 PCR扩增及检测33
• 2.5 标准品的构建33-34
• 2.6 建立标准曲线34-36
• 2.7 FSHβ基因拷贝数检测36
• 2.8 FSHβ基因CNVs与生产性能相关性分析36-37
• 3. 结果与分析37-42
• 3.1 FSHβ基因和Anpl-DRA基因引物扩增检测37
• 3.2 重组质粒的检测37-38
• 3.3 引物标准曲线的绘制38-40
• 3.4 FSHβ基因拷贝数的检测40-42
• 4 讨论42-44
• 全文结论44-45
• 参考文献45-52
• 附表52-54
• 致谢54

【参考文献】

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本文编号：314956