湖羊睾丸发育和大小相关基因的鉴定及SNPs的筛选
发布时间：2021-06-21 04:55
繁殖力是肉羊生产中重要经济性状之一,对种公羊进行早期选育有助于提高肉羊群体繁殖力,进而提升经济效益。睾丸作为雄性动物特有的生殖器官,其大小与精子的质量及数量都紧密相关;并且睾丸大小遗传力高,易于测定,被认为是遗传改良公畜繁殖力最有效的指标。然而睾丸的发育是一个精细又复杂的过程,对该过程进行深入解析有助于更加深入地了解睾丸的发育过程,因此本研究利用三代全长转录组和iTRAQ技术对湖羊初生（M0）、3月龄（M3）、12月龄（M12）以及6月龄大睾丸（M6L）和小睾丸（M6S）的全长转录组和蛋白组分析,筛选与湖羊睾丸发育相关的蛋白,并且选择了9个候选基因开展SNPs扫描,筛选与睾丸大小相关的SNPs。本论文得到的研究结果如下:（1）将不同发育阶段,包括M0、M3、M12以及M6L和M6S组睾丸混合进行三代全长转录组测序。共获得一致性序列209832条,去除冗余转录本后有86660条序列,平均长度为2337bp,其中新转录本68297条。使用NR、Swissprot、GO、COG/KOG、Pfam和KEGG数据库进行注释,注释到62218条新转录本。对新转录本进行结构分析,预测到46180个S...
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：127 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
ROI长度分布
兰州大学硕士学位论文湖羊睾丸发育和大小相关基因的鉴定及SNPs的筛选16图2-1ROI长度分布Figure2-1ThedistributionofROIreadslength图2-2ROI质量值分布情况Figure2-2ThedistributionofROIreadsquality注：横坐标：ROI质量值分布；左侧纵坐标：ROI序列质量频数分布直方图；右侧纵坐标：大于相应质量值的碱基数。Note:abscissa:ROIqualityvaluedistribution;leftordinate:ROIsequencequalityfrequencydistributionhistogram;rightordinate:basenumbergreaterthanthecorrespondingqualityvalue.
兰州大学硕士学位论文湖羊睾丸发育和大小相关基因的鉴定及SNPs的筛选172.2.1.2测序数据的质量评估在获得的ROI序列中，根据是否包含5"引物，3"引物及polyA尾，可将序列分成全长序列（包含5"引物，3"引物及polyA尾）和非全长序列。其中由于片段长度过短过滤掉的ROI仅占总ROI序列的1.7%，非全长序列占27.1%（缺乏引物序列占16.7%，缺乏polyA序列占10.4%），全长非嵌合序列占总ROI的70.3%，共有472430条序列，全长嵌合序列仅占0.9%（图2-3）。其中全长非嵌合序列长度集中在1~6kb长度范围内，大部分序列长度集中在5k以下（图2-4）。图2-3ROI序列分类Figure2-3TheclassificationofROIreads图2-4全长非嵌合序列长度分布Figure2-4ThedistributionofFLNClength
【参考文献】：
期刊论文
[1]睾丸间质细胞中的线粒体对雄激素合成的影响[J]. 李海超,宋春垚,刘畅,张航,张浩,王艳春. 吉林医药学院学报. 2018(05)
[2]人源类溶菌酶蛋白4在受精过程中的作用及酶学性质研究[J]. 黄鹏,钱能,杜望春,施尉珺,孙庆文,张宁. 中华男科学杂志. 2018(02)
[3]湖羊的12个优良特性[J]. 陈家振,马月辉,刘会敏,纪宇,王若丞. 现代畜牧科技. 2017(11)
[4]Alternative Polyadenylation:Methods,Findings,and Impacts[J]. Wei Chen,Qi Jia,Yifan Song,Haihui Fu,Gang Wei,Ting Ni. Genomics,Proteomics & Bioinformatics. 2017(05)
[5]蛋白质代谢通路对鸡雄性生殖细胞分化的调控[J]. 李东,汤贝贝,王颖洁,纪艳芹,王飞,路镇宇,王曼,张亚妮,李碧春. 中国农业科学. 2016(24)
[6]Multiplex qPCR for serodetection and serotyping of hepatitis viruses: A brief review[J]. Mohammad Irshad,Priyanka Gupta,Dhananjay Singh Mankotia,Mohammad Ahmad Ansari. World Journal of Gastroenterology. 2016(20)
[7]iTRAQ技术及其在动物蛋白质组学中的研究进展[J]. 陈潇飞,何晓红,叶绍辉,宋伸,杨敏,王月月,马月辉. 黑龙江畜牧兽医. 2016(07)
[8]基于PacBio平台的全长转录组测序[J]. 任毅鹏,张佳庆,孙瑜,吴振峰,阮吉寿,贺秉军,刘国卿,高山,卜文俊. 科学通报. 2016(11)
[9]人未成熟睾丸组织体外生殖细胞发育的实验研究[J]. 蔡春红,何大维,扶溢瑶,曾广平,刘星,林涛,魏光辉. 中华小儿外科杂志. 2015 (11)
[10]不同发育阶段牦牛睾丸生精小管和间质细胞的形态学变化[J]. 朱俊峰,谷来凤,闫振龙,田旦增,袁莉刚. 甘肃农业大学学报. 2014(04)
博士论文
[1]整合RNA-seq和全基因组测序数据解析控制湖羊睾丸发育的基因和调控网络[D]. 孙武.兰州大学 2019
[2]人睾丸蛋白质表达谱的构建及精子发生相关蛋白质组学研究[D]. 霍然.南京医科大学 2006
硕士论文
[1]不同发育期绵羊睾丸差异蛋白质组学研究[D]. 卢曾奎.甘肃农业大学 2016
[2]不同RFI育肥羔羊生产性能和体组成及消化代谢研究[D]. 莫负涛.甘肃农业大学 2016
[3]小鼠精子发生相关蛋白质的初步分析[D]. 朱叶飞.南京医科大学 2003
本文编号：3240020
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：127 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
ROI长度分布
兰州大学硕士学位论文湖羊睾丸发育和大小相关基因的鉴定及SNPs的筛选16图2-1ROI长度分布Figure2-1ThedistributionofROIreadslength图2-2ROI质量值分布情况Figure2-2ThedistributionofROIreadsquality注：横坐标：ROI质量值分布；左侧纵坐标：ROI序列质量频数分布直方图；右侧纵坐标：大于相应质量值的碱基数。Note:abscissa:ROIqualityvaluedistribution;leftordinate:ROIsequencequalityfrequencydistributionhistogram;rightordinate:basenumbergreaterthanthecorrespondingqualityvalue.
兰州大学硕士学位论文湖羊睾丸发育和大小相关基因的鉴定及SNPs的筛选172.2.1.2测序数据的质量评估在获得的ROI序列中，根据是否包含5"引物，3"引物及polyA尾，可将序列分成全长序列（包含5"引物，3"引物及polyA尾）和非全长序列。其中由于片段长度过短过滤掉的ROI仅占总ROI序列的1.7%，非全长序列占27.1%（缺乏引物序列占16.7%，缺乏polyA序列占10.4%），全长非嵌合序列占总ROI的70.3%，共有472430条序列，全长嵌合序列仅占0.9%（图2-3）。其中全长非嵌合序列长度集中在1~6kb长度范围内，大部分序列长度集中在5k以下（图2-4）。图2-3ROI序列分类Figure2-3TheclassificationofROIreads图2-4全长非嵌合序列长度分布Figure2-4ThedistributionofFLNClength
【参考文献】：
期刊论文
[1]睾丸间质细胞中的线粒体对雄激素合成的影响[J]. 李海超,宋春垚,刘畅,张航,张浩,王艳春. 吉林医药学院学报. 2018(05)
[2]人源类溶菌酶蛋白4在受精过程中的作用及酶学性质研究[J]. 黄鹏,钱能,杜望春,施尉珺,孙庆文,张宁. 中华男科学杂志. 2018(02)
[3]湖羊的12个优良特性[J]. 陈家振,马月辉,刘会敏,纪宇,王若丞. 现代畜牧科技. 2017(11)
[4]Alternative Polyadenylation:Methods,Findings,and Impacts[J]. Wei Chen,Qi Jia,Yifan Song,Haihui Fu,Gang Wei,Ting Ni. Genomics,Proteomics & Bioinformatics. 2017(05)
[5]蛋白质代谢通路对鸡雄性生殖细胞分化的调控[J]. 李东,汤贝贝,王颖洁,纪艳芹,王飞,路镇宇,王曼,张亚妮,李碧春. 中国农业科学. 2016(24)
[6]Multiplex qPCR for serodetection and serotyping of hepatitis viruses: A brief review[J]. Mohammad Irshad,Priyanka Gupta,Dhananjay Singh Mankotia,Mohammad Ahmad Ansari. World Journal of Gastroenterology. 2016(20)
[7]iTRAQ技术及其在动物蛋白质组学中的研究进展[J]. 陈潇飞,何晓红,叶绍辉,宋伸,杨敏,王月月,马月辉. 黑龙江畜牧兽医. 2016(07)
[8]基于PacBio平台的全长转录组测序[J]. 任毅鹏,张佳庆,孙瑜,吴振峰,阮吉寿,贺秉军,刘国卿,高山,卜文俊. 科学通报. 2016(11)
[9]人未成熟睾丸组织体外生殖细胞发育的实验研究[J]. 蔡春红,何大维,扶溢瑶,曾广平,刘星,林涛,魏光辉. 中华小儿外科杂志. 2015 (11)
[10]不同发育阶段牦牛睾丸生精小管和间质细胞的形态学变化[J]. 朱俊峰,谷来凤,闫振龙,田旦增,袁莉刚. 甘肃农业大学学报. 2014(04)
博士论文
[1]整合RNA-seq和全基因组测序数据解析控制湖羊睾丸发育的基因和调控网络[D]. 孙武.兰州大学 2019
[2]人睾丸蛋白质表达谱的构建及精子发生相关蛋白质组学研究[D]. 霍然.南京医科大学 2006
硕士论文
[1]不同发育期绵羊睾丸差异蛋白质组学研究[D]. 卢曾奎.甘肃农业大学 2016
[2]不同RFI育肥羔羊生产性能和体组成及消化代谢研究[D]. 莫负涛.甘肃农业大学 2016
[3]小鼠精子发生相关蛋白质的初步分析[D]. 朱叶飞.南京医科大学 2003
本文编号：3240020
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