利用RNA-Seq技术筛选藏鸡与白羽肉鸡垂体组织差异表达基因

发布时间：2021-07-20 23:08

　　为发掘影响禽类早期快速生长的关键基因,本研究通过对缓慢生长的藏鸡和快速生长的白羽肉鸡垂体组织RNA表达谱进行测序及比较分析,筛选与生长发育相关的候选基因,并对筛选到的候选基因做进一步研究。以42日龄雌性藏鸡与白羽肉鸡为研究对象,每个品种的鸡选取3个重复样本,采用RNA-seq技术和生物信息学方法测定藏鸡和白羽肉鸡垂体组织RNA表达谱,对差异表达基因进行GO（Gene Ontology）分析、KEGG分析,筛选影响早期生长发育相关的候选基因,之后利用Western blot对候选基因对应蛋白进行亚细胞定位,利用实时荧光定量PCR技术构建相关候选基因的组织表达谱和时序表达谱。结果显示:1.42日龄雌性藏鸡和白羽肉鸡垂体组织RNA表达谱测序结果各转录本Q30均在90%以上,转录本文库质量好。各转录本中预测到的新转录本长度均在700 bp以上,其中最长的含有30个外显子,最短的仅含有1个外显子。两个品种鸡的可变剪切体均以IR（内含子保留）剪切体模型所占比列高（≈50%）。各转录本SNP中转换型（A-G/C-T）SNP位点分布占76%,颠换型（A-C/A-T/C-G/G-T）SNP位点占24%。... 

【文章来源】：西南民族大学四川省

【文章页数】：87 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

EGR家族4名成员示意图（Roseline,2008）

dot: Genes without differential expression (Same in MA). The X-axis represents the fold change(FC) and the Y-axis represents significant.图2-1 差异表达基因火山图Fig.2-1 Volcano plot of differentially expressed genes

横坐标代表表达强度，纵坐标代差异倍数。The Y-axis represents the expression level and the X-axis represents the fold change (FC)图2-2 差异表达基因MA图Fig.2-2 MA plot of differentially expressed genes2.6 GO 功能显著性富集分析GO 富集分析发现，在细胞组分中 22 个基因得到了注释结果，对应了 48 个功能亚分类；分子功能中 20 个基因得到了注释结果，对应了 48 个功能亚分类；生物过程中 23 个基因得到了注释，对应了 242 个功能亚分类。图 2-3 列出了部分显著富集的 GO 条目：可以发现在细胞组分中，22 个差异基因主要富集于细胞（cell）、细胞部分（cell part）、膜（membrane）以及细胞器（organelle）条目上；在分子功能中，20 个差异基因主要富集在结合（binding）、催化活性（catalyticactivity）以及转运活性（transporteractivity）条目上；在生物过程中，23 个差异基因主要富集于单一生物过程（single-organism process）、生物调节（biologicalregulation）以及细胞过程（cellular process）上。


本文编号：3293786