绵羊LBP基因序列的生物信息学分析

发布时间：2021-05-16 21:07

　　为了探究绵羊脂多糖结合蛋白（LBP）基因的分子特性,试验采用生物信息学方法对绵羊LBP基因及其编码蛋白的开放阅读框、理化性质、疏水性、信号肽、跨膜结构域、功能结构域、二级结构、三级结构、三级模型、互作关系、系统进化树进行了预测研究。结果表明:绵羊LBP基因的开放阅读框长度为1 445 bp,编码481个氨基酸,分子质量为53.481 ku,理论等电点为8.18,属于稳定的碱性蛋白;亲水性区域明显多于疏水性区域,LBP蛋白为亲水性蛋白;LBP蛋白可能含有的信号肽结构在1～25位氨基酸处,无跨膜结构;LBP基因属于BPI超家族,其具有BPI1和BPI2两个主结构域;α-螺旋和无规则卷曲是LBP蛋白二级结构的主要形式;三级结构预测结果与二级结构相符,可信度高;LBP蛋白与乙醇脱氢酶（ADhFE1）及白细胞介素-6（IL-6）等互作;绵羊LBP基因与黄牛进化距离最近,其亲缘关系较近。说明利用生物信息学方法分析绵羊LBP基因可初步揭示和验证绵羊LBP基因及其编码蛋白的结构和功能。 

【文章来源】：黑龙江畜牧兽医. 2020,(13)北大核心

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 LBP基因序列
    1.2 生物信息学分析
2 结果与分析
    2.1 绵羊LBP基因开放阅读框
    2.2 绵羊LBP基因编码蛋白的理化性质
    2.3 绵羊LBP基因编码蛋白的亲疏水性
    2.4 绵羊LBP基因编码蛋白信号肽、跨膜结构域预测
    2.5 绵羊LBP基因编码蛋白功能结构域预测
    2.6 绵羊LBP基因编码蛋白二级结构的预测
    2.7 绵羊LBP基因编码蛋白三级结构的预测及模型评价
    2.8 绵羊LBP基因编码蛋白互作网络分析
    2.9 绵羊LBP基因系统进化树的构建及同源性分析
3 讨论与结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]猪脂多糖结合蛋白基因（LBP）的密码子偏好性分析[J]. 吴正常,王靖,赵乔辉,朱世平,訾臣,吴圣龙,包文斌.  农业生物技术学报. 2013(10)
[2]猪脂多糖结合蛋白家族及其基因的研究进展[J]. 杜海波,黄生强,马乐.  国外畜牧学(猪与禽). 2010(03)
[3]内毒素/脂多糖结合蛋白与杀菌通透性增加蛋白研究进展[J]. 郑瑞丹,徐成润.  临床军医杂志. 2007(06)
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[5]脂多糖结合蛋白与脂多糖受体的研究进展[J]. 孙东明.  国外医学(儿科学分册). 2003(05)
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博士论文
[1]内毒素拮抗肽抑制脂多糖诱导的过度炎症反应及其机制研究[D]. 段光杰.第三军医大学 2010
[2]内毒素休克小鼠肝脏核蛋白质组学研究[D]. 陈腾祥.第一军医大学 2007
[3]脂多糖结合蛋白功能位点分析及其抑制性多肽的筛选[D]. 徐德斌.第三军医大学 2004



本文编号：3190401