沙门氏菌sRNA GcvB调控基因筛选
发布时间：2021-06-17 12:58
为研究沙门氏菌（Salmonella）中重要的调控因子小RNA GcvB（small RNA,sRNA）对细菌的生存、毒力以及致病性的影响,筛选GcvB可能调控的靶基因。本研究采用高通量的转录组测序（RNA-seq）技术对沙门氏菌LT2标准株和沙门氏菌LT2 gcvB基因缺失株的mRNA进行对比分析,全面的预测GcvB的调控基因数量与种类。使用GO和KEGG等数据库进行信息学分析,结合Target RNA2预测其相互作用位点,对筛选出的表达差异最大的Top10基因、ABC转运蛋白通路部分基因、Target RNA2预测部分基因进行荧光定量PCR验证,进一步分析筛选基因的主要功能及涉及的生物学过程。结果如下:1.沙门氏菌gcvB基因缺失株鉴定与生长曲线测定采用PCR方法对沙门氏菌LT2标准株及沙门氏菌LT2 gcvB基因缺失株进行鉴定,结果显示gcvB基因序列被cat基因序列替换,小RNA GcvB已被敲除。采用比浊法测定两株细菌的生长曲线,结果显示沙门氏菌LT2标准株在6 h时进入对数期,在沙门氏菌LT2 gcvB缺失株3h时进入对数期,两株菌株在12 h时进入平台期,表明小RNA G...
【文章来源】：贵州大学贵州省 211工程院校
【文章页数】：84 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
小RNAGcvB模式图（SharmaCM制）
A-Seq 数据处理据研究对象和研究目的不同，RNA-seq 数据的处理流程有所不同，通自单样本或多个样本。多个样本的 RNA-seq 数据处理先分别处理每于每个样本数据的处理，首先是将读段定位到相应物种的基因组上，因组注释文件，计算出定位到某个基因上的读段数目，从而推测出相。但某些读段在基因组上存在多个定位位置，为此对数据进行处理后水平。处理得到的数据进行生物信息学分析，对于有参考基因组的测学相关知识，对数据结果进行基因表达差异分析、新转录本预测、非翻可变剪接分析及 SSR/SNP 分析与 Non-coding RNA 分析（侯佩莉等考基因组的测序分析，应该从头进行组装（de novo assembling)，形成图 1-2 RNA-seq 技术技术实验流程（石险峰制）Figure 1-2 Experimental flow of RNA-seq technology (Shishifeng system
0 DNAMarker；1，阴性对照；2 DNA Marker; 1, negative control;图 3-1 PCR 产物扩增结果igure 3-1 PCR product amplificatioTTAGTTTTCCAGAGCCACCATCTCTAGGTTCTACCAGCAAATACCTATAGAGGTTCTACCAGCAAATACCTATAGTAGTTTTCCAGAGCCACCATCTCT409 菌株与 10241 菌株目的序列比ram of the sequence alignment of 10241 菌株上下游同源序列；划 and downstream homologous seq
【参考文献】：
期刊论文
[1]转录组测序的发展和应用[J]. 王楚彪,卢万鸿,林彦,罗建中. 桉树科技. 2018(04)
[2]全转录组学在畜牧业中的应用[J]. 石田培,张莉. 遗传. 2019(03)
[3]RNA-Seq技术在转录组研究中的应用[J]. 孙洪计,魏慧君. 中外医学研究. 2018(20)
[4]RNA-Seq技术在动物病毒传染病学研究中的应用[J]. 侯佩莉,王洪梅,赵贵民,何洪彬. 中国兽医学报. 2018(06)
[5]基于RNA-seq分析Eha调控迟缓爱德华菌抵抗酸化的作用[J]. 刘念,李玉红,郑恩金,高大庆,陆承平. 中国人兽共患病学报. 2017(07)
[6]ABC转运蛋白结构特点及在植物和真菌重金属耐性中的作用与机制[J]. 曹冠华,柏旭,陈迪,张晓蓉,贺森. 农业生物技术学报. 2016(10)
博士论文
[1]基于RNA-Seq技术发现福氏志贺菌新sRNA及探讨其致病机制研究[D]. 王立贵.中国人民解放军军事医学科学院 2016
[2]高通量RNA-seq测序数据的基因表达水平分析研究[D]. 张礼.南京航空航天大学 2016
[3]基于全局转录组分析研究华癸中慢生根瘤菌7653R类菌体分化和固氮机理[D]. 彭杰丽.华中农业大学 2014
[4]小尾寒羊和杜泊羊臂二头肌转录组及肌球蛋白轻链基因家族结构特征分析[D]. 张春兰.山东农业大学 2014
硕士论文
[1]RNA-Seq数据差异表达及聚类分析研究[D]. 石险峰.南京航空航天大学 2018
[2]鸭应对DEV感染的主要免疫基因筛选[D]. 吴良涛.贵州大学 2017
[3]基于RNA-Seq数据的差异表达基因检测算法研究[D]. 张宁.大连海事大学 2017
[4]基于RNA-Seq数据的差异表达分析研究[D]. 王黎黎.南京航空航天大学 2016
本文编号：3235238
【文章来源】：贵州大学贵州省 211工程院校
【文章页数】：84 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
小RNAGcvB模式图（SharmaCM制）
A-Seq 数据处理据研究对象和研究目的不同，RNA-seq 数据的处理流程有所不同，通自单样本或多个样本。多个样本的 RNA-seq 数据处理先分别处理每于每个样本数据的处理，首先是将读段定位到相应物种的基因组上，因组注释文件，计算出定位到某个基因上的读段数目，从而推测出相。但某些读段在基因组上存在多个定位位置，为此对数据进行处理后水平。处理得到的数据进行生物信息学分析，对于有参考基因组的测学相关知识，对数据结果进行基因表达差异分析、新转录本预测、非翻可变剪接分析及 SSR/SNP 分析与 Non-coding RNA 分析（侯佩莉等考基因组的测序分析，应该从头进行组装（de novo assembling)，形成图 1-2 RNA-seq 技术技术实验流程（石险峰制）Figure 1-2 Experimental flow of RNA-seq technology (Shishifeng system
0 DNAMarker；1，阴性对照；2 DNA Marker; 1, negative control;图 3-1 PCR 产物扩增结果igure 3-1 PCR product amplificatioTTAGTTTTCCAGAGCCACCATCTCTAGGTTCTACCAGCAAATACCTATAGAGGTTCTACCAGCAAATACCTATAGTAGTTTTCCAGAGCCACCATCTCT409 菌株与 10241 菌株目的序列比ram of the sequence alignment of 10241 菌株上下游同源序列；划 and downstream homologous seq
【参考文献】：
期刊论文
[1]转录组测序的发展和应用[J]. 王楚彪,卢万鸿,林彦,罗建中. 桉树科技. 2018(04)
[2]全转录组学在畜牧业中的应用[J]. 石田培,张莉. 遗传. 2019(03)
[3]RNA-Seq技术在转录组研究中的应用[J]. 孙洪计,魏慧君. 中外医学研究. 2018(20)
[4]RNA-Seq技术在动物病毒传染病学研究中的应用[J]. 侯佩莉,王洪梅,赵贵民,何洪彬. 中国兽医学报. 2018(06)
[5]基于RNA-seq分析Eha调控迟缓爱德华菌抵抗酸化的作用[J]. 刘念,李玉红,郑恩金,高大庆,陆承平. 中国人兽共患病学报. 2017(07)
[6]ABC转运蛋白结构特点及在植物和真菌重金属耐性中的作用与机制[J]. 曹冠华,柏旭,陈迪,张晓蓉,贺森. 农业生物技术学报. 2016(10)
博士论文
[1]基于RNA-Seq技术发现福氏志贺菌新sRNA及探讨其致病机制研究[D]. 王立贵.中国人民解放军军事医学科学院 2016
[2]高通量RNA-seq测序数据的基因表达水平分析研究[D]. 张礼.南京航空航天大学 2016
[3]基于全局转录组分析研究华癸中慢生根瘤菌7653R类菌体分化和固氮机理[D]. 彭杰丽.华中农业大学 2014
[4]小尾寒羊和杜泊羊臂二头肌转录组及肌球蛋白轻链基因家族结构特征分析[D]. 张春兰.山东农业大学 2014
硕士论文
[1]RNA-Seq数据差异表达及聚类分析研究[D]. 石险峰.南京航空航天大学 2018
[2]鸭应对DEV感染的主要免疫基因筛选[D]. 吴良涛.贵州大学 2017
[3]基于RNA-Seq数据的差异表达基因检测算法研究[D]. 张宁.大连海事大学 2017
[4]基于RNA-Seq数据的差异表达分析研究[D]. 王黎黎.南京航空航天大学 2016
本文编号：3235238
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