贵州地方黄牛IGF-1基因多态性及生物信息学分析
发布时间：2021-06-09 17:23
为分析黄牛IGF-1基因多态性,筛选出对贵州本地黄牛生长性状有显著影响的SNPs位点,本研究以贵州关岭牛、思南牛、威宁牛和黎平牛为试验对象,构建DNA混池,PCR扩增IGF-1基因所有外显子及部分内含子,采用直接测序法检测IGF-1基因多态性,利用生物信息学软件对IGF-1基因进行分析。结果表明:在贵州4个地方牛群体种中,共筛选出3个SNPS,分别为Intron2-A5123G、Exon3-G56419A、Intron3-C56464A,Exon3-G56419A属于同义突变。其中2个SNPS （Intron2-A5123G, Intron3-C56464A）为4个牛种所共有,而Exon3-G56419A突变仅存在黎平牛中。生物信息学分析表明,牛IGF-1编码蛋白为分泌蛋白,含有信号肽序列,相对分子质量为16 937.68,理论等电点为9.36,且突变前后IGF-1基因m RNA二级结构发生改变,自由能升高,稳定性降低。研究结果显示,4个牛种IGF-1基因具有较高的遗传多样性,可为贵州地方牛种的保种选育提供参考。
【文章来源】：基因组学与应用生物学. 2020,39(05)北大核心CSCD
【文章页数】：7 页
【部分图文】：
广西三黄鸡mt DNA网络中介图谱
IGF-1基因第1、第2、第3和第4外显子及部分内含子经PCR扩增后分别获得目的片段长度为777 bp、432 bp、463 bp、245 bp(图2)，每个目的片段明亮且无杂带，无明显拖尾，特异性较好，故可用作下一步测序。1.3 IGF-1基因PCR产物测序
利用ExPASy服务器(http://us.expasy.org/tools protparam.html)对牛IGF-1蛋白的理化性质进行预测分析(表2)。结果显示：牛IGF-1蛋白由153个氨基酸组成，相对分子质量为16 937.68 Da，理论等电点为9.36，其中Asp(D)、Ala(A)、Arg(R)、Leu(L)、Lys(K)和Ser(S)这6种氨基酸的数量相对其它氨基酸所占比例较高，各数量均超过10，而Asn(N)、His(H)、Ile(I)相对数量较低，数量均为5以下，Trp(W)不在牛IGF-1蛋白序列中。图4 IGF-1基因Exon3-G56419A位点突变前后m RNA二级结构的变化
【参考文献】：
期刊论文
[1]关岭牛的开发利用现状与产业化发展的对策与建议[J]. 黄永震,文逸凡,冯明祥,邹勇,张桂民,逯倩倩,徐嘉威,陈宏,雷初朝. 中国牛业科学. 2017(06)
[2]DNA条形码技术鉴定中国地方鸡品种的重新评估[J]. 黄勋和,陈洁波,何丹林,张细权,钟福生. 中国农业科学. 2016(13)
[3]广西乌鸡线粒体DNA D-loop区序列遗传多样性分析[J]. 廖玉英,莫国东,黄英飞,黄丽,覃仕善,秦丽梅,文信旺,吴亮,韦凤英. 中国家禽. 2015(13)
[4]广西东兰乌鸡的遗传多样性分析[J]. 莫国东,黄英飞,廖玉英,韦凤英. 南方农业学报. 2015(04)
[5]黎平黄牛遗传资源的特点及开发利用[J]. 刘镜,何光中,杨红文,焦仁刚. 黑龙江畜牧兽医. 2013(11)
[6]中国地方鸡种DNA分子水平遗传多样性的研究进展[J]. 黎小青,李春风,初晓辉,徐志强,陈小波,贾俊静. 中国畜牧兽医. 2012(03)
[7]胰岛素样生长因子IGF-1的研究进展[J]. 邢海权,闫梦菲. 畜禽业. 2011(08)
[8]广西三黄鸡群体遗传多样性研究[J]. 窦新红,韦凤英,黄雄,李慧芳,陈智武,束婧婷,全海,陈宽维. 中国家禽. 2011(15)
[9]内含子及其在基因表达中的作用[J]. 栾薇. 云南农业科技. 2008(S3)
[10]IGF-1对大鼠坐骨神经再生早期的影响[J]. 李光振,朱刚,陈菁,冯华,王宪荣. 第三军医大学学报. 2008(11)
博士论文
[1]五个不同地区牦牛部分生产性能候选基因多态性的研究[D]. 潘和平.甘肃农业大学 2008
[2]牛生长发育性状候选基因的分子标记研究[D]. 高雪.西北农林科技大学 2004
硕士论文
[1]中国特有小型猪IGFs基因的SNP分析及其在相关组织中表达规律的研究[D]. 郎松.吉林大学 2011
本文编号：3221002
【文章来源】：基因组学与应用生物学. 2020,39(05)北大核心CSCD
【文章页数】：7 页
【部分图文】：
广西三黄鸡mt DNA网络中介图谱
IGF-1基因第1、第2、第3和第4外显子及部分内含子经PCR扩增后分别获得目的片段长度为777 bp、432 bp、463 bp、245 bp(图2)，每个目的片段明亮且无杂带，无明显拖尾，特异性较好，故可用作下一步测序。1.3 IGF-1基因PCR产物测序
利用ExPASy服务器(http://us.expasy.org/tools protparam.html)对牛IGF-1蛋白的理化性质进行预测分析(表2)。结果显示：牛IGF-1蛋白由153个氨基酸组成，相对分子质量为16 937.68 Da，理论等电点为9.36，其中Asp(D)、Ala(A)、Arg(R)、Leu(L)、Lys(K)和Ser(S)这6种氨基酸的数量相对其它氨基酸所占比例较高，各数量均超过10，而Asn(N)、His(H)、Ile(I)相对数量较低，数量均为5以下，Trp(W)不在牛IGF-1蛋白序列中。图4 IGF-1基因Exon3-G56419A位点突变前后m RNA二级结构的变化
【参考文献】：
期刊论文
[1]关岭牛的开发利用现状与产业化发展的对策与建议[J]. 黄永震,文逸凡,冯明祥,邹勇,张桂民,逯倩倩,徐嘉威,陈宏,雷初朝. 中国牛业科学. 2017(06)
[2]DNA条形码技术鉴定中国地方鸡品种的重新评估[J]. 黄勋和,陈洁波,何丹林,张细权,钟福生. 中国农业科学. 2016(13)
[3]广西乌鸡线粒体DNA D-loop区序列遗传多样性分析[J]. 廖玉英,莫国东,黄英飞,黄丽,覃仕善,秦丽梅,文信旺,吴亮,韦凤英. 中国家禽. 2015(13)
[4]广西东兰乌鸡的遗传多样性分析[J]. 莫国东,黄英飞,廖玉英,韦凤英. 南方农业学报. 2015(04)
[5]黎平黄牛遗传资源的特点及开发利用[J]. 刘镜,何光中,杨红文,焦仁刚. 黑龙江畜牧兽医. 2013(11)
[6]中国地方鸡种DNA分子水平遗传多样性的研究进展[J]. 黎小青,李春风,初晓辉,徐志强,陈小波,贾俊静. 中国畜牧兽医. 2012(03)
[7]胰岛素样生长因子IGF-1的研究进展[J]. 邢海权,闫梦菲. 畜禽业. 2011(08)
[8]广西三黄鸡群体遗传多样性研究[J]. 窦新红,韦凤英,黄雄,李慧芳,陈智武,束婧婷,全海,陈宽维. 中国家禽. 2011(15)
[9]内含子及其在基因表达中的作用[J]. 栾薇. 云南农业科技. 2008(S3)
[10]IGF-1对大鼠坐骨神经再生早期的影响[J]. 李光振,朱刚,陈菁,冯华,王宪荣. 第三军医大学学报. 2008(11)
博士论文
[1]五个不同地区牦牛部分生产性能候选基因多态性的研究[D]. 潘和平.甘肃农业大学 2008
[2]牛生长发育性状候选基因的分子标记研究[D]. 高雪.西北农林科技大学 2004
硕士论文
[1]中国特有小型猪IGFs基因的SNP分析及其在相关组织中表达规律的研究[D]. 郎松.吉林大学 2011
本文编号：3221002
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3221002.html
