Sirtuins家族7个基因SNP检测及其与秦川肉牛生长发育和肉质性状的关联性分析
发布时间：2021-06-08 06:47
本研究结合生物软件,运用生物信息学方法分析了sirtuins家族的DNA和蛋白序列的特征;运用荧光定量PCR技术和生物信息学方法,对SIRT1基因和SIRT2基因进行了组织表达谱分析;运用PCR-RFLP和DNA直接测序技术分析了SIRT1-7七个基因的多态性;通过生物统计学软件的应用,对检测到的27个SNP位点进行了频率、平衡性、群体遗传性及与体尺性状的相关性进行了统计分析。筛选出对秦川肉牛生长发育和肉质性状有重要影响的功能基因和分子标记,为秦川肉牛生长发育和肉质性状的分子标记辅助选择和优质高产新品种（系）牛的培育提供科学依据。本研究主要结果如下:通过PCR-RFLP技术,在453头秦川肉牛个体中发现了SIRT1基因3’UTR上存在3个SNP位点,分别为g.25764G>A,g.25846A>G和g.25868T>C,存在5种单倍型和6种组合单倍型。关联性分析发现这3个SNP位点均能显著影响部分秦川肉牛生长发育和肉质性状。组合单倍型H2H2（GG-AA-CC）的各个性状方面呈现最优。RT-PCR结果显示SIRT2基因广泛存在于各个组织中,其中表达量最高的为脂肪组织。...
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：142 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 引言
1.2 秦川肉牛选育情况简介
1.3 分子标记辅助选择在育种中的应用
1.3.1 限制性酶切片段长度多态性 (RFLP)
1.3.2 随机引物扩增多态性DNA (RAPD)
1.3.3 微卫星标记 (SSR)
1.3.4 单核苷酸多态性 (SNP)
1.4 SIRTUIN基因家族的研究进展
1.4.1 SIRT1基因的研究进展
1.4.2 SIRT2基因的研究进展
1.4.3 SIRT3基因的研究进展
1.4.4 SIRT4基因的研究进展
1.4.5 SIRT5基因的研究进展
1.4.6 SIRT6基因的研究进展
1.4.7 SIRT7基因的研究进展
1.4.8 Sirtuin家族成员之间相互作用的研究进展
1.5 本研究的目的与意义
第二章 SIRT1基因表达及其SNPS与秦川肉牛体尺和肉质的关联性分析
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 试验试剂及溶液配制
2.2.2 试验仪器及设备
2.2.3 生物学特征分析
2.2.4 组织表达分析
2.2.5 关联性分析
2.3 结果与分析
2.3.1 同源性分析
2.3.2 系统进化树
2.3.3 序列基本信息分析
2.3.4 跨膜结构预测
2.3.5 亚细胞定位预测
2.3.6 蛋白质二级和三级结构预测
2.3.7 秦川肉牛SIRT1基因组织表达特异性分析
2.3.8 秦川肉牛的SIRT1基因遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
2.4 讨论
2.5 小结
第三章 SIRT2基因表达及其SNPS与秦川肉牛生长发育和肉质的关联性分析
3.1 引言
3.2 材料方法
3.2.1 试验样本
3.2.2 RT-PCR引物设计及PCR反应
3.2.3 SNP引物设计及PCR反应
3.2.4 多态位点分型
3.3 结果与分析
3.3.1 同源性分析
3.3.2 系统进化树
3.3.3 序列基本信息分析
3.3.4 跨膜结构预测
3.3.5 亚细胞定位预测
3.3.6 蛋白质二级和三级结构预测
3.3.7 秦川肉牛SIRT2基因组织表达特异性分析
3.3.8 秦川肉牛的SIRT2基因遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
3.4 小结
第四章 SIRT3基因SNPS与秦川肉牛生长发育和肉质的关联性分析
4.1 引言
4.2 材料方法
4.2.1 试验样本
4.2.2 SNP引物设计及PCR反应
4.2.3 多态位点分型
4.3 结果与讨论
4.3.1 同源性分析
4.3.2 系统进化树
4.3.3 序列基本信息分析
4.3.4 跨膜结构预测
4.3.5 亚细胞定位预测
4.3.6 蛋白质二级和三级结构预测
4.3.7 秦川肉牛的SIRT3基因遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
4.4 讨论
4.5 小结
第五章 SIRT4基因SNPS与秦川肉牛体尺和肉质的关联性分析
5.1 引言
5.2 材料方法
5.2.1 试验样本
5.2.2 SNP引物设计及PCR反应
5.2.3 多态位点分型
5.3 结果与讨论
5.3.1 同源性分析
5.3.2 系统进化树
5.3.3 序列基本信息分析
5.3.4 跨膜结构预测
5.3.5 亚细胞定位预测
5.3.6 蛋白质二级和三级结构预测
5.3.7 秦川肉牛的SIRT4基因遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
5.4 小结
第六章 SIRT5基因SNPS与秦川肉牛体尺和肉质的关联性分析
6.1 引言
6.2 材料方法
6.2.1 试验样本
6.2.2 SNP引物设计及PCR反应
6.2.3 多态位点分型
6.3 结果与讨论
6.3.1 同源性分析
6.3.2 系统进化树
6.3.3 序列基本信息分析
6.3.4 跨膜结构预测
6.3.5 亚细胞定位预测
6.3.6 蛋白质二级和三级结构预测
6.3.7 秦川肉牛的SIRT5基因遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
6.4 讨论
6.5 小结
第七章 SIRT6基因SNPS与秦川肉牛体尺和肉质的关联性分析
7.1 引言
7.2 材料方法
7.2.1 试验样本
7.2.2 SNP引物设计及PCR反应
7.2.3 多态位点分型
7.3 结果与讨论
7.3.1 同源性分析
7.3.2 系统进化树
7.3.3 序列基本信息分析
7.3.4 跨膜结构预测
7.3.5 亚细胞定位预测
7.3.6 蛋白质二级和三级结构预测
7.3.7 秦川肉牛的SIRT6基因遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
7.4 小结
第八章 SIRT7基因SNPS与秦川肉牛体尺和肉质的关联性分析
8.1 引言
8.2 材料与方法
8.2.1 试验样本
8.2.2 SNP引物设计及PCR反应
8.2.3 多态位点分型
8.3 结果与讨论
8.3.1 同源性分析
8.3.2 系统进化树
8.3.3 序列基本信息分析
8.3.4 跨膜结构预测
8.3.5 亚细胞定位预测
8.3.6 蛋白质二级和三级结构预测
8.3.7 秦川肉牛的SIRT7基因遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
8.4 小结
第九章 SIRTUINS基因家族启动子区域SNPS与秦川肉牛体尺和肉质的关联性分析
9.1 引言
9.2 材料与方法
9.2.1 试验样本
9.2.2 SNP引物设计及PCR反应
9.3 结果
9.3.1 秦川肉牛的SIRT2基因启动子区域遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
9.3.2 秦川肉牛的SIRT3基因启动子区域遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
9.3.3 秦川肉牛的SIRT4基因启动子区域遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
9.3.4 秦川肉牛的SIRT5基因启动子区域遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
9.4 讨论
第十章 结论
参考文献
附录
致谢
个人简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]香烟烟雾在慢性阻塞性肺病发病机制中的作用研究进展[J]. 王川,刘建英. 实用医学杂志. 2015(01)
[2]SIRT3 siRNA对ox-LDL刺激的人主动脉内皮细胞ICAM-1、E-selectin表达的影响[J]. 丁玲,巩会平,杜贻萌,王欣,张岩,王旭平,鹿庆华. 山东大学学报(医学版). 2014(04)
[3]SIRT6——一个重要的寿命和肿瘤调控蛋白质[J]. 李军,魏继武,蒋爱芹. 生命的化学. 2013(05)
[4]SIRT1在糖尿病及其并发症中的研究进展及治疗潜力[J]. 郭淑芹,朱春英,张云良. 河北医药. 2011(20)
[5]过表达Sirt2抑制猪前体脂肪细胞的分化[J]. 刘炳婷,白亮,刘飞,李玉成,杨公社. 中国生物化学与分子生物学报. 2010(06)
[6]启动子序列克隆和功能分析方法的研究进展[J]. 杨晓娜,赵昶灵,李云,李会容,苏丽,周燕琼. 云南农业大学学报(自然科学版). 2010(02)
[7]稳定表达SirT7对其转染的P19细胞的增殖抑制作用[J]. 吕建祎,张业,沈珝琲. 中国医学科学院学报. 2009(06)
[8]全基因组选择及其在动物育种中的应用[J]. 冯春刚,胡晓湘,赵要风,李宁. 中国家禽. 2008(22)
[9]高等植物启动子功能和结构研究进展[J]. 夏江东,夏平. 楚雄师范学院学报. 2005(03)
[10]真核生物基因启动子的计算机预测及其软件资源[J]. 胡翔,周建林. 激光生物学报. 2004(06)
本文编号：3217891
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：142 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 引言
1.2 秦川肉牛选育情况简介
1.3 分子标记辅助选择在育种中的应用
1.3.1 限制性酶切片段长度多态性 (RFLP)
1.3.2 随机引物扩增多态性DNA (RAPD)
1.3.3 微卫星标记 (SSR)
1.3.4 单核苷酸多态性 (SNP)
1.4 SIRTUIN基因家族的研究进展
1.4.1 SIRT1基因的研究进展
1.4.2 SIRT2基因的研究进展
1.4.3 SIRT3基因的研究进展
1.4.4 SIRT4基因的研究进展
1.4.5 SIRT5基因的研究进展
1.4.6 SIRT6基因的研究进展
1.4.7 SIRT7基因的研究进展
1.4.8 Sirtuin家族成员之间相互作用的研究进展
1.5 本研究的目的与意义
第二章 SIRT1基因表达及其SNPS与秦川肉牛体尺和肉质的关联性分析
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 试验试剂及溶液配制
2.2.2 试验仪器及设备
2.2.3 生物学特征分析
2.2.4 组织表达分析
2.2.5 关联性分析
2.3 结果与分析
2.3.1 同源性分析
2.3.2 系统进化树
2.3.3 序列基本信息分析
2.3.4 跨膜结构预测
2.3.5 亚细胞定位预测
2.3.6 蛋白质二级和三级结构预测
2.3.7 秦川肉牛SIRT1基因组织表达特异性分析
2.3.8 秦川肉牛的SIRT1基因遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
2.4 讨论
2.5 小结
第三章 SIRT2基因表达及其SNPS与秦川肉牛生长发育和肉质的关联性分析
3.1 引言
3.2 材料方法
3.2.1 试验样本
3.2.2 RT-PCR引物设计及PCR反应
3.2.3 SNP引物设计及PCR反应
3.2.4 多态位点分型
3.3 结果与分析
3.3.1 同源性分析
3.3.2 系统进化树
3.3.3 序列基本信息分析
3.3.4 跨膜结构预测
3.3.5 亚细胞定位预测
3.3.6 蛋白质二级和三级结构预测
3.3.7 秦川肉牛SIRT2基因组织表达特异性分析
3.3.8 秦川肉牛的SIRT2基因遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
3.4 小结
第四章 SIRT3基因SNPS与秦川肉牛生长发育和肉质的关联性分析
4.1 引言
4.2 材料方法
4.2.1 试验样本
4.2.2 SNP引物设计及PCR反应
4.2.3 多态位点分型
4.3 结果与讨论
4.3.1 同源性分析
4.3.2 系统进化树
4.3.3 序列基本信息分析
4.3.4 跨膜结构预测
4.3.5 亚细胞定位预测
4.3.6 蛋白质二级和三级结构预测
4.3.7 秦川肉牛的SIRT3基因遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
4.4 讨论
4.5 小结
第五章 SIRT4基因SNPS与秦川肉牛体尺和肉质的关联性分析
5.1 引言
5.2 材料方法
5.2.1 试验样本
5.2.2 SNP引物设计及PCR反应
5.2.3 多态位点分型
5.3 结果与讨论
5.3.1 同源性分析
5.3.2 系统进化树
5.3.3 序列基本信息分析
5.3.4 跨膜结构预测
5.3.5 亚细胞定位预测
5.3.6 蛋白质二级和三级结构预测
5.3.7 秦川肉牛的SIRT4基因遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
5.4 小结
第六章 SIRT5基因SNPS与秦川肉牛体尺和肉质的关联性分析
6.1 引言
6.2 材料方法
6.2.1 试验样本
6.2.2 SNP引物设计及PCR反应
6.2.3 多态位点分型
6.3 结果与讨论
6.3.1 同源性分析
6.3.2 系统进化树
6.3.3 序列基本信息分析
6.3.4 跨膜结构预测
6.3.5 亚细胞定位预测
6.3.6 蛋白质二级和三级结构预测
6.3.7 秦川肉牛的SIRT5基因遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
6.4 讨论
6.5 小结
第七章 SIRT6基因SNPS与秦川肉牛体尺和肉质的关联性分析
7.1 引言
7.2 材料方法
7.2.1 试验样本
7.2.2 SNP引物设计及PCR反应
7.2.3 多态位点分型
7.3 结果与讨论
7.3.1 同源性分析
7.3.2 系统进化树
7.3.3 序列基本信息分析
7.3.4 跨膜结构预测
7.3.5 亚细胞定位预测
7.3.6 蛋白质二级和三级结构预测
7.3.7 秦川肉牛的SIRT6基因遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
7.4 小结
第八章 SIRT7基因SNPS与秦川肉牛体尺和肉质的关联性分析
8.1 引言
8.2 材料与方法
8.2.1 试验样本
8.2.2 SNP引物设计及PCR反应
8.2.3 多态位点分型
8.3 结果与讨论
8.3.1 同源性分析
8.3.2 系统进化树
8.3.3 序列基本信息分析
8.3.4 跨膜结构预测
8.3.5 亚细胞定位预测
8.3.6 蛋白质二级和三级结构预测
8.3.7 秦川肉牛的SIRT7基因遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
8.4 小结
第九章 SIRTUINS基因家族启动子区域SNPS与秦川肉牛体尺和肉质的关联性分析
9.1 引言
9.2 材料与方法
9.2.1 试验样本
9.2.2 SNP引物设计及PCR反应
9.3 结果
9.3.1 秦川肉牛的SIRT2基因启动子区域遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
9.3.2 秦川肉牛的SIRT3基因启动子区域遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
9.3.3 秦川肉牛的SIRT4基因启动子区域遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
9.3.4 秦川肉牛的SIRT5基因启动子区域遗传变异与生长性状和肉质性状的关联分析
9.4 讨论
第十章 结论
参考文献
附录
致谢
个人简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]香烟烟雾在慢性阻塞性肺病发病机制中的作用研究进展[J]. 王川,刘建英. 实用医学杂志. 2015(01)
[2]SIRT3 siRNA对ox-LDL刺激的人主动脉内皮细胞ICAM-1、E-selectin表达的影响[J]. 丁玲,巩会平,杜贻萌,王欣,张岩,王旭平,鹿庆华. 山东大学学报(医学版). 2014(04)
[3]SIRT6——一个重要的寿命和肿瘤调控蛋白质[J]. 李军,魏继武,蒋爱芹. 生命的化学. 2013(05)
[4]SIRT1在糖尿病及其并发症中的研究进展及治疗潜力[J]. 郭淑芹,朱春英,张云良. 河北医药. 2011(20)
[5]过表达Sirt2抑制猪前体脂肪细胞的分化[J]. 刘炳婷,白亮,刘飞,李玉成,杨公社. 中国生物化学与分子生物学报. 2010(06)
[6]启动子序列克隆和功能分析方法的研究进展[J]. 杨晓娜,赵昶灵,李云,李会容,苏丽,周燕琼. 云南农业大学学报(自然科学版). 2010(02)
[7]稳定表达SirT7对其转染的P19细胞的增殖抑制作用[J]. 吕建祎,张业,沈珝琲. 中国医学科学院学报. 2009(06)
[8]全基因组选择及其在动物育种中的应用[J]. 冯春刚,胡晓湘,赵要风,李宁. 中国家禽. 2008(22)
[9]高等植物启动子功能和结构研究进展[J]. 夏江东,夏平. 楚雄师范学院学报. 2005(03)
[10]真核生物基因启动子的计算机预测及其软件资源[J]. 胡翔,周建林. 激光生物学报. 2004(06)
本文编号：3217891
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