狂犬病病毒感染小鼠脊髓的miRNA表达谱分析及其相互作用的初步探索
发布时间：2021-07-12 01:52
狂犬病病毒（Rabies virus, RV）是弹状病毒科狂犬病病毒属的成员,是一类高度嗜神经性病毒,能导致所有温血动物高致死性疾病。目前狂犬病的致病机理尚未清楚,无治疗方法,只能通过加强疫苗预防予以控制,因此深入研究其致病机制,寻找新的途径来预防和治疗尤为重要。miRNA是一类内源性、长约为21-23nt的非编码蛋白的单链小分子RNA,通过与靶基因完全和不完全配对起到降解mRNA或抑制mRNA翻译的功能,是一类重要的基因调节子。它在机体的基因表达调控、细胞分化、细胞凋亡及抗病毒防御中发挥着重要作用。本实验用正常和感染了狂犬病病毒GX01的小鼠脊髓组织抽提总RNA,构建Small RNA文库并上机测序分析后,获得病毒感染前后小鼠脊髓miRNA的表达谱,其中表达上调3倍以上的有4个：miR-34a-3p、 miR-155-5p、miR-223-3p和miR-223-5p;表达下调3倍以上的只有1个miR-193b-5p。对这5个差异表达的miRNA进行靶基因预测后再进行KEGG pathway分析,同时也用计算机预测并验证获得了139个新的miRNA与狂犬病病毒感染有关。在此基础上,本实...
【文章来源】：广西大学广西壮族自治区 211工程院校
【文章页数】：98 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
样品总RNA电泳图
3.1.3显著差异micRNA的聚类分析对5个表达显著差异的miRNA进行表达谱聚类分析，miRNA聚类图见图3-2，图中红色表示经过处理后基因的表达值大于0，绿色表示经过处理后基因的表达值小于0，黑色表示经过处理后基因的RPKM值为0。Mock GXOlInnmu-miR-l93b-5|：mmu-miR-155-60mmu-miR-223-3p1^3.00mmu-miR-34a-3p 腸"2 00■-1 00fSS网2 00…nn图3-2表达差异的5个miRNA聚类图Fig. 3-2 Differential expression of five miRNA clustering diagram32
上调趋势；而qRT-PCR法miR-34a-3p的表达差异倍数为0.947倍，与Solexa测序法的差异倍数的3.079倍并未相符。两种方法的定量倍数结果的比较见图3-7:12 r I:： i I w力 IH a qRT-PCR￡ 4 - r-m :01rL, _‘IBimiR-34a-3p miR-155-5p raiR-223-3p图3-7两种方法对miRNA基因定量的比较Fig. 3-7 The contrast of the two methods to quantify the genes of miRNA3.3 miRNAs重组质粒的构建收集小it的脊髓组织用于基因组DNA的提取，用各目的基因的特异性引物经过PCR扩增获得miR-lOlc、miR-155和miR-223的初级转录物片段，大小分别为447 bp、359bp和514bp，结果见图3-8。将目的片段进行胶回收后连接PMD-18T vector，并转化ToplO感受态细胞，蹄选阳性克隆，菌液PCR结果见图3-9,结果表明挑选的单克隆均能扩增到与目的基因大小一致的基因片段。送测序分析正确后抽提质粒，并用含Xhol和BamH I酶切位点的各目的基因的特异性引物进行亚克隆。亚克隆质粒通过测序分析正确后，用Xho I和BamH I限制性内切酶分别双酶切Y-miR-lOlc、Y-miR-lSS.39
【参考文献】：
期刊论文
[1]广西流行狂犬病毒糖蛋白基因的遗传性分析[J]. 杨健,张红普,章民,李晓宁,何晓霞,谢琳娟,陆专灵,韦显凯,唐海波,罗廷荣. 南方农业学报. 2012(10)
[2]MicroRNA作用机制研究的新进展[J]. 赵爽,刘默芳. 中国科学（C辑:生命科学）. 2009(01)
[3]广西狂犬病病毒分子流行病学研究[J]. 莫兆军,李浩,陶小燕,黄莉荣,周开姣,闭福银,杨进业,唐青. 应用预防医学. 2007(05)
[4]狂犬病毒生物学特征研究进展[J]. 熊成龙,张永振,卢思奇. 中华流行病学杂志. 2006(10)
本文编号：3278950
【文章来源】：广西大学广西壮族自治区 211工程院校
【文章页数】：98 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
样品总RNA电泳图
3.1.3显著差异micRNA的聚类分析对5个表达显著差异的miRNA进行表达谱聚类分析，miRNA聚类图见图3-2，图中红色表示经过处理后基因的表达值大于0，绿色表示经过处理后基因的表达值小于0，黑色表示经过处理后基因的RPKM值为0。Mock GXOlInnmu-miR-l93b-5|：mmu-miR-155-60mmu-miR-223-3p1^3.00mmu-miR-34a-3p 腸"2 00■-1 00fSS网2 00…nn图3-2表达差异的5个miRNA聚类图Fig. 3-2 Differential expression of five miRNA clustering diagram32
上调趋势；而qRT-PCR法miR-34a-3p的表达差异倍数为0.947倍，与Solexa测序法的差异倍数的3.079倍并未相符。两种方法的定量倍数结果的比较见图3-7:12 r I:： i I w力 IH a qRT-PCR￡ 4 - r-m :01rL, _‘IBimiR-34a-3p miR-155-5p raiR-223-3p图3-7两种方法对miRNA基因定量的比较Fig. 3-7 The contrast of the two methods to quantify the genes of miRNA3.3 miRNAs重组质粒的构建收集小it的脊髓组织用于基因组DNA的提取，用各目的基因的特异性引物经过PCR扩增获得miR-lOlc、miR-155和miR-223的初级转录物片段，大小分别为447 bp、359bp和514bp，结果见图3-8。将目的片段进行胶回收后连接PMD-18T vector，并转化ToplO感受态细胞，蹄选阳性克隆，菌液PCR结果见图3-9,结果表明挑选的单克隆均能扩增到与目的基因大小一致的基因片段。送测序分析正确后抽提质粒，并用含Xhol和BamH I酶切位点的各目的基因的特异性引物进行亚克隆。亚克隆质粒通过测序分析正确后，用Xho I和BamH I限制性内切酶分别双酶切Y-miR-lOlc、Y-miR-lSS.39
【参考文献】：
期刊论文
[1]广西流行狂犬病毒糖蛋白基因的遗传性分析[J]. 杨健,张红普,章民,李晓宁,何晓霞,谢琳娟,陆专灵,韦显凯,唐海波,罗廷荣. 南方农业学报. 2012(10)
[2]MicroRNA作用机制研究的新进展[J]. 赵爽,刘默芳. 中国科学（C辑:生命科学）. 2009(01)
[3]广西狂犬病病毒分子流行病学研究[J]. 莫兆军,李浩,陶小燕,黄莉荣,周开姣,闭福银,杨进业,唐青. 应用预防医学. 2007(05)
[4]狂犬病毒生物学特征研究进展[J]. 熊成龙,张永振,卢思奇. 中华流行病学杂志. 2006(10)
本文编号：3278950
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3278950.html
