当前位置:主页 > 医学论文 > 畜牧兽医论文 >

利用RNA-Seq技术筛选藏鸡与白羽肉鸡垂体组织差异表达基因

发布时间:2021-07-20 23:08
  为发掘影响禽类早期快速生长的关键基因,本研究通过对缓慢生长的藏鸡和快速生长的白羽肉鸡垂体组织RNA表达谱进行测序及比较分析,筛选与生长发育相关的候选基因,并对筛选到的候选基因做进一步研究。以42日龄雌性藏鸡与白羽肉鸡为研究对象,每个品种的鸡选取3个重复样本,采用RNA-seq技术和生物信息学方法测定藏鸡和白羽肉鸡垂体组织RNA表达谱,对差异表达基因进行GO(Gene Ontology)分析、KEGG分析,筛选影响早期生长发育相关的候选基因,之后利用Western blot对候选基因对应蛋白进行亚细胞定位,利用实时荧光定量PCR技术构建相关候选基因的组织表达谱和时序表达谱。结果显示:1.42日龄雌性藏鸡和白羽肉鸡垂体组织RNA表达谱测序结果各转录本Q30均在90%以上,转录本文库质量好。各转录本中预测到的新转录本长度均在700 bp以上,其中最长的含有30个外显子,最短的仅含有1个外显子。两个品种鸡的可变剪切体均以IR(内含子保留)剪切体模型所占比列高(≈50%)。各转录本SNP中转换型(A-G/C-T)SNP位点分布占76%,颠换型(A-C/A-T/C-G/G-T)SNP位点占24%。... 

【文章来源】:西南民族大学四川省

【文章页数】:87 页

【学位级别】:硕士

【部分图文】:

利用RNA-Seq技术筛选藏鸡与白羽肉鸡垂体组织差异表达基因


EGR家族4名成员示意图(Roseline,2008)

火山,差异表达基因


dot: Genes without differential expression (Same in MA). The X-axis represents the fold change(FC) and the Y-axis represents significant.图2-1 差异表达基因火山图Fig.2-1 Volcano plot of differentially expressed genes

差异表达基因


横坐标代表表达强度,纵坐标代差异倍数。The Y-axis represents the expression level and the X-axis represents the fold change (FC)图2-2 差异表达基因MA图Fig.2-2 MA plot of differentially expressed genes2.6 GO 功能显著性富集分析GO 富集分析发现,在细胞组分中 22 个基因得到了注释结果,对应了 48 个功能亚分类;分子功能中 20 个基因得到了注释结果,对应了 48 个功能亚分类;生物过程中 23 个基因得到了注释,对应了 242 个功能亚分类。图 2-3 列出了部分显著富集的 GO 条目:可以发现在细胞组分中,22 个差异基因主要富集于细胞(cell)、细胞部分(cell part)、膜(membrane)以及细胞器(organelle)条目上;在分子功能中,20 个差异基因主要富集在结合(binding)、催化活性(catalyticactivity)以及转运活性(transporteractivity)条目上;在生物过程中,23 个差异基因主要富集于单一生物过程(single-organism process)、生物调节(biologicalregulation)以及细胞过程(cellular process)上。


本文编号:3293786

资料下载
论文发表

本文链接:https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3293786.html


Copyright(c)文论论文网All Rights Reserved | 网站地图 |

版权申明:资料由用户14036***提供,本站仅收录摘要或目录,作者需要删除请E-mail邮箱bigeng88@qq.com