香猪基因组高频变异基因研究
发布时间：2021-07-06 14:33
香猪具有性成熟早、产仔数少的繁殖特点,是中国小型地方猪种。基因组高频变异基因研究的目的,是通过比较香猪与梅山猪、杜洛克同一位点的等位基因频率差异,筛选出香猪与其他猪种高度分化的SNPs或In Dels。为了得到与香猪性状相关的高频变异基因,选择了与香猪繁殖、体型、肉质、抗逆等性状有明显差异的梅山猪和杜洛克作为参照,对香猪高频变异基因进行研究分析。获得香猪外显子上SNPs和In Dels共245,486个,其中,导致基因所编码蛋白质的氨基酸序列发生改变的SNPs和InDels有99,459个,影响多个氨基酸序列的SNPs和InDels有7,562个,影响单个氨基酸的SNPs和InDels有93,457个。鉴定了1,138个香猪高频变异,影响926个蛋白质编码基因,其中,影响基因编码蛋白质的单个氨基酸的高频变异有449个,影响基因编码蛋白质的多个氨基酸的高频变异有82个。使用AS-PCR方法和Sanger测序方法,验证位于6个基因的10个香猪高度分化SNPs或In Dels,验证结果与重测序结果一致,鉴定了10个位点均为香猪与梅山猪、杜洛克高度分化的SNPs或InDels。对926个香猪高...
【文章来源】：贵州大学贵州省 211工程院校
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
5 AS-PCR引物设计原理3’倒数第二位碱基不匹配,为人为引入的错配,以提高AS-PCR的特异性
使用Annovar软件分别注释26头香猪(XP)、24头梅山猪(MS)和24头杜洛克(DU)的SNPs和InDels(表3.1.1)。注释后得到的,香猪、梅山猪和杜洛克猪位于外显子上的SNPs和InDels分别为245,486个、146,365个和127,316个。其中,导致基因所编码蛋白质的氨基酸序列发生改变的SNPs和InDels分别有99,459个、58,015个和50,968个,影响多个氨基酸序列的SNPs和InDels分别有7,562个、4,780个、4,708个,影响单个氨基酸的SNPs和InDels有93,457个、54,088个、47,001个。同义SNV虽然不会使氨基酸序列发生改变,但由于tRNA发生了改变,不同的tRNA数量不同,也会影响氨基酸序列的编码效率,从而调控该基因的表达。香猪、梅山猪和杜洛克猪注释后得到的位于外显子上的同义SNV分别是144,467个、87,492个和75,607个。各种突变在香猪、梅山猪和杜洛克猪中具有相似的占比情况(图3.1.1),与以往报道的SNPs和InDels注释情况一致。占比最大的是同义SNV,其次是非同义SNV;InDels个数明显比SNPs个数少。图3.1.2各条染色体SNPs和InDels分布a.香猪(XP)、梅山猪(MS)和杜洛克(DU)外显子上的SNPs+InDels在基因组各条染色体上的分布,黄色的为参考基因组Sscrofa11.1的长度(bp)除以10,000,作为比例参考;b.纵坐标(‰)=SNPs+InDels个数/参考基因组染色体长度,表示各条染色体平均1 kb上的SNPs和InDels个数。
2各条染色体SNPs和InDels分布a.香猪(XP)、梅山猪(MS)和杜洛克(DU)外显子上的SNPs+InDels在基因组各条染色体上的分布,黄色的为参考基因组Sscrofa11.1的长度(bp)除以10,000,作为比例参考;b.纵坐标(‰)=SNPs+InDels个数/参考基因组染色体长度,表示各条染色体平均1 kb上的SNPs和InDels个数。
【参考文献】：
期刊论文
[1]从江香猪生精上皮周期及睾丸发育的形态学分析[J]. 王维勇,龚婷,王婷婷,徐永健,蒙利洁. 中国畜牧兽医. 2019(07)
[2]鸡全基因组选择信号筛选研究进展[J]. 王志鹏,景军红,周萌. 东北农业大学学报. 2016(10)
[3]杜洛克猪与梅山猪副性腺组织学比较及精浆蛋白mRNA表达分析[J]. 丁海生,徐德全,罗琰,刘敏. 畜牧兽医学报. 2016(08)
[4]嗅觉与味觉对动物采食作用研究进展[J]. 轩俊丽,张莉,杜立新. 中国畜牧兽医. 2015(12)
[5]香猪对氧磷酯酶基因家族的克隆及序列分析[J]. 李升,牛熙,徐霖,冉雪琴,王嘉福. 中国畜牧兽医. 2012(07)
[6]SNP分子标记的研究及其应用进展[J]. 唐立群,肖层林,王伟平. 中国农学通报. 2012(12)
[7]香猪养殖技术[J]. 孟立霞. 中国畜牧兽医文摘. 2011(03)
[8]Improved Allele-specific Polymerase Chain Reaction for Single Nucleotide Polymorphism Genotyping[J]. WU Mei,DU Zhen-wu,LIU Jia-nan,SONG Yang,WANG Ya-li and ZHANG Gui-zhen Department of Central Research,China-Japan Union Hospital of Jilin University,Changchun 130033,P.R.China. Chemical Research in Chinese Universities. 2010(02)
[9]嗅觉受体基因的研究进展[J]. 高一龙,缪勤,张汇东,温海,秦海斌,谢庄. 遗传. 2010(01)
[10]热应激对巴马香猪免疫和生化指标的影响[J]. 巨向红,雍艳红,何健嫦,邓妃才. 中国畜牧杂志. 2009(13)
博士论文
[1]基于高通量测序的贵州地方猪种基因组结构变异研究[D]. 刘畅.贵州大学 2018
[2]基于全基因组SNP对猪品种分子种质特性挖掘与保护的研究[D]. 李文婷.中国农业大学 2017
[3]玉米育种群体重要农艺性状遗传基础解析[D]. 史俊鹏.中国农业大学 2017
[4]猪PML的抗病毒作用及伪狂犬病毒对其产生的拮抗机制研究[D]. 许傲天.中国农业大学 2015
[5]藏猪高海拔环境适应性分子机制探讨[D]. 董坤哲.中国农业科学院 2015
[6]东亚、中东、欧洲品种犬系统地理结构与家犬SNP数据库构建研究[D]. 白冰.云南大学 2015
[7]藏猪高原适应性相关基因的鉴定及其DNA甲基化调控规律[D]. 金龙.四川农业大学 2015
[8]MIGA1/2促进线粒体融合并维持雌性小鼠生殖力[D]. 刘晓满.浙江大学 2015
[9]绵羊肉用性状全基因组关联分析[D]. 张莉.中国农业科学院 2013
[10]猪肉质性状的全基因组关联研究[D]. 程笃学.中国农业科学院 2012
硕士论文
[1]IFT172对小鼠精子数目、活力以及生育能力的影响[D]. 张世阳.武汉科技大学 2018
[2]妊娠相关糖蛋白在奶牛早期妊娠诊断上的应用研究[D]. 薄小辉.中国农业科学院 2017
[3]绵羊不同发情状态下松果体若干miRNAs表达差异及其与AANAT靶关系鉴定[D]. 葛莹.扬州大学 2015
[4]HS6ST2基因在鸡骨骼肌卫星细胞中功能的初步探讨[D]. 彭云东.四川农业大学 2015
[5]松辽黑猪NR6A1和VRTN基因多态性与肋骨数的关联分析[D]. 张文克.吉林农业大学 2015
[6]林麝雄激素受体多态性和性激素水平与其泌香量关系的研究[D]. 白康.西北农林科技大学 2012
[7]巨噬细胞特异表达共刺激分子VSIG4抑制T细胞增殖活化[D]. 李鸣.第三军医大学 2011
[8]猪7号染色体上位置候选基因PROX2在西方商业猪群中对脊椎数变异影响效应的分析[D]. 范寅.江西农业大学 2011
[9]ANKRD基因家族在骨骼肌纤维类型转换中的作用研究[D]. 胡瀚洋.华中农业大学 2010
[10]中草药添加剂对香猪生长性能、肉品质及血液生化指标的影响[D]. 高海霞.甘肃农业大学 2010
本文编号：3268422
【文章来源】：贵州大学贵州省 211工程院校
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
5 AS-PCR引物设计原理3’倒数第二位碱基不匹配,为人为引入的错配,以提高AS-PCR的特异性
使用Annovar软件分别注释26头香猪(XP)、24头梅山猪(MS)和24头杜洛克(DU)的SNPs和InDels(表3.1.1)。注释后得到的,香猪、梅山猪和杜洛克猪位于外显子上的SNPs和InDels分别为245,486个、146,365个和127,316个。其中,导致基因所编码蛋白质的氨基酸序列发生改变的SNPs和InDels分别有99,459个、58,015个和50,968个,影响多个氨基酸序列的SNPs和InDels分别有7,562个、4,780个、4,708个,影响单个氨基酸的SNPs和InDels有93,457个、54,088个、47,001个。同义SNV虽然不会使氨基酸序列发生改变,但由于tRNA发生了改变,不同的tRNA数量不同,也会影响氨基酸序列的编码效率,从而调控该基因的表达。香猪、梅山猪和杜洛克猪注释后得到的位于外显子上的同义SNV分别是144,467个、87,492个和75,607个。各种突变在香猪、梅山猪和杜洛克猪中具有相似的占比情况(图3.1.1),与以往报道的SNPs和InDels注释情况一致。占比最大的是同义SNV,其次是非同义SNV;InDels个数明显比SNPs个数少。图3.1.2各条染色体SNPs和InDels分布a.香猪(XP)、梅山猪(MS)和杜洛克(DU)外显子上的SNPs+InDels在基因组各条染色体上的分布,黄色的为参考基因组Sscrofa11.1的长度(bp)除以10,000,作为比例参考;b.纵坐标(‰)=SNPs+InDels个数/参考基因组染色体长度,表示各条染色体平均1 kb上的SNPs和InDels个数。
2各条染色体SNPs和InDels分布a.香猪(XP)、梅山猪(MS)和杜洛克(DU)外显子上的SNPs+InDels在基因组各条染色体上的分布,黄色的为参考基因组Sscrofa11.1的长度(bp)除以10,000,作为比例参考;b.纵坐标(‰)=SNPs+InDels个数/参考基因组染色体长度,表示各条染色体平均1 kb上的SNPs和InDels个数。
【参考文献】：
期刊论文
[1]从江香猪生精上皮周期及睾丸发育的形态学分析[J]. 王维勇,龚婷,王婷婷,徐永健,蒙利洁. 中国畜牧兽医. 2019(07)
[2]鸡全基因组选择信号筛选研究进展[J]. 王志鹏,景军红,周萌. 东北农业大学学报. 2016(10)
[3]杜洛克猪与梅山猪副性腺组织学比较及精浆蛋白mRNA表达分析[J]. 丁海生,徐德全,罗琰,刘敏. 畜牧兽医学报. 2016(08)
[4]嗅觉与味觉对动物采食作用研究进展[J]. 轩俊丽,张莉,杜立新. 中国畜牧兽医. 2015(12)
[5]香猪对氧磷酯酶基因家族的克隆及序列分析[J]. 李升,牛熙,徐霖,冉雪琴,王嘉福. 中国畜牧兽医. 2012(07)
[6]SNP分子标记的研究及其应用进展[J]. 唐立群,肖层林,王伟平. 中国农学通报. 2012(12)
[7]香猪养殖技术[J]. 孟立霞. 中国畜牧兽医文摘. 2011(03)
[8]Improved Allele-specific Polymerase Chain Reaction for Single Nucleotide Polymorphism Genotyping[J]. WU Mei,DU Zhen-wu,LIU Jia-nan,SONG Yang,WANG Ya-li and ZHANG Gui-zhen Department of Central Research,China-Japan Union Hospital of Jilin University,Changchun 130033,P.R.China. Chemical Research in Chinese Universities. 2010(02)
[9]嗅觉受体基因的研究进展[J]. 高一龙,缪勤,张汇东,温海,秦海斌,谢庄. 遗传. 2010(01)
[10]热应激对巴马香猪免疫和生化指标的影响[J]. 巨向红,雍艳红,何健嫦,邓妃才. 中国畜牧杂志. 2009(13)
博士论文
[1]基于高通量测序的贵州地方猪种基因组结构变异研究[D]. 刘畅.贵州大学 2018
[2]基于全基因组SNP对猪品种分子种质特性挖掘与保护的研究[D]. 李文婷.中国农业大学 2017
[3]玉米育种群体重要农艺性状遗传基础解析[D]. 史俊鹏.中国农业大学 2017
[4]猪PML的抗病毒作用及伪狂犬病毒对其产生的拮抗机制研究[D]. 许傲天.中国农业大学 2015
[5]藏猪高海拔环境适应性分子机制探讨[D]. 董坤哲.中国农业科学院 2015
[6]东亚、中东、欧洲品种犬系统地理结构与家犬SNP数据库构建研究[D]. 白冰.云南大学 2015
[7]藏猪高原适应性相关基因的鉴定及其DNA甲基化调控规律[D]. 金龙.四川农业大学 2015
[8]MIGA1/2促进线粒体融合并维持雌性小鼠生殖力[D]. 刘晓满.浙江大学 2015
[9]绵羊肉用性状全基因组关联分析[D]. 张莉.中国农业科学院 2013
[10]猪肉质性状的全基因组关联研究[D]. 程笃学.中国农业科学院 2012
硕士论文
[1]IFT172对小鼠精子数目、活力以及生育能力的影响[D]. 张世阳.武汉科技大学 2018
[2]妊娠相关糖蛋白在奶牛早期妊娠诊断上的应用研究[D]. 薄小辉.中国农业科学院 2017
[3]绵羊不同发情状态下松果体若干miRNAs表达差异及其与AANAT靶关系鉴定[D]. 葛莹.扬州大学 2015
[4]HS6ST2基因在鸡骨骼肌卫星细胞中功能的初步探讨[D]. 彭云东.四川农业大学 2015
[5]松辽黑猪NR6A1和VRTN基因多态性与肋骨数的关联分析[D]. 张文克.吉林农业大学 2015
[6]林麝雄激素受体多态性和性激素水平与其泌香量关系的研究[D]. 白康.西北农林科技大学 2012
[7]巨噬细胞特异表达共刺激分子VSIG4抑制T细胞增殖活化[D]. 李鸣.第三军医大学 2011
[8]猪7号染色体上位置候选基因PROX2在西方商业猪群中对脊椎数变异影响效应的分析[D]. 范寅.江西农业大学 2011
[9]ANKRD基因家族在骨骼肌纤维类型转换中的作用研究[D]. 胡瀚洋.华中农业大学 2010
[10]中草药添加剂对香猪生长性能、肉品质及血液生化指标的影响[D]. 高海霞.甘肃农业大学 2010
本文编号：3268422
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3268422.html
