影响猪生长和采食的嗅觉受体基因全基因组挖掘
发布时间：2021-06-11 10:58
猪生长相关的性状具有很高的经济价值,其大部分为数量性状,受微效多基因控制。研究表明,家畜嗅觉受体（olfactory receptor,OR）基因的遗传变异不仅与它们的进食行为、食物选择和能量平衡调节有关,还与一些重要生长性状关联。本研究拟通过全基因组拷贝数变异（copy number variation,CNV）关联分析、数量性状基因座（quantitative trait locu,QTL）定位方法找出影响生长性状的OR基因,分析生长性状与采食行为性状的遗传相关,并通过全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）分析方法来研究采食行为是否也与OR基因相关。获得的主要研究结果如下:1.拷贝数变异检测及生长性状关联分析利用CNVcaller软件,在591头大白猪×民猪F2代猪群体中总共检测到3099个CNVRs,其中,2275个CNVRs为缺失,6个为多拷贝,818个为缺失和多拷贝并存。对体长、体高、肩宽、腰宽、管围以及180日龄体重这6个生长性状进行全基因CNV关联分析发现5个CNVRs与F2代猪生长性状显著相关（P<1.61E-5）...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：86 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
OR蛋白质分子结构（TACHERetal.,2005）
中国农业科学院硕士学位论文第二章猪全基因组拷贝数变异检测及生长性状关联分析17表2-9（续）染色体染色体长度/bpCNVRs数量/个1686898991100176970158157186122007142X1442882185672.3.5六个生长性状CNV关联分析利用TASSEL软件对BL、BH、SW、WW、CCB、180dW这6个性状进行了CNV关联分析，以鉴定与这6个性状显著相关的CNV位点。并采用Bonferroni方法对CNV关联分析结果进行多重假设检验，确定了显著性阈值为1.61E-5（0.05/3099）。全基因组CNV关联分析6个性状的结果如图2-1到图2-6所示，各性状所对应的QQ图如图2-7所示。从QQ图中可以看出在群体未出现分层，能在一定程度上降低P值的假阳性率，从而使CNV关联分析的结果更准确。全基因组范围内共找到9个显著性CNVRs，多个性状关联同一个显著CNVR，去除重叠的CNVR后，总共有5个显著性CNVRs，如表2-10所示。除SW和180dW未定位到显著性CNVR，其余性状均定位到显著性CNVR。BL、BH、WW、CCB分别定位到的显著性CNVRs有1、4、1和3个，而且均在7号染色体上。CNVR2091、CNVR2098、CNVR2100、CNVR2101、CNVR2102的区间大小分别为1338399、5199、2799、5799、12799bp。BH、WW、CCB性状均定位到了CNVR2091，说明CNVR2091能同时影响BH、WW、CCB这3个性状。图2-1BL性状全基因组CNV关联分析曼哈顿图Fig.2-1BLtraitgenome-wideCNVassociationanalysisManhattanmap图2-2BH性状全基因组CNV关联分析曼哈顿图Fig.2-2BHtraitgenome-wideCNVassociationanalysisManhattanmap
中国农业科学院硕士学位论文第二章猪全基因组拷贝数变异检测及生长性状关联分析17表2-9（续）染色体染色体长度/bpCNVRs数量/个1686898991100176970158157186122007142X1442882185672.3.5六个生长性状CNV关联分析利用TASSEL软件对BL、BH、SW、WW、CCB、180dW这6个性状进行了CNV关联分析，以鉴定与这6个性状显著相关的CNV位点。并采用Bonferroni方法对CNV关联分析结果进行多重假设检验，确定了显著性阈值为1.61E-5（0.05/3099）。全基因组CNV关联分析6个性状的结果如图2-1到图2-6所示，各性状所对应的QQ图如图2-7所示。从QQ图中可以看出在群体未出现分层，能在一定程度上降低P值的假阳性率，从而使CNV关联分析的结果更准确。全基因组范围内共找到9个显著性CNVRs，多个性状关联同一个显著CNVR，去除重叠的CNVR后，总共有5个显著性CNVRs，如表2-10所示。除SW和180dW未定位到显著性CNVR，其余性状均定位到显著性CNVR。BL、BH、WW、CCB分别定位到的显著性CNVRs有1、4、1和3个，而且均在7号染色体上。CNVR2091、CNVR2098、CNVR2100、CNVR2101、CNVR2102的区间大小分别为1338399、5199、2799、5799、12799bp。BH、WW、CCB性状均定位到了CNVR2091，说明CNVR2091能同时影响BH、WW、CCB这3个性状。图2-1BL性状全基因组CNV关联分析曼哈顿图Fig.2-1BLtraitgenome-wideCNVassociationanalysisManhattanmap图2-2BH性状全基因组CNV关联分析曼哈顿图Fig.2-2BHtraitgenome-wideCNVassociationanalysisManhattanmap
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于嗅觉通路浅议中医芳香疗法与壮医佩药疗法对抑郁症的治疗[J]. 钟静,韦宇婷,梁明坤. 中国民族民间医药. 2019(20)
[2]家禽采食量调控机制及主要调控因子研究进展[J]. 孙永波,王亚,萨仁娜,张宏福. 动物营养学报. 2018(01)
[3]糖皮质激素受体α调节剂高通量筛选模型的建立及应用[J]. 孙彩霞,张振亮,郑海洲,路新华,郑智慧,赵宝华,段宝玲. 中国医药生物技术. 2014(02)
[4]拷贝数变异的研究方法及其在畜禽中的研究进展[J]. 王继英,郭建凤,张大龙,王彦平,陶海英,武英. 农业生物技术学报. 2013(04)
[5]中枢神经系统甘丙肽调节摄食行为及相关机制研究进展(英文)[J]. 方彭华,郁梅,马银屏,李健,隋玉梅,史明仪. Neuroscience Bulletin. 2011(06)
硕士论文
[1]绵羊嗅觉受体（OR）和味觉受体（T1Rs）基因多态性研究[D]. 轩俊丽.甘肃农业大学 2016
本文编号：3224405
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【学位级别】：硕士
【部分图文】：
OR蛋白质分子结构（TACHERetal.,2005）
中国农业科学院硕士学位论文第二章猪全基因组拷贝数变异检测及生长性状关联分析17表2-9（续）染色体染色体长度/bpCNVRs数量/个1686898991100176970158157186122007142X1442882185672.3.5六个生长性状CNV关联分析利用TASSEL软件对BL、BH、SW、WW、CCB、180dW这6个性状进行了CNV关联分析，以鉴定与这6个性状显著相关的CNV位点。并采用Bonferroni方法对CNV关联分析结果进行多重假设检验，确定了显著性阈值为1.61E-5（0.05/3099）。全基因组CNV关联分析6个性状的结果如图2-1到图2-6所示，各性状所对应的QQ图如图2-7所示。从QQ图中可以看出在群体未出现分层，能在一定程度上降低P值的假阳性率，从而使CNV关联分析的结果更准确。全基因组范围内共找到9个显著性CNVRs，多个性状关联同一个显著CNVR，去除重叠的CNVR后，总共有5个显著性CNVRs，如表2-10所示。除SW和180dW未定位到显著性CNVR，其余性状均定位到显著性CNVR。BL、BH、WW、CCB分别定位到的显著性CNVRs有1、4、1和3个，而且均在7号染色体上。CNVR2091、CNVR2098、CNVR2100、CNVR2101、CNVR2102的区间大小分别为1338399、5199、2799、5799、12799bp。BH、WW、CCB性状均定位到了CNVR2091，说明CNVR2091能同时影响BH、WW、CCB这3个性状。图2-1BL性状全基因组CNV关联分析曼哈顿图Fig.2-1BLtraitgenome-wideCNVassociationanalysisManhattanmap图2-2BH性状全基因组CNV关联分析曼哈顿图Fig.2-2BHtraitgenome-wideCNVassociationanalysisManhattanmap
中国农业科学院硕士学位论文第二章猪全基因组拷贝数变异检测及生长性状关联分析17表2-9（续）染色体染色体长度/bpCNVRs数量/个1686898991100176970158157186122007142X1442882185672.3.5六个生长性状CNV关联分析利用TASSEL软件对BL、BH、SW、WW、CCB、180dW这6个性状进行了CNV关联分析，以鉴定与这6个性状显著相关的CNV位点。并采用Bonferroni方法对CNV关联分析结果进行多重假设检验，确定了显著性阈值为1.61E-5（0.05/3099）。全基因组CNV关联分析6个性状的结果如图2-1到图2-6所示，各性状所对应的QQ图如图2-7所示。从QQ图中可以看出在群体未出现分层，能在一定程度上降低P值的假阳性率，从而使CNV关联分析的结果更准确。全基因组范围内共找到9个显著性CNVRs，多个性状关联同一个显著CNVR，去除重叠的CNVR后，总共有5个显著性CNVRs，如表2-10所示。除SW和180dW未定位到显著性CNVR，其余性状均定位到显著性CNVR。BL、BH、WW、CCB分别定位到的显著性CNVRs有1、4、1和3个，而且均在7号染色体上。CNVR2091、CNVR2098、CNVR2100、CNVR2101、CNVR2102的区间大小分别为1338399、5199、2799、5799、12799bp。BH、WW、CCB性状均定位到了CNVR2091，说明CNVR2091能同时影响BH、WW、CCB这3个性状。图2-1BL性状全基因组CNV关联分析曼哈顿图Fig.2-1BLtraitgenome-wideCNVassociationanalysisManhattanmap图2-2BH性状全基因组CNV关联分析曼哈顿图Fig.2-2BHtraitgenome-wideCNVassociationanalysisManhattanmap
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于嗅觉通路浅议中医芳香疗法与壮医佩药疗法对抑郁症的治疗[J]. 钟静,韦宇婷,梁明坤. 中国民族民间医药. 2019(20)
[2]家禽采食量调控机制及主要调控因子研究进展[J]. 孙永波,王亚,萨仁娜,张宏福. 动物营养学报. 2018(01)
[3]糖皮质激素受体α调节剂高通量筛选模型的建立及应用[J]. 孙彩霞,张振亮,郑海洲,路新华,郑智慧,赵宝华,段宝玲. 中国医药生物技术. 2014(02)
[4]拷贝数变异的研究方法及其在畜禽中的研究进展[J]. 王继英,郭建凤,张大龙,王彦平,陶海英,武英. 农业生物技术学报. 2013(04)
[5]中枢神经系统甘丙肽调节摄食行为及相关机制研究进展(英文)[J]. 方彭华,郁梅,马银屏,李健,隋玉梅,史明仪. Neuroscience Bulletin. 2011(06)
硕士论文
[1]绵羊嗅觉受体（OR）和味觉受体（T1Rs）基因多态性研究[D]. 轩俊丽.甘肃农业大学 2016
本文编号：3224405
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