绒山羊皮肤绒毛生长期与静息期基因差异表达的研究

发布时间：2021-06-21 09:41

　　本项研究采用第二代超高通量DNA测序技术结合生物信息学的方法,对来源于内蒙古阿尔巴斯型白绒山羊的绒毛生长期与静息期三个皮肤部位的样本进行了深度的转录组测序,并运用de novo的方法对其皮肤转录组进行从头组装,随后对这两个时期所出现的差异表达基因进行了深入系统的分析,以便更加深入地了解绒山羊绒毛生长的分子机理,找出潜在的可能与绒毛生长相关的基因,为今后进一步进行功能验证提供理论依据。1.绒山羊皮肤转录组的高通量测序及de novo组装及组装效果评估在绒山羊绒毛生长期和静息期分别取两只雌性阿尔巴斯绒山羊个体的腹部、体侧和背部皮肤共计6个样本,进行RNA-Seq文库的构建和Illumina/Solexa高通量测序。共得到2亿8千多万条100bp的读段,从头组装得到57,568条长度大于300bp的转录本序列。这些转录本序列长度总和达到53Megabase,平均长度928bp,N50长度1,397bp。将57,568条转录组序列与NCBI的非冗余蛋白数据库进行比对,其中有24,640条为阳性。随后对转录组序列的蛋白质编码区进行从头预测,共发现24,058个蛋白质编码序列。从头预测的蛋白质编码... 

【文章来源】：内蒙古大学内蒙古自治区 211工程院校

【文章页数】：102 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
缩略词表
前言
    参考文献
第一部分 文献综述
    一.毛囊的结构及功能
    二.毛囊发育的分子基础
    三.绒山羊毛囊结构及形态发生过程的研究
    四.筛选差异表达基因的常用技术
    参考文献
第二部分 研究论文
    第一章 绒山羊皮肤转录组文库的构建、高通量测序、序列分析
        摘要
        引言
        1 材料与方法
            1.1 材料
            1.2 方法
        2 结果
        3 讨论及结论
        参考文献
    第二章 基于从头组装皮肤转录组序列的绒毛生长期与静息期基因表达谱的构建及差异基因表达分析
        摘要
        引言
        1 材料与方法
            1.1 材料
            1.2 方法
        2 结果
        3 讨论及结论
        参考文献
    第三章 基于云南黑山羊基因组序列的绒毛生长期与静息期基因差异表达分析
        摘要
        引言
        1 材料与方法
            1.1 材料
            1.2 方法
        2 结果
        3 讨论及结论
        参考文献
结论
实验主要创新点及后续工作建议
致谢
发表论文



本文编号：3240447