绵羊GPR54、LIN28、LIN28b和SCD基因多态性及生物信息学分析
发布时间：2021-07-06 14:19
滩羊、小尾寒羊、湖羊、萨福克羊和德克塞尔羊均是肉、裘兼用的优良绵羊品种。GPR54、LIN28和LIN28b基因的作用是调控绵羊繁殖性能和生长速度;SCD基因的作用是调控绵羊脂肪沉积,影响肉品质。分析这四个基因的多态性,并结合生产数据筛选优良基因,继而提高绵羊养殖的经济效益。对基因进行生物信息学分析,为提高绵羊繁殖性能、加快生长发育速度和提高肉品质奠定理论基础。以5个品种的250只绵羊为研究对象,应用PCR-SSCP技术检测四个基因的多态性。利用GenBank数据库和各种分子生物学软件,对四个基因进行生物信息学分析,预测其编码产物的理化性质、结构与功能。结果表明:1.GPR54基因出现1处突变位点,位于第2内含子的g.2958-24C>A颠换。2.LIN28基因出现2处突变位点,分别位于第1内含子的g.111+70C>G转换和第4外显子的g.46A>G同义突变。3.预测GPR54基因编码产物的开放阅读框长1137 bp,编码378个氨基酸残基,为疏水性跨膜蛋白,无信号肽存在,二级结构为Mixed型,主要在内质网上发挥生物学作用,在离子跨膜与信号传递过程中发挥重要作用。...
【文章来源】：宁夏大学宁夏回族自治区 211工程院校
【文章页数】：81 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２－３引物Ｎ４梯度ＰＣＲ产物的琼脂糖凝胶电泳??Ｆｉｇ．２－３?Ａｇａｒｏｓｅ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ｇｒａｄｉｅｎｔ?ＰＣＲ?ｐｒｏｄｕｃｔｓ?ｆｒｏｍ?Ｍ４??
２．３．１基因组ＤＮＡ样品的检测??试验采用传统的酚－氯仿抽提法从绵羊的血液组织中提取基因组ＤＮＡ，然后利用琼脂糖凝胶??电泳检测ＤＮＡ浓度。利用２?％的琼脂糖凝胶检测的结果见图２－２，只有一条清晰的条带，没有明??显的拖带，说明ＤＮＡ没有降解纯度较高。分光光度计检测ＤＮＡ浓度，２６０ｎｍ／２８０ｎｍ的结果为??１．８２，说明粗提的基因组ＤＮＡ无ＲＮＡ与蛋白质污染。粗提的基因组ＤＮＡ质量达到了后续试验??的要求。??图２－２绵羊基因组ＤＮＡ琼脂糖凝胶电泳??Ｆｉｇ．２－２?Ａｇａｒｏｓｅ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ｇｅｎｏｍｉｃ?ＤＮＡ?ｆｒｏｍ?Ｓｈｅｅｐ??２．３．２最适退火温度??梯度ＰＣＲ后，利用２?％的琼脂糖凝胶对ＰＣＲ产物进行电泳，选择最适退火温度。图２－３，引??物Ｍ４ＰＣＲ产物的电泳图。??图２－３引物Ｎ４梯度ＰＣＲ产物的琼脂糖凝胶电泳??Ｆｉｇ．２－３?Ａｇａｒｏｓｅ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ｇｒａｄｉｅｎｔ?ＰＣＲ?ｐｒｏｄｕｃｔｓ?ｆｒｏｍ?Ｍ４??从图２－３可以看出第５泳道的条带最亮，确定第５泳道对应的温度为最适退火温度。所有引??物的最适退火温度见表２－４。??表２－４最佳退火温度??Ｔａｂｌｅ?２－４?Ｔｈｅ?ｂｅｓｔ?ａｎｎｅａｌｉｎｇ?ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ??基因ｇｅｎｅｓ?名称ｎａｍｅ?退火温度（°Ｃ）?Ｔｍ??ＰＩ?５８．０??Ｐ２?５０．１??ＧＰＲ５４?Ｐ３?５８．０??Ｐ４?５６．７??Ｐ５?５９．３??Ｍｌ?５６．０?
．３．３等位基因序列比对分析??与ＮＣＢＩ公布的绵羊ＧＰＲ５４基因序列（ＨＭ１３５３９３．１）进行比对发现，Ｐ３引物扩增片段多态第２内含子中的一个核苷酸点突变造成的，等位基因序列比对如图２－６。等位基因Ａ在第子发现ｇ．２９５８－２４Ｃ＞Ａ颠换。??ＧｅｎＢａｎｋ．?ｓｅｑ?ＡＣＡＣＧＣＣＧＧＭＴＣＣＣＡＴＴＴＴＴＴＣＣＣＡＧＧＴＣＴＣＧＧＴＧＣＡＧＧ?４０??ＡＡ．?ｓｅｑ???４０??ＡＢ．?ｓｅｑ?—ａ??４０??ＧｅｎＢａｎｋ．?ｓｅｑ?ＣＣＡＣＧＴＧＣＧＣＣＡＣＣＣＴＧＡＣＣＧＣＣＡＴＧＡＧＣＧＴＧＧＡＣＣＧＣＴＧ?８０??ＡＡ．?ｓｅｑ???８０??ＡＢ．?ｓｅｑ???８０??ＧｅｎＢａｎｋ．?ｓｅｑ?ＧＴＡＣＧＴＧＡＣＡＧＴＧＴＴＣＣＣＧＣＴＧＣＧＣＧＣＣＣＴＧＣＡＣＣＧＣＣＧＣ?１２０??ＡＡ．?ｓｅｑ???１２０??ＡＢ．?ｓｅｑ???１２０??ＧｅｎＢａｎｋ．?ｓｅｑ?ＡＣＧＣＣＣＣＧＣＣＴＧＧＣＧＣＴＧＧＣＡＧＴＣＡＧＣＣＴＣＧＧＣＡＴＣＴＧＧＧ?１６０??ＡＡ．?ｓｅｑ???１６０??ＡＢ．?ｓｅｑ???１６０??ＧｅｎＢａｎｋ．?ｓｅｑ?ＴＧＧＧＴＧＡＧＴＴＣＡＧＣＡＴＧＧＧＧＧＴＣＧＣＡＣＧＧＧＣＧＧＧＧＧＧＡＧＡ?２００???
【参考文献】：
期刊论文
[1]崂山奶山羊硬脂酰-CoA去饱和酶基因（SCD）多态性及其与泌乳性状的相关分析[J]. 王桂芝,王金凤,秦孜娟,王建民,赵金山,程明,王建华. 畜牧兽医学报. 2013(07)
[2]转基因小鼠过表达人Lin28A/Lin28B对小鼠体重的影响[J]. 李蕾,陈霞,史剑,潘筱云,李建民. 现代生物医学进展. 2013(18)
[3]RNA结合蛋白Lin28在生殖细胞发育和性成熟过程中的作用[J]. 马薇. 生殖与避孕. 2013(03)
[4]中国西门塔尔牛SCD1基因多态性与肉质性状的相关分析[J]. 张静静,宋玉芹,李桢,朱艳菲,张廷荣. 华北农学报. 2013(01)
[5]IPaH-1基因在志贺氏菌表达的检测及PCR条件的优化[J]. 罗雁非,丁旭,文雪,张晓静,李洪军,何成彦,赵丽纯. 中国实验诊断学. 2012(10)
[6]LIN28B在结肠癌中的表达及其临床意义[J]. 庞明辉,王康,伍刚,张伟,董丹丹,帅平,梁耀泽,胡阳,李平,李国新. 首都医科大学学报. 2012(03)
[7]生物信息学研究现状及发展趋势[J]. 赵屹,谷瑞升,杜生明. 医学信息学杂志. 2012(05)
[8]GPR54基因多态性与小梅山猪产仔数的关联分析[J]. 吴井生,张跟喜,戴国俊,叶兰,王金玉. 中国畜牧杂志. 2012(03)
[9]过表达Lin28a/Lin28b对let-7家族活性的影响[J]. 刘雪荣,田文洪,董小岩,吴效哲,吕建新,吴小兵. 病毒学报. 2011(06)
[10]小鼠Lin28基因的克隆及原核表达[J]. 宁方勇,王春生,张秋婷,安星兰,朴善花,安铁洙. 中国实验动物学报. 2011(06)
博士论文
[1]SSH筛选济宁青山羊性早熟相关基因及KiSS-1、GPR54、Lin28B基因的研究[D]. 曹贵玲.中国农业科学院 2011
[2]影响绵羊高繁殖力和非季节性发情基因的研究[D]. 肖朝庭.浙江大学 2007
[3]湖羊多胎机制研究[D]. 石国庆.南京农业大学 2006
硕士论文
[1]小尾寒羊在南方地区的适应性研究[D]. 杜志明.江西农业大学 2013
[2]Kisspeptin/GPR54对大鼠卵巢黄体细胞内分泌功能的影响及其机理[D]. 彭婧.南昌大学 2012
[3]牦牛FSHR基因部分序列多态性与繁殖性状关联分析及FSHR基因生物信息学分析[D]. 王明亮.甘肃农业大学 2012
[4]添加左旋肉碱对滩羊生产性能、胴体品质、肉品质及脂质代谢的影响[D]. 丁艳艳.西北农林科技大学 2012
[5]神经网络在蛋白质二级结构预测中的应用研究[D]. 谢峰森.南京航空航天大学 2012
[6]微卫星标记用于猪和羊亲子鉴定快速、简便方法的研究[D]. 程文科.华中农业大学 2011
[7]绵羊Klf4和Lin28基因的克隆与序列分析[D]. 张滕子.东北林业大学 2011
本文编号：3268401
【文章来源】：宁夏大学宁夏回族自治区 211工程院校
【文章页数】：81 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２－３引物Ｎ４梯度ＰＣＲ产物的琼脂糖凝胶电泳??Ｆｉｇ．２－３?Ａｇａｒｏｓｅ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ｇｒａｄｉｅｎｔ?ＰＣＲ?ｐｒｏｄｕｃｔｓ?ｆｒｏｍ?Ｍ４??
２．３．１基因组ＤＮＡ样品的检测??试验采用传统的酚－氯仿抽提法从绵羊的血液组织中提取基因组ＤＮＡ，然后利用琼脂糖凝胶??电泳检测ＤＮＡ浓度。利用２?％的琼脂糖凝胶检测的结果见图２－２，只有一条清晰的条带，没有明??显的拖带，说明ＤＮＡ没有降解纯度较高。分光光度计检测ＤＮＡ浓度，２６０ｎｍ／２８０ｎｍ的结果为??１．８２，说明粗提的基因组ＤＮＡ无ＲＮＡ与蛋白质污染。粗提的基因组ＤＮＡ质量达到了后续试验??的要求。??图２－２绵羊基因组ＤＮＡ琼脂糖凝胶电泳??Ｆｉｇ．２－２?Ａｇａｒｏｓｅ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ｇｅｎｏｍｉｃ?ＤＮＡ?ｆｒｏｍ?Ｓｈｅｅｐ??２．３．２最适退火温度??梯度ＰＣＲ后，利用２?％的琼脂糖凝胶对ＰＣＲ产物进行电泳，选择最适退火温度。图２－３，引??物Ｍ４ＰＣＲ产物的电泳图。??图２－３引物Ｎ４梯度ＰＣＲ产物的琼脂糖凝胶电泳??Ｆｉｇ．２－３?Ａｇａｒｏｓｅ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ｇｒａｄｉｅｎｔ?ＰＣＲ?ｐｒｏｄｕｃｔｓ?ｆｒｏｍ?Ｍ４??从图２－３可以看出第５泳道的条带最亮，确定第５泳道对应的温度为最适退火温度。所有引??物的最适退火温度见表２－４。??表２－４最佳退火温度??Ｔａｂｌｅ?２－４?Ｔｈｅ?ｂｅｓｔ?ａｎｎｅａｌｉｎｇ?ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ??基因ｇｅｎｅｓ?名称ｎａｍｅ?退火温度（°Ｃ）?Ｔｍ??ＰＩ?５８．０??Ｐ２?５０．１??ＧＰＲ５４?Ｐ３?５８．０??Ｐ４?５６．７??Ｐ５?５９．３??Ｍｌ?５６．０?
．３．３等位基因序列比对分析??与ＮＣＢＩ公布的绵羊ＧＰＲ５４基因序列（ＨＭ１３５３９３．１）进行比对发现，Ｐ３引物扩增片段多态第２内含子中的一个核苷酸点突变造成的，等位基因序列比对如图２－６。等位基因Ａ在第子发现ｇ．２９５８－２４Ｃ＞Ａ颠换。??ＧｅｎＢａｎｋ．?ｓｅｑ?ＡＣＡＣＧＣＣＧＧＭＴＣＣＣＡＴＴＴＴＴＴＣＣＣＡＧＧＴＣＴＣＧＧＴＧＣＡＧＧ?４０??ＡＡ．?ｓｅｑ???４０??ＡＢ．?ｓｅｑ?—ａ??４０??ＧｅｎＢａｎｋ．?ｓｅｑ?ＣＣＡＣＧＴＧＣＧＣＣＡＣＣＣＴＧＡＣＣＧＣＣＡＴＧＡＧＣＧＴＧＧＡＣＣＧＣＴＧ?８０??ＡＡ．?ｓｅｑ???８０??ＡＢ．?ｓｅｑ???８０??ＧｅｎＢａｎｋ．?ｓｅｑ?ＧＴＡＣＧＴＧＡＣＡＧＴＧＴＴＣＣＣＧＣＴＧＣＧＣＧＣＣＣＴＧＣＡＣＣＧＣＣＧＣ?１２０??ＡＡ．?ｓｅｑ???１２０??ＡＢ．?ｓｅｑ???１２０??ＧｅｎＢａｎｋ．?ｓｅｑ?ＡＣＧＣＣＣＣＧＣＣＴＧＧＣＧＣＴＧＧＣＡＧＴＣＡＧＣＣＴＣＧＧＣＡＴＣＴＧＧＧ?１６０??ＡＡ．?ｓｅｑ???１６０??ＡＢ．?ｓｅｑ???１６０??ＧｅｎＢａｎｋ．?ｓｅｑ?ＴＧＧＧＴＧＡＧＴＴＣＡＧＣＡＴＧＧＧＧＧＴＣＧＣＡＣＧＧＧＣＧＧＧＧＧＧＡＧＡ?２００???
【参考文献】：
期刊论文
[1]崂山奶山羊硬脂酰-CoA去饱和酶基因（SCD）多态性及其与泌乳性状的相关分析[J]. 王桂芝,王金凤,秦孜娟,王建民,赵金山,程明,王建华. 畜牧兽医学报. 2013(07)
[2]转基因小鼠过表达人Lin28A/Lin28B对小鼠体重的影响[J]. 李蕾,陈霞,史剑,潘筱云,李建民. 现代生物医学进展. 2013(18)
[3]RNA结合蛋白Lin28在生殖细胞发育和性成熟过程中的作用[J]. 马薇. 生殖与避孕. 2013(03)
[4]中国西门塔尔牛SCD1基因多态性与肉质性状的相关分析[J]. 张静静,宋玉芹,李桢,朱艳菲,张廷荣. 华北农学报. 2013(01)
[5]IPaH-1基因在志贺氏菌表达的检测及PCR条件的优化[J]. 罗雁非,丁旭,文雪,张晓静,李洪军,何成彦,赵丽纯. 中国实验诊断学. 2012(10)
[6]LIN28B在结肠癌中的表达及其临床意义[J]. 庞明辉,王康,伍刚,张伟,董丹丹,帅平,梁耀泽,胡阳,李平,李国新. 首都医科大学学报. 2012(03)
[7]生物信息学研究现状及发展趋势[J]. 赵屹,谷瑞升,杜生明. 医学信息学杂志. 2012(05)
[8]GPR54基因多态性与小梅山猪产仔数的关联分析[J]. 吴井生,张跟喜,戴国俊,叶兰,王金玉. 中国畜牧杂志. 2012(03)
[9]过表达Lin28a/Lin28b对let-7家族活性的影响[J]. 刘雪荣,田文洪,董小岩,吴效哲,吕建新,吴小兵. 病毒学报. 2011(06)
[10]小鼠Lin28基因的克隆及原核表达[J]. 宁方勇,王春生,张秋婷,安星兰,朴善花,安铁洙. 中国实验动物学报. 2011(06)
博士论文
[1]SSH筛选济宁青山羊性早熟相关基因及KiSS-1、GPR54、Lin28B基因的研究[D]. 曹贵玲.中国农业科学院 2011
[2]影响绵羊高繁殖力和非季节性发情基因的研究[D]. 肖朝庭.浙江大学 2007
[3]湖羊多胎机制研究[D]. 石国庆.南京农业大学 2006
硕士论文
[1]小尾寒羊在南方地区的适应性研究[D]. 杜志明.江西农业大学 2013
[2]Kisspeptin/GPR54对大鼠卵巢黄体细胞内分泌功能的影响及其机理[D]. 彭婧.南昌大学 2012
[3]牦牛FSHR基因部分序列多态性与繁殖性状关联分析及FSHR基因生物信息学分析[D]. 王明亮.甘肃农业大学 2012
[4]添加左旋肉碱对滩羊生产性能、胴体品质、肉品质及脂质代谢的影响[D]. 丁艳艳.西北农林科技大学 2012
[5]神经网络在蛋白质二级结构预测中的应用研究[D]. 谢峰森.南京航空航天大学 2012
[6]微卫星标记用于猪和羊亲子鉴定快速、简便方法的研究[D]. 程文科.华中农业大学 2011
[7]绵羊Klf4和Lin28基因的克隆与序列分析[D]. 张滕子.东北林业大学 2011
本文编号：3268401
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