NR6A1、PLAG1、LCORL基因在民猪群体内的单倍型及连锁不平衡分析

发布时间：2021-05-19 13:04

　　动物体长性状作为经典的数量性状,受到遗传学家的广泛关注,其差异是由一系列复杂而精细的生物代谢过程而产生的,产生差异的调控机制一直是国际上的研究热点。体长性状是猪最重要的经济性状之一,直接影响着猪生产的经济效益。Mikawa等通过对猪的全基因组测序分析发现NR6A1、PLAG1和LCORL这三个基因与猪的体长性状呈显著相关,并公布了17个候选SNPs位点。民猪是我国珍贵的动物种质资源,是我国国家级保护猪种。依其体型差异分为大民、二民和荷包猪三个群体类型,大民已基本消失。目前民猪的体长形成机理尚无报道。本研究依据二民和荷包猪两个类群的体长性状差异,进行了猪体长性状形成的分子机理研究和分析。本研究利用直接测序法,以民猪的两个群体二民和荷包猪为对象,对NR6A1、PLAG1和LCORL三个基因上的部分基因序列进行测序,通过判读测序峰图,明确SNPs的发生情况及其频率;通过Hardy-Weinbery平衡分析、单倍型推测和连锁不平衡分析,确定三个基因影响体长性状的主要单倍型,得到的结果和结论如下:1、共筛查到62个候选SNPs位点,其中17个为已公布的,45个为本研究新发现的。在已知17个候选S... 

【文章来源】：东北农业大学黑龙江省 211工程院校

【文章页数】：69 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
英文摘要
1 前言
    1.1 我国民猪资源
        1.1.1 体型外貌
        1.1.2 体重体长
    1.2 猪的驯化与体长性状的变异
        1.2.1 猪体长性状的育种意义
        1.2.2 猪体长性状遗传学基础的前期研究
    1.3 控制猪体长性状的研究进展
        1.3.1 多形性腺瘤基因 1
        1.3.2 生殖细胞核因子
        1.3.3 配体依赖的核受体辅阻遏物-like
    1.4 SNPs及其应用
        1.4.1 SNPs的概念及特点
        1.4.2 SNPs的检测方法
    1.5 连锁不平衡分析
        1.5.1 连锁不平衡的概念
        1.5.2 单倍型和BLOCK
        1.5.3 连锁分析的基本原理
        1.5.4 影响连锁不平衡的因素
    1.6 本研究的目的和意义
2 材料与方法
    2.1 实验材料
        2.1.1 研究对象
        2.1.2 试剂及耗材
        2.1.3 主要仪器设备
        2.1.4 缓冲液及主要溶液的配制
        2.1.5 主要分子生物学软件
        2.1.6 相关生物信息学网站
    2.2 实验方法
        2.2.1 基因组DNA的提取
        2.2.2 质量和浓度检测
        2.2.3 单核苷酸多态位点选择
        2.2.4 引物的设计与合成
        2.2.5 PCR扩增
        2.2.6 PCR产物的纯化
        2.2.7 测序
3 结果与分析
    3.1 耳组织DNA提取结果
        3.1.1 DNA基因组的紫外吸收光谱分析
        3.1.2 DNA基因组的琼脂糖凝胶电泳分析
    3.2 PCR扩增结果
    3.3 PLAG1基因与体长性状的连锁不平衡分析
        3.3.1 PLAG1基因的多态性SNPs位点
        3.3.2 PLAG1各位点基因频率
        3.3.3 PLAG1基因的SNPs位点的连锁不平衡构建和单倍型分析
        3.3.4 PLAG1基因的候选SNP位点在民猪群体中的检验
    3.4 NR6A1基因与体长性状的连锁不平衡分析
        3.4.1 NR6A1基因的多态性遗传标记
        3.4.2 NR6A1各位点基因频率
        3.4.3 NR6A1基因的SNPs位点的连锁不平衡构建和单倍型分析
        3.4.4 NR6A1基因的候选SNP位点在民猪群体中的检验
    3.5 LCORL基因与体长性状的连锁不平衡分析
        3.5.1 LCORL基因的多态性遗传标记
        3.5.2 LCORL各位点基因频率
        3.5.3 LCORL基因的SNPs位点的连锁不平衡构建和单倍型分析
        3.5.4 LCORL基因的候选SNP位点在民猪群体中的检验
    3.6 合并基因型分析
4 讨论
    4.1 SNPs和LD block构建及研究意义
    4.2 PLAG1的连锁不平衡分析结果讨论
    4.3 NR6A1的连锁不平衡分析结果讨论
    4.4 LCORL的连锁不平衡分析结果讨论
5 结论
致谢
参考文献
攻读硕士学位期间发表的学术论文


【参考文献】：
期刊论文
[1]鸡IGFBP-3基因遗传多态性及其对京海黄鸡体重和产蛋量的遗传效应[J]. 俞亚波,王金玉,顾玉萍,顾云飞,金崇富.  扬州大学学报(农业与生命科学版). 2013(02)
[2]东北地区养猪史与民猪的发展演化分析[J]. 孙志茹,刘娣.  农业考古. 2013(01)
[3]NR6A1过表达腺病毒载体构建及在血管平滑肌细胞中的表达[J]. 张亚辉,钱航,张志峰,杨汉东,闵新文,郎明健,张鹏.  湖北医药学院学报. 2012(03)
[4]67个X-SNP位点的分型检测和连锁不平衡检验[J]. 李莉,柳燕,林源,李成涛,张素华,邵伟波.  法医学杂志. 2011(05)
[5]北京汉族人群ROR2基因SNPs等位基因及单体型频率研究[J]. 赵凯平,袁长征,王红.  中国优生与遗传杂志. 2011(06)
[6]蓝塘×长白猪F2资源群1、4和8号染色体活体性状的QTL定位[J]. 凌飞,张豪,蔡更元,陈瑶生,李加琪,王翀.  中国农业科学. 2011(08)
[7]pcDNA3.1-GCNF真核表达载体构建及其对HeLa细胞凋亡的影响[J]. 陈芳,王菊,宋勇,周宗瑶.  石河子大学学报(自然科学版). 2011(02)
[8]ActRⅡB基因单核苷酸多态性与小尾寒羊多脊椎变异的关联研究[J]. 刘建明,孙少华,韩立霞,李雪梅,孙志颖.  畜牧兽医学报. 2010(08)
[9]腮腺复发性多形性腺瘤二次复发的多因素分析[J]. 刘杰,黄建涛,姜蕾,赵云富.  中国口腔颌面外科杂志. 2010(01)
[10]家养动物的起源与驯化研究进展[J]. 李晶,张亚平.  生物多样性. 2009(04)

博士论文
[1]SNP标记定位猪4号染色体QTLs及DECR1基因SNPs与猪经济性状关联研究[D]. 黄生强.湖南农业大学 2010

硕士论文
[1]IGFBP-6对猪体长性状的遗传效应分析及其对细胞增殖作用的初步研究[D]. 房希碧.吉林大学 2014
[2]家兔IGFBP-5基因SNP多态性及其与生长性能的关联分析[D]. 李月英.四川农业大学 2012
[3]猪7号染色体上影响脊椎数变异的VRTN因果突变位点的筛选与验证[D]. 欧阳子璇.江西农业大学 2012
[4]猪7号染色体上位置候选基因PROX2在西方商业猪群中对脊椎数变异影响效应的分析[D]. 范寅.江西农业大学 2011
[5]河北小尾寒羊多脊柱调控基因Btg2和NR6A1的多态性分析[D]. 韩立霞.河北农业大学 2009
[6]糯稻背景下淀粉合成相关基因遗传网络初步探析及功能验证[D]. 房玉伟.扬州大学 2009



本文编号：3195815