高通量测序研究慢性肾衰竭对宠物犬肠道菌群多样性的影响及基因功能预测分析

发布时间：2021-05-21 02:50

　　旨在通过高通量测序研究慢性肾衰竭（chronic renal failure,CRF）对宠物犬肠道菌群多样性的影响,并预测分析菌群的基因功能。本研究选取30只2岁健康犬,随机等分为慢性肾衰竭模型组（CRF,肾动脉结扎法制备）、假手术对照组（Sham）和健康对照组（HCG）,常规饲养,试验周期56 d。试验过程中,定期检测血肌酐（Scr）、血尿素氮（BUN）和尿蛋白/肌酐比（UP/C）,无菌采集新鲜粪便进行细菌16S rDNA测序,分析慢性肾衰竭对犬肠道菌群结构、多样性与功能的影响,并以CRF组差异菌群为自变量进行主成分Logistic回归分析,构建菌群标志物综合指数（FMI）用于慢性肾衰竭预测。结果显示:1)从试验后第28天开始,CRF组Scr、BUN和UP/C分别显著高于自身试验前、HCG组和Sham组（P<0.05）。2)CRF组不同时间点肠道菌群有显著差异,第56天时的Chao 1指数、Shannon指数均降低,拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形杆菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）的相对丰度增加,厚壁菌门（Firmicu... 

【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(10)北大核心CSCD

【文章页数】：9 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验动物
    1.2 试验设计
    1.3 肾功能指标测定
    1.4 肠道菌群16S rDNA高通量测序
        1.4.1 粪便采集
        1.4.2 粪便总DNA提取与PCR分析
        1.4.3 高通量测序及处理
    1.5 生物信息学分析
    1.6 数据处理
2 结 果
    2.1 犬肾功能指标的变化
    2.2 慢性肾衰竭对犬肠道菌群多样性的影响
    2.3 肠道菌群组成分析
    2.4 不同组间差异菌群LEfSe分析
    2.5 差异菌群与CRF相关性分析
    2.6 肠道菌群互作网络分析
    2.7 肠道菌群基因功能预测
3 讨 论
4 结 论


【参考文献】：
期刊论文
[1]动物肠道菌群与营养物质代谢的研究进展[J]. 陈双双,司华哲,李光玉,刘晗璐.  饲料工业. 2018(02)
[2]16S rRNA高通量测序方法检测羊圈空气微生物群落结构及多样性[J]. 孙翠丽,张阁,程汝佳,朱良全,丁家波,常维山.  畜牧兽医学报. 2017(07)
[3]基于高通量测定肉鸡回肠微生物多样性及PICRUSt基因预测分析[J]. 徐帅,林奕岑,周梦佳,倪学勤,曾东,曾燕.  动物营养学报. 2016(08)
[4]肾动脉结扎法制作慢性肾功能衰竭犬模型方法的探索[J]. 王宁,李宁,陈洋.  中国医科大学学报. 2006(02)
[5]慢性肾衰动物模型方法学研究现状[J]. 肖炜,马云,傅江南.  中国实验动物学杂志. 2002(03)
[6]肾衰状态下肠道细菌对肌酐和尿素清除的影响[J]. 蒋哲峰,蒋云生,林霞,姚筱.  中国医师杂志. 2007 (10)



本文编号：3198902