线粒体从头组装揭示欧亚猪遗传多样性及分子进化

发布时间：2021-06-09 16:56

　　家猪的驯化历史悠久,是人类文明的重要组成部分。研究其驯化历史和分子演化需要综合利用分子生物学和种群遗传学手段来分析现代和古代猪DNA。线粒体DNA作为经典的群体遗传学研究工具,对于揭示家猪的驯化起源具有重要意义。然而,公共数据库上现有的猪线粒体序列存在序列短、全序列少、野猪样品稀缺等问题,妨碍了我们对猪驯化前后母系遗传结构、多样性以及分子演化速率的深入了解。此外,由于目前猪古DNA提取、高通量测序和应用依然处于初级摸索阶段,阻碍了我们对早期驯化历史的探寻。本研究结合PCR扩增测序、二代高通量测序及芯片捕获测序等方法,对东西方猪的遗传结构、核苷酸多态性和选择效率进行了有效评估,得到的结果如下:（1）与传统的PCR扩增和测序拼接的方式来获得全线粒体序列相比,利用二代高通量测序数据从头组装线粒体基因组更为省时省力,便于高效挖掘野猪和家猪的母系遗传信息。（2）系统发育分析显示,欧亚家猪和野猪存在明显的母系遗传结构分化,相对于欧洲猪,亚洲猪的驯化历史更加复杂。同时,我们也检测到了一小部分个体存在母系渗入的现象（约5%）,后续研究中需要警惕这类个体对分析结果产生的影响。（3）欧亚家猪在驯化后的线粒... 

【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：70 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图２－１本研宂的技术路线??Ｆｉｇ．２－１?Ｔｈｅ?ｓｃｈｅｍｅ?ｏｆ?ｔｈｉｓ?ｓｔｕｄｙ??

尾两端约５０ｂｐ测序峰图杂乱外，其余部分的测序峰图高而单一，结果真实可信）。??我们将每个个体的正反向测序结果（７０条序列）导入ＧｅｎｅｉｏｕｓＲＩＯ软件中与猪??线粒体参考基因组序列比对进行全线粒体拼接。如图３－１中所示，测序不一致的位??点根据峰值和出现次数手动校准以获得一致的线粒体序列并注释，其长度与参考基??因组长度一致

线粒体具有能量代谢的重要功能，线粒体基因组上可能会累积不同水平的功能??突变（适应性或者有害的），我们先用ＤｎａＳＰ计算了四个群体每个编码基因上同义??突变和非同义突变的数目，统计结果如图３－５所示，蓝色代表同义突变，红色代表??非同义突变，数值代表突变数量。从图３－５中可以看出，野猪（ＡＷ、ＥＷ）比家猪??（ＡＤ、ＥＤ）拥有更多的突变（同义突变和非同义突变），野猪（ＡＷ、ＥＷ）与家猪??（ＡＤ、ＥＤ）在ＮＤ２、ＣＯＸ１、ＮＤ４、ＮＤ５以及ＣＹＴＢ等编码基因上的突变数量具??有明显差异，这些基因可能具有更加重要的功能。对图３－５中的非同义突变和非同??义突变数目进行计算发现，野猪（ＡＷ、ＥＷ）的同义遗传多样性（ｉｔ?ｓ）是家猪（ＡＤ、??２１??

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3220959