利用基因芯片技术筛选和鉴定温州水牛乳质性状相关基因
发布时间：2021-06-16 18:37
温州水牛是国家级畜禽遗传资源保护品种。与普通牛奶相比,水牛奶拥有较高的干物质含量,具有很大的潜在价值。因此发掘温州水牛的候选功能基因和单核苷酸多态性分子标记,能够为乳用温州水牛的分子标记辅助育种及其乳产品的开发利用提供理论依据和技术支持。本试验以平阳县挺志温州水牛乳业有限公司和湖北荆门市沙洋县五里镇奶水牛养殖示范基地内的温州水牛为研究对象,选取泌乳前期、泌乳中期、泌乳后期各10头温州水牛,分析了不同泌乳时期外周血白细胞基因组表达谱变化情况,并对不同泌乳时期的差异表达基因进行了KEGG通路分析。选取JAK-STAT信号通路、TGF-β信号通路和Wnt信号通路作为研究对象,确定不同泌乳时期这些通路内的2倍上调或下调的IL-21R等共4个差异表达基因及其分子功能。并将IL-21R基因列为温州水牛乳质性状的候选功能基因,运用PCR-SSCP方法对134头温州水牛IL-21R基因的进行了SNPs检测。同时对已报道的与中国荷斯坦奶牛乳质性状相关的STAT1基因3’UTR,STAT4基因intron20和PRL基因exon4内存在的SNP在温州水牛试验群体内进行了检测。结果如下：（1）温州水牛不同泌...
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：87 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
英文縮写说明
第一章 文献综述
1.1 温州水牛及水牛奶产业的现状概述
1.1.1 温州水牛品种资源简介
1.1.2 水牛奶的营养价值和发展潜力
1.2 水牛乳质性状相关基因及其多态性的研究进展
1.2.1 参与乳腺发育和泌乳调控的主效基因及其多态性研究进展
1.2.2 参与乳脂合成及其相关代谢通路调控的主效基因及其多态性研究进展
1.2.3 参与乳蛋白合成的主效基因及其多态性研究进展
1.2.4 水牛乳质性状相关基因研究现状小结
1.3 基因芯片技术研究进展
1.3.1 基因芯片简介
1.3.2 基因芯片在畜牧业中的应用
1.3.3 基因芯片技术小结
第二章 温州水牛全基因组表达谱芯片检测与数据分析
2.1 材料与方法
2.1.1 试验动物与采样方法
2.1.2 主要试验设备及仪器
2.1.3 主要试剂
2.1.4 芯片的制备
2.1.5. 芯片数据处理与分析方法
2.2 芯片分析结果
2.2.1 试验样品总RNA的检测
2.2.2 不同泌乳时期温州水牛外周血白细胞基因芯片检测的原始灰度图
2.2.3 不同泌乳时期温州水牛外周血白细胞基因芯片检测的质量判断
2.2.4 不同泌乳时期温州水牛外周血白细胞基因芯片检测的结果
2.2.5 不同泌乳时期温州水牛外周血白细胞基因芯片检测的基因表达谱散点图
2.2.6 不同泌乳时期温州水牛外周血白细胞基因芯片差异表达基因分析
2.3 讨论
2.3.1 JAK-STAT信号通路及其差异表达基因的功能分析
2.3.2 TGF-β信号通路及其差异表达基因的功能分析
2.3.3 Wnt信号通路及其差异表达基因的功能分析
第三章 温州水牛IL-21R基因的PCR-SSCP检测及其遗传多态性分析
3.1 材料与方法
3.1.1 试验动物及采样方法
3.1.2 血液DNA提取
3.1.3 PCR扩增及检测
3.1.4 PCR-SSCP检测
3.1.5 PCR产物的纯化回收及测序
3.1.6 序列分析
3.1.7 统计分析
3.2 结果
3.2.1 温州水牛基因组DNA提取结果
3.2.2 温州水牛IL-21R基因各引物扩增片段结果
3.2.3 温州水牛IL-21R基因各引物对扩增片段的PCR-SSCP检测及测序
3.2.4 IL-21R基因SNPs连锁不平衡程度分析
3.2.5 温州水牛IL-21R基因SNPs的群体遗传学分析
3.3. 讨论
3.3.1 温州水牛试验群体IL-21R基因SNPs分析
3.3.2 温州水牛试验群体IL-21R基因SNPs的遗传多样性分析
3.3.3 小结
第四章 温州水牛STAT1、STAT4、PRL基因PCR-SSCP分析
4.1 材料与方法
4.1.1 试验材料
4.1.2 血液DNA提取
4.1.3 PCR扩增及检测
4.1.4 PCR-SSCP检测
4.1.5 PCR产物的纯化回收及测序
4.1.6 序列分析
4.1.7 统计分析
4.2 结果与分析
4.2.1 温州水牛STAT1基因引物对扩增片段的SSCP检测及不同基因型的测序
4.2.2 温州水牛STAT4基因引物对扩增片段的SSCP检测及不同基因型的测序
4.2.3 温州水牛PRL基因引物对扩增片段的SSCP检测及不同基因型的测序
4.2.4 温州水牛STAT1、STAT4和PRL基因SNPs的群体遗传学分析
4.2.5 温州水牛STAT1、STAT4和PRL基因扩增片段与荷斯坦奶牛序列的多重比对
4.3 讨论
4.3.1 温州水牛试验群体STAT1、STAT4和PRL基因的SNPs分析
4.3.2 温州水牛试验群体STAT1,STAT4,PRL基因SNPs的遗传多态性分析
4.3.3 温州水牛试验群体与荷斯坦奶牛群体STAT1、STAT4和PRL基因SNPs的差异
4.3.4 小结
第五章 全文结论
参考文献
附录
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]对勾函数的图像为何是双曲线[J]. 段明贵,谷留明. 中学数学研究(华南师范大学版). 2020(03)
[2]TGF-β/Smads信号转导与肿瘤的研究进展[J]. 赵林,钟鸣. 实用临床医学. 2012(03)
[3]WNT信号通路的研究进展[J]. 赵静,张春雷,房兴堂,陈宏. 中国牛业科学. 2012(01)
[4]水牛乳理化及其生物学特性研究进展[J]. 姚春杰,李全阳,黄忠闯. 广西轻工业. 2011(05)
[5]水牛奶组分及其功能特性研究进展[J]. 李全阳,张宪省,刘小玲,姜元欣. 食品科学. 2011(03)
[6]STATs家族基因多态性在奶牛育种中的研究进展[J]. 褚敏,阎萍,裴杰,梁春年,郭宪,曾玉峰,包鹏甲. 黑龙江畜牧兽医. 2011(03)
[7]12个水牛群体催乳素基因第4外显子遗传特征分析[J]. 袁峰,苗永旺,李大林,汤守锟,许政,霍金龙,祁宏. 动物学研究. 2010(06)
[8]水牛PRL和PRLR部分外显子基因的多态性[J]. 王锦,刘玉兵,李明鸿,刘庆友,石德顺. 中国兽医学报. 2010(11)
[9]水牛κ-酪蛋白外显子4基因的克隆及序列分析[J]. 覃广胜,杨炳壮,黄加祥,张秀芳,陈明棠,梁贤威,蒋和生. 畜牧与兽医. 2010(09)
[10]经典Wnt/β-catenin信号通路中的双向调控[J]. 刘洋,张晨光,周春燕. 北京大学学报(医学版). 2010(02)
硕士论文
[1]水牛DGAT1基因的克隆及SNP分析[D]. 周军.中国农业大学 2005
本文编号：3233579
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：87 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
英文縮写说明
第一章 文献综述
1.1 温州水牛及水牛奶产业的现状概述
1.1.1 温州水牛品种资源简介
1.1.2 水牛奶的营养价值和发展潜力
1.2 水牛乳质性状相关基因及其多态性的研究进展
1.2.1 参与乳腺发育和泌乳调控的主效基因及其多态性研究进展
1.2.2 参与乳脂合成及其相关代谢通路调控的主效基因及其多态性研究进展
1.2.3 参与乳蛋白合成的主效基因及其多态性研究进展
1.2.4 水牛乳质性状相关基因研究现状小结
1.3 基因芯片技术研究进展
1.3.1 基因芯片简介
1.3.2 基因芯片在畜牧业中的应用
1.3.3 基因芯片技术小结
第二章 温州水牛全基因组表达谱芯片检测与数据分析
2.1 材料与方法
2.1.1 试验动物与采样方法
2.1.2 主要试验设备及仪器
2.1.3 主要试剂
2.1.4 芯片的制备
2.1.5. 芯片数据处理与分析方法
2.2 芯片分析结果
2.2.1 试验样品总RNA的检测
2.2.2 不同泌乳时期温州水牛外周血白细胞基因芯片检测的原始灰度图
2.2.3 不同泌乳时期温州水牛外周血白细胞基因芯片检测的质量判断
2.2.4 不同泌乳时期温州水牛外周血白细胞基因芯片检测的结果
2.2.5 不同泌乳时期温州水牛外周血白细胞基因芯片检测的基因表达谱散点图
2.2.6 不同泌乳时期温州水牛外周血白细胞基因芯片差异表达基因分析
2.3 讨论
2.3.1 JAK-STAT信号通路及其差异表达基因的功能分析
2.3.2 TGF-β信号通路及其差异表达基因的功能分析
2.3.3 Wnt信号通路及其差异表达基因的功能分析
第三章 温州水牛IL-21R基因的PCR-SSCP检测及其遗传多态性分析
3.1 材料与方法
3.1.1 试验动物及采样方法
3.1.2 血液DNA提取
3.1.3 PCR扩增及检测
3.1.4 PCR-SSCP检测
3.1.5 PCR产物的纯化回收及测序
3.1.6 序列分析
3.1.7 统计分析
3.2 结果
3.2.1 温州水牛基因组DNA提取结果
3.2.2 温州水牛IL-21R基因各引物扩增片段结果
3.2.3 温州水牛IL-21R基因各引物对扩增片段的PCR-SSCP检测及测序
3.2.4 IL-21R基因SNPs连锁不平衡程度分析
3.2.5 温州水牛IL-21R基因SNPs的群体遗传学分析
3.3. 讨论
3.3.1 温州水牛试验群体IL-21R基因SNPs分析
3.3.2 温州水牛试验群体IL-21R基因SNPs的遗传多样性分析
3.3.3 小结
第四章 温州水牛STAT1、STAT4、PRL基因PCR-SSCP分析
4.1 材料与方法
4.1.1 试验材料
4.1.2 血液DNA提取
4.1.3 PCR扩增及检测
4.1.4 PCR-SSCP检测
4.1.5 PCR产物的纯化回收及测序
4.1.6 序列分析
4.1.7 统计分析
4.2 结果与分析
4.2.1 温州水牛STAT1基因引物对扩增片段的SSCP检测及不同基因型的测序
4.2.2 温州水牛STAT4基因引物对扩增片段的SSCP检测及不同基因型的测序
4.2.3 温州水牛PRL基因引物对扩增片段的SSCP检测及不同基因型的测序
4.2.4 温州水牛STAT1、STAT4和PRL基因SNPs的群体遗传学分析
4.2.5 温州水牛STAT1、STAT4和PRL基因扩增片段与荷斯坦奶牛序列的多重比对
4.3 讨论
4.3.1 温州水牛试验群体STAT1、STAT4和PRL基因的SNPs分析
4.3.2 温州水牛试验群体STAT1,STAT4,PRL基因SNPs的遗传多态性分析
4.3.3 温州水牛试验群体与荷斯坦奶牛群体STAT1、STAT4和PRL基因SNPs的差异
4.3.4 小结
第五章 全文结论
参考文献
附录
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]对勾函数的图像为何是双曲线[J]. 段明贵,谷留明. 中学数学研究(华南师范大学版). 2020(03)
[2]TGF-β/Smads信号转导与肿瘤的研究进展[J]. 赵林,钟鸣. 实用临床医学. 2012(03)
[3]WNT信号通路的研究进展[J]. 赵静,张春雷,房兴堂,陈宏. 中国牛业科学. 2012(01)
[4]水牛乳理化及其生物学特性研究进展[J]. 姚春杰,李全阳,黄忠闯. 广西轻工业. 2011(05)
[5]水牛奶组分及其功能特性研究进展[J]. 李全阳,张宪省,刘小玲,姜元欣. 食品科学. 2011(03)
[6]STATs家族基因多态性在奶牛育种中的研究进展[J]. 褚敏,阎萍,裴杰,梁春年,郭宪,曾玉峰,包鹏甲. 黑龙江畜牧兽医. 2011(03)
[7]12个水牛群体催乳素基因第4外显子遗传特征分析[J]. 袁峰,苗永旺,李大林,汤守锟,许政,霍金龙,祁宏. 动物学研究. 2010(06)
[8]水牛PRL和PRLR部分外显子基因的多态性[J]. 王锦,刘玉兵,李明鸿,刘庆友,石德顺. 中国兽医学报. 2010(11)
[9]水牛κ-酪蛋白外显子4基因的克隆及序列分析[J]. 覃广胜,杨炳壮,黄加祥,张秀芳,陈明棠,梁贤威,蒋和生. 畜牧与兽医. 2010(09)
[10]经典Wnt/β-catenin信号通路中的双向调控[J]. 刘洋,张晨光,周春燕. 北京大学学报(医学版). 2010(02)
硕士论文
[1]水牛DGAT1基因的克隆及SNP分析[D]. 周军.中国农业大学 2005
本文编号：3233579
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3233579.html
