蒙古马短期高负荷运动前后骨骼肌转录组差异表达分析
发布时间：2021-05-05 22:01
蒙古马是我国五大固有类型马品种之一,在长时间的自然选择以及人工选育条件下,逐渐形成了适应极端恶劣气候、耐粗饲、抗病和持久力强等特性。相比其他马品种,耐力性能极为突出,适合长距离赛事。国外对速度型赛马纯血马开展了大量运动学研究工作,而对蒙古马的运动学生理机制尚不明确。本研究选取6匹蒙古马为实验对象,用Miseq高通量测序技术对短期高负荷运动前后蒙古马的骨骼肌进行转录组测序和生物信息学分析。在专业骑手的骑乘下全速奔跑20 mins,分别在短期高负荷奔跑前与奔跑后活体采取骨骼肌组织,用Miseq高通量测序技术对样本建立转录组文库,并与纯血马基因组序列比对,进行差异表达基因分析及GO功能富集和KEGG pathway分析。结果显示:从转录组数据库中得到25367个SNP位点,其中1号和11号染色体SNP数目最多;另外还发现了4种可变剪接类型,其中外显子跳跃类型最多。短期高负荷运动后比运功前可变剪接数量明显提高。运动前后两组中共检测到205个显著性差异表达基因（P<0.05）,120个基因上调,85个基因下调;GO功能富集分析结果显示,77%的差异表达基因富集于生物学过程、7.7%富集于细...
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：53 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
abstract
缩略语表
1 引言
1.1 马属动物简介
1.2 蒙古马运动性能
1.3 纯血马运动性能
1.4 马运动基因研究进展
1.5 转录组测序及Miseq测序技术
1.5.1 转录组
1.5.2 转录组测序技术
1.5.3 Miseq测序平台
1.5.4 转录组测序在马运动学领域的应用
2 试验主要内容、目的及意义
2.1 试验目的和意义
2.2 试验主要内容与技术路线
3 蒙古马短期高负荷运动前后转录组文库构建及测序分析
3.1 试验材料
3.1.1 试验样本
3.1.2 实验试剂耗材
3.1.3 实验仪器设备
3.1.4 试验主要数据库和分析软件
3.2 试验方法
3.2.1 肌肉总RNA的提取
3.2.2 检测总RNA的完整性
3.2.3 骨骼肌总RNA反转录合成cDNA
3.2.4 实时荧光定量PCR反应体系
3.2.5 转录组高通量测序文库制备
3.2.6 测序数据质量控制及序列比对
3.2.7 基因差异表达分析
3.2.8 差异基因的功能分析
3.2.9 SNP统计与可变剪切分析
3.3 结果与分析
3.3.1 RNA质量检测与原始数据整理、过滤及质量评估
3.3.2 与参考基因组比对
3.3.3 SNP与可变剪切分析
3.3.4 差异表达序列的筛选
3.3.5 相关性分析
3.3.6 编码蛋白的差异表达分析
3.3.7 蒙古马短期高负荷运动前后差异表达基因的实时定量检测
3.3.8 差异基因的GeneOntology功能富集分析
3.3.9 差异基因KEGGPathway及KO富集分析
4 讨论
5 结论
致谢
参考文献
作者简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]蒙古马高负荷运动训练前后转录组差异表达分析[J]. 赵启南,芒来,白东义,赵一萍,李蓓,乌尼尔夫,乌英嘎,苏日嘎,敖乳嘎. 畜牧兽医学报. 2017(06)
[2]马属动物进化特征概述[J]. 任秀娟,赵一萍,萨如拉,鲍红梅,王希生,道楞,阿娜尔,魏睿元,苏日嘎,彩丽干,白东义,李蓓,杨丽华,乌尼尔夫,芒来. 畜牧兽医学报. 2017(03)
[3]伊犁马DMRT3基因多态性研究[J]. 何美升,于茜,高程程,曹行,马海玉,刘玲玲,姜鑫,刘武军. 新疆农业科学. 2017(01)
[4]耐力训练对糖尿病糖脂代谢相关因子基因表达的影响[J]. 邵月. 中国老年学杂志. 2014(11)
[5]转录组与RNA-Seq技术[J]. 张春兰,秦孜娟,王桂芝,纪志宾,王建民. 生物技术通报. 2012(12)
[6]PGC-1α在骨骼肌运动、代谢调节中的作用[J]. 乌日古木拉,杨丽华,高雅汗,芒来. 畜牧兽医科技信息. 2011(12)
[7]蒙古马肌酸激酶基因多态性和不同运动时期表达量的研究[J]. 杨丽华,白东义,乌日古木拉,高雅罕,黄金龙,赵启楠,芒来. 畜牧与兽医. 2011(12)
[8]Cyr61基因的生物学功能及在肿瘤发生发展过程中的作用[J]. 乔英,郭瑞芳,吕有勇. 内蒙古医学杂志. 2011(02)
[9]肌球蛋白轻链的调节及其对肿瘤细胞增殖、转移的影响[J]. 王丛阳,王辉,沈传陆. 医学综述. 2010(21)
[10]不同品种猪背最长肌eIF4E、PPARGC-1、VEGFA和C-Jun mRNA丰度比较研究[J]. 杨舟,王修启. 华北农学报. 2010(S1)
博士论文
[1]蒙古马高负荷运动训练前后转录组与miRNA文库特征及关联分析[D]. 赵启南.内蒙古农业大学 2015
[2]EGFR信号通路通过Egr2促进骨祖细胞增殖并抑制骨祖细胞凋亡的实验性研究[D]. 兰生辉.华中科技大学 2012
[3]蒙古马MSTN基因克隆及序列分析和部分品种多态性研究[D]. 王全喜.内蒙古农业大学 2005
硕士论文
[1]训练对蒙古马肌肉发育相关基因MyoG的表达量影响研究[D]. 敖乳嘎.内蒙古农业大学 2016
[2]六个品种马CKM基因遗传多样性研究[D]. 姚全福.内蒙古农业大学 2010
本文编号：3170660
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：53 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
abstract
缩略语表
1 引言
1.1 马属动物简介
1.2 蒙古马运动性能
1.3 纯血马运动性能
1.4 马运动基因研究进展
1.5 转录组测序及Miseq测序技术
1.5.1 转录组
1.5.2 转录组测序技术
1.5.3 Miseq测序平台
1.5.4 转录组测序在马运动学领域的应用
2 试验主要内容、目的及意义
2.1 试验目的和意义
2.2 试验主要内容与技术路线
3 蒙古马短期高负荷运动前后转录组文库构建及测序分析
3.1 试验材料
3.1.1 试验样本
3.1.2 实验试剂耗材
3.1.3 实验仪器设备
3.1.4 试验主要数据库和分析软件
3.2 试验方法
3.2.1 肌肉总RNA的提取
3.2.2 检测总RNA的完整性
3.2.3 骨骼肌总RNA反转录合成cDNA
3.2.4 实时荧光定量PCR反应体系
3.2.5 转录组高通量测序文库制备
3.2.6 测序数据质量控制及序列比对
3.2.7 基因差异表达分析
3.2.8 差异基因的功能分析
3.2.9 SNP统计与可变剪切分析
3.3 结果与分析
3.3.1 RNA质量检测与原始数据整理、过滤及质量评估
3.3.2 与参考基因组比对
3.3.3 SNP与可变剪切分析
3.3.4 差异表达序列的筛选
3.3.5 相关性分析
3.3.6 编码蛋白的差异表达分析
3.3.7 蒙古马短期高负荷运动前后差异表达基因的实时定量检测
3.3.8 差异基因的GeneOntology功能富集分析
3.3.9 差异基因KEGGPathway及KO富集分析
4 讨论
5 结论
致谢
参考文献
作者简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]蒙古马高负荷运动训练前后转录组差异表达分析[J]. 赵启南,芒来,白东义,赵一萍,李蓓,乌尼尔夫,乌英嘎,苏日嘎,敖乳嘎. 畜牧兽医学报. 2017(06)
[2]马属动物进化特征概述[J]. 任秀娟,赵一萍,萨如拉,鲍红梅,王希生,道楞,阿娜尔,魏睿元,苏日嘎,彩丽干,白东义,李蓓,杨丽华,乌尼尔夫,芒来. 畜牧兽医学报. 2017(03)
[3]伊犁马DMRT3基因多态性研究[J]. 何美升,于茜,高程程,曹行,马海玉,刘玲玲,姜鑫,刘武军. 新疆农业科学. 2017(01)
[4]耐力训练对糖尿病糖脂代谢相关因子基因表达的影响[J]. 邵月. 中国老年学杂志. 2014(11)
[5]转录组与RNA-Seq技术[J]. 张春兰,秦孜娟,王桂芝,纪志宾,王建民. 生物技术通报. 2012(12)
[6]PGC-1α在骨骼肌运动、代谢调节中的作用[J]. 乌日古木拉,杨丽华,高雅汗,芒来. 畜牧兽医科技信息. 2011(12)
[7]蒙古马肌酸激酶基因多态性和不同运动时期表达量的研究[J]. 杨丽华,白东义,乌日古木拉,高雅罕,黄金龙,赵启楠,芒来. 畜牧与兽医. 2011(12)
[8]Cyr61基因的生物学功能及在肿瘤发生发展过程中的作用[J]. 乔英,郭瑞芳,吕有勇. 内蒙古医学杂志. 2011(02)
[9]肌球蛋白轻链的调节及其对肿瘤细胞增殖、转移的影响[J]. 王丛阳,王辉,沈传陆. 医学综述. 2010(21)
[10]不同品种猪背最长肌eIF4E、PPARGC-1、VEGFA和C-Jun mRNA丰度比较研究[J]. 杨舟,王修启. 华北农学报. 2010(S1)
博士论文
[1]蒙古马高负荷运动训练前后转录组与miRNA文库特征及关联分析[D]. 赵启南.内蒙古农业大学 2015
[2]EGFR信号通路通过Egr2促进骨祖细胞增殖并抑制骨祖细胞凋亡的实验性研究[D]. 兰生辉.华中科技大学 2012
[3]蒙古马MSTN基因克隆及序列分析和部分品种多态性研究[D]. 王全喜.内蒙古农业大学 2005
硕士论文
[1]训练对蒙古马肌肉发育相关基因MyoG的表达量影响研究[D]. 敖乳嘎.内蒙古农业大学 2016
[2]六个品种马CKM基因遗传多样性研究[D]. 姚全福.内蒙古农业大学 2010
本文编号：3170660
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