HBK-SPF鸭MHC单倍型筛选及其TAP基因的生物信息学分析
发布时间：2021-05-10 08:08
HBK-SPF鸭是中国农业科学院哈尔滨兽医研究所在绍兴麻鸭基础上培育的SPF鸭，包括HBK-Q和HBK-B品系，现已繁育至第8代。TAP分子是MHC20class20I抗原递呈路径中一个关键蛋白分子，它将水解的内源性多肽运送到内质网，并提呈给MHC20class20I分子，与CD8+T细胞结合，引起特异的免疫应答。本研究利用16对微卫星标记对F5代和F6代HBK-SPF鸭进行遗传多样性分析，HBK-SPF鸭在16个位点共检测到71个等位基因，每个位点的平均等位基因数为4.14，与F2代和F3代相比有所下降；F5代和F6代鸭群偏离Hardy-Weinberg平衡的位点有所减少，分别仅有2个和4个位点显著偏离平衡状态；多态信息含量（PIC）大于0.5的位点数量减少，F5代2个群体的平均PIC分别为0.511和0.512，F6代2个群体的平均PIC分别为0.48和0.505；F5代2个群体的期望杂合度（He）分别为0.575和0.574，F6代的He分别为0.546和0.566。结果表明经过6个世代的繁育，偏离Hardy-Weinberg平衡的位点减少，以等位基因数目为标志的群体遗传多样性下...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 引言
1.1 研究的目的及意义
1.2 微卫星 DNA 概述
1.2.1 微卫星 DNA 的发现
1.2.2 微卫星 DNA 的结构及特点
1.2.3 微卫星 DNA 的分布及起源
1.2.4 微卫星标记在家禽中的应用
1.3 家禽主要组织相容性复合体概述
1.3.1 鸡（Gallus gallus）MHC 的结构
1.3.2 火鸡（Meleagrisg allopavo）MHC 的结构
1.3.3 鹌鹑（Coturnix japonica）MHC 的结构
1.3.4 鹅（Anser cygnoides）MHC 的结构
1.3.5 鸭（Anas platyrhynchos）MHC 的结构
1.3.6 鸡 MHC 单倍型与抗病性的关系
1.4 TAP 基因概述
1.4.1 人 TAP 基因及转运机制
1.4.2 鸡的 TAP 基因及与 MHC 的关系
1.5 HBK-SPF 鸭
1.5.1 种源
1.5.2 病原微生物净化
1.5.3 遗传学结构
第二章 HBK-SPF 鸭的群体遗传结构分析
2.1 材料
2.1.1 实验动物
2.1.2 主要仪器设备
2.1.3 主要试剂
2.1.4 微卫星位点引物
2.2 实验方法
2.2.1 基因组 DNA 的提取
2.2.2 DNA 浓度和纯度的检测
2.2.3 PCR 反应体系
2.2.4 PCR 产物的序列测定
2.2.5 数据分析
2.3 结果
2.3.1 鸭微卫星位点的基因频率
2.3.2 Hardy-Weinberg 平衡检验
2.3.3 群体内遗传变异参数
2.3.4 群体间在世代间遗传变异分析
2.4 讨论
2.4.1 群体内的遗传变异
2.4.2 群体间的遗传变异
2.4.3 与传统饲养方式鸭的遗传多样性差异
第三章 鸭 MHC I 区域多态性位点筛选及不同单倍型鸭分群
3.1 材料
3.1.1 实验动物
3.1.2 主要试剂
3.2 实验方法
3.2.1 基因组 DNA 的提取
3.2.2 多态性位点分析和引物设计
3.3.3 PCR 反应体系及反应条件
3.2.4 单链构象多态性（SSCP）检测
3.2.5 序列分析
3.2.6 A 位点多态性分析
3.2.7 单倍型鸭种群的建立
3.3 结果
3.3.1 重复结构的 PCR 扩增结果
3.3.2 SSCP 分析结果
3.3.3 推测多态性位点的分析结果
3.4 讨论
第四章 不同单倍型鸭 TAP 基因结构及生物信息学分析
4.1 材料与方法
4.1.1 实验动物
4.1.2 主要试剂
4.1.3 引物设计
4.1.4 反应体系及反应条件
4.1.5 数据分析
4.2 结果
4.2.1 PCR 扩增结果
4.2.2 核苷酸同源性分析
4.2.3 氨基酸同源性分析
4.2.4 编码区结构预测
4.3 讨论
第五章 MHC 单倍型鸭鸭疫里默氏杆菌和 I 型鸭肝炎病毒感染试验
5.1 材料与方法
5.1.1 实验动物
5.1.2 主要试剂
5.1.3 主要仪器
5.1.4 不同单倍型鸭对鸭疫里默氏杆菌的感染试验
5.1.5 不同单倍型鸭 I 型鸭肝炎病毒的感染试验
5.2 实验结果
5.2.1 鸭疫里默氏杆菌感染试验结果
5.2.2 I 型鸭肝炎感染试验结果
5.3 讨论
第六章 全文结论
参考文献
致谢
作者简介
本文编号：3179018
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 引言
1.1 研究的目的及意义
1.2 微卫星 DNA 概述
1.2.1 微卫星 DNA 的发现
1.2.2 微卫星 DNA 的结构及特点
1.2.3 微卫星 DNA 的分布及起源
1.2.4 微卫星标记在家禽中的应用
1.3 家禽主要组织相容性复合体概述
1.3.1 鸡（Gallus gallus）MHC 的结构
1.3.2 火鸡（Meleagrisg allopavo）MHC 的结构
1.3.3 鹌鹑（Coturnix japonica）MHC 的结构
1.3.4 鹅（Anser cygnoides）MHC 的结构
1.3.5 鸭（Anas platyrhynchos）MHC 的结构
1.3.6 鸡 MHC 单倍型与抗病性的关系
1.4 TAP 基因概述
1.4.1 人 TAP 基因及转运机制
1.4.2 鸡的 TAP 基因及与 MHC 的关系
1.5 HBK-SPF 鸭
1.5.1 种源
1.5.2 病原微生物净化
1.5.3 遗传学结构
第二章 HBK-SPF 鸭的群体遗传结构分析
2.1 材料
2.1.1 实验动物
2.1.2 主要仪器设备
2.1.3 主要试剂
2.1.4 微卫星位点引物
2.2 实验方法
2.2.1 基因组 DNA 的提取
2.2.2 DNA 浓度和纯度的检测
2.2.3 PCR 反应体系
2.2.4 PCR 产物的序列测定
2.2.5 数据分析
2.3 结果
2.3.1 鸭微卫星位点的基因频率
2.3.2 Hardy-Weinberg 平衡检验
2.3.3 群体内遗传变异参数
2.3.4 群体间在世代间遗传变异分析
2.4 讨论
2.4.1 群体内的遗传变异
2.4.2 群体间的遗传变异
2.4.3 与传统饲养方式鸭的遗传多样性差异
第三章 鸭 MHC I 区域多态性位点筛选及不同单倍型鸭分群
3.1 材料
3.1.1 实验动物
3.1.2 主要试剂
3.2 实验方法
3.2.1 基因组 DNA 的提取
3.2.2 多态性位点分析和引物设计
3.3.3 PCR 反应体系及反应条件
3.2.4 单链构象多态性（SSCP）检测
3.2.5 序列分析
3.2.6 A 位点多态性分析
3.2.7 单倍型鸭种群的建立
3.3 结果
3.3.1 重复结构的 PCR 扩增结果
3.3.2 SSCP 分析结果
3.3.3 推测多态性位点的分析结果
3.4 讨论
第四章 不同单倍型鸭 TAP 基因结构及生物信息学分析
4.1 材料与方法
4.1.1 实验动物
4.1.2 主要试剂
4.1.3 引物设计
4.1.4 反应体系及反应条件
4.1.5 数据分析
4.2 结果
4.2.1 PCR 扩增结果
4.2.2 核苷酸同源性分析
4.2.3 氨基酸同源性分析
4.2.4 编码区结构预测
4.3 讨论
第五章 MHC 单倍型鸭鸭疫里默氏杆菌和 I 型鸭肝炎病毒感染试验
5.1 材料与方法
5.1.1 实验动物
5.1.2 主要试剂
5.1.3 主要仪器
5.1.4 不同单倍型鸭对鸭疫里默氏杆菌的感染试验
5.1.5 不同单倍型鸭 I 型鸭肝炎病毒的感染试验
5.2 实验结果
5.2.1 鸭疫里默氏杆菌感染试验结果
5.2.2 I 型鸭肝炎感染试验结果
5.3 讨论
第六章 全文结论
参考文献
致谢
作者简介
本文编号：3179018
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