基于RAD-seq技术分析北京油鸡的遗传进化

发布时间：2021-07-18 14:01

　　为分析地方鸡种北京油鸡保种群的遗传多样性和遗传进化机制,本研究对北京油鸡和其他20个不同品种鸡进行简化基因组测序,鉴定其SNP标记,计算遗传统计量,分析北京油鸡的遗传结构和遗传多样性,筛选受到强烈选择的前200个基因并进行功能注释分析。结果显示:北京油鸡保种群体共鉴定出295 849个SNP标记,核苷酸多样度为0.205 9、保种群体的平均观察杂合度为0.200 4、近交系数为0.026 5,在21个品种中近交水平最低;连锁不平衡分析表明北京油鸡群体各等位基因不存在连锁不平衡现象;利用MEGA模型进行聚类分析,结果表明北京油鸡形成一个独立的分支,这与北京油鸡的历史背景相符;通过GO和KEGG对前200个受到强烈选择的基因进行功能注释分析,发现这些差异基因主要富集在细胞形态发生分化、分泌系统、脉管系统、心血管系统、蛋白质磷酸化等信号通路。本研究从分子水平对北京油鸡的种质特性进行了评价,为北京油鸡的品种保护及开发利用提供了分子理论依据。 

【文章来源】：中国畜牧杂志. 2020,56(06)北大核心

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

受选择基因的GO注释分类统计

群体结构聚类图

通过数据质控，在北京油鸡群体中鉴定出SNP标记295 849个。由图1可知，这些SNP主要分布在1、2、3、4、5和Z染色体上。总体上讲，SNP分布数量与染色体长度呈正相关。2.2 群体遗传多样性分析

【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
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硕士论文
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本文编号：3289717