约克夏猪卵巢黄体期到卵泡期转变的关键miRNA的筛选与功能分析
发布时间：2021-07-21 07:47
为探明miRNA在猪卵巢动态变化和发情周期中的调控作用,并筛选出一些重要的miRNA可被用于后续研究以提高母猪繁殖力,本试验采用高通量测序的方法,鉴定了约克夏母猪卵巢卵泡期（FP）和黄体期（LP）miRNA的表达谱及其差异性表达情况,预测其潜在的候选miRNA,并对miRNA的靶基因进行了GO富集分析和KEGG通路分析;挑选了重要的候选miR-214初步探索了其在发情周期中猪卵巢和颗粒细胞中的表达情况。主要研究结果如下:⑴对约克夏母猪黄体期和卵泡期卵巢小RNA文库进行了高通量测序。FP组共获得10-12百万条原始序列,LP组共获得13-16百万条原始序列。经质量处理后FP组共获得9-10百万条纯净序列,LP组共获得10-13百万条纯净序列,分别占到原始序列的77-93%和75-84%;⑵通过数据分析,本次测序在两组文库中共检出801个miRNAs,其中629个miRNAs在两组中共表达,73个miRNAs在LP组特异性表达,99个miRNAs在FP组特异性表达。差异分析发现共有112个差异表达的miRNAs,其中有25个miRNAs在LP组上调,87个miRNAs在LP组下调。⑶对11...
【文章来源】：安徽农业大学安徽省
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
小RNA文库构建示意图
.2.3 测序原始数据处理原始序列通过质量评估后保留碱基长度在 18-26nt 的高质量序列，并将其比RNA，RFam 和 Rebase 数据库中进行分类注释。将剩余包含 miRNA 的组分owtie比对到miRBase21.0中Sus scrofa或其它选定物种的（Homo sapiens、Bos an troglodytes、Macaca mulatta、Pongo pygmaeus、Canis familiaris、Mus muscquus caballus、Rattus norvegicus、Gorilla gorilla、Cricetulus griseus、Monoomestica、Ornithorhynchus anatinus、Pan paniscus、Ovis aries、Macaca nemesagothrix lagotricha、Ateles geoffroyi、Saguinus labiatus、Lemur catta、Sarcophilus 体上，从而鉴定出已知的 miRNA。除此以外的其它仍未鉴定出的序列则进一与基因组比对，预测 new miRNA，具体过程如图 1-2。
M 泳道为 marker，1-3 泳道为 FP 组 RNA 样本，4-6 泳道为 LP 组 RNA 样本图 2-1 甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测Figure 2-1 Total RNA image by formaldehyde gel electrophoresis图 2-2 Bioanalyzer 2100 检测Figure 2-2 Total RNA image by Bioanalyzer 2100表 2-1 总 RNA 质量评价Table 2-1 Evaluation of total RNAqualityample ID OD 260/280 28S/18S RNAIntegrty
【参考文献】：
期刊论文
[1]MiRNA-351在小鼠卵泡发育中的调控作用实验[J]. 董静文,黄青. 中国医药科学. 2016(13)
[2]miR-29a促进小鼠子宫内膜的蜕膜化[J]. 张鹏,范立青. 中山大学学报(医学科学版). 2016(01)
[3]miRNA-29在胰岛素抵抗与卵泡发育研究中的进展[J]. 方颖,杨晓葵. 北京医学. 2014(11)
博士论文
[1]基于卵巢RNA组学鉴定影响猪产仔数性状的候选基因及microRNA[D]. 黄龙.安徽农业大学 2016
[2]cAMP调控小鼠卵母细胞第一次减数分裂和原始卵泡形成[D]. 王怡婧.中国农业大学 2015
硕士论文
[1]单、多羔山羊卵巢差异表达miRNA筛选与分析[D]. 郭晓飞.安徽农业大学 2014
本文编号：3294622
【文章来源】：安徽农业大学安徽省
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
小RNA文库构建示意图
.2.3 测序原始数据处理原始序列通过质量评估后保留碱基长度在 18-26nt 的高质量序列，并将其比RNA，RFam 和 Rebase 数据库中进行分类注释。将剩余包含 miRNA 的组分owtie比对到miRBase21.0中Sus scrofa或其它选定物种的（Homo sapiens、Bos an troglodytes、Macaca mulatta、Pongo pygmaeus、Canis familiaris、Mus muscquus caballus、Rattus norvegicus、Gorilla gorilla、Cricetulus griseus、Monoomestica、Ornithorhynchus anatinus、Pan paniscus、Ovis aries、Macaca nemesagothrix lagotricha、Ateles geoffroyi、Saguinus labiatus、Lemur catta、Sarcophilus 体上，从而鉴定出已知的 miRNA。除此以外的其它仍未鉴定出的序列则进一与基因组比对，预测 new miRNA，具体过程如图 1-2。
M 泳道为 marker，1-3 泳道为 FP 组 RNA 样本，4-6 泳道为 LP 组 RNA 样本图 2-1 甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测Figure 2-1 Total RNA image by formaldehyde gel electrophoresis图 2-2 Bioanalyzer 2100 检测Figure 2-2 Total RNA image by Bioanalyzer 2100表 2-1 总 RNA 质量评价Table 2-1 Evaluation of total RNAqualityample ID OD 260/280 28S/18S RNAIntegrty
【参考文献】：
期刊论文
[1]MiRNA-351在小鼠卵泡发育中的调控作用实验[J]. 董静文,黄青. 中国医药科学. 2016(13)
[2]miR-29a促进小鼠子宫内膜的蜕膜化[J]. 张鹏,范立青. 中山大学学报(医学科学版). 2016(01)
[3]miRNA-29在胰岛素抵抗与卵泡发育研究中的进展[J]. 方颖,杨晓葵. 北京医学. 2014(11)
博士论文
[1]基于卵巢RNA组学鉴定影响猪产仔数性状的候选基因及microRNA[D]. 黄龙.安徽农业大学 2016
[2]cAMP调控小鼠卵母细胞第一次减数分裂和原始卵泡形成[D]. 王怡婧.中国农业大学 2015
硕士论文
[1]单、多羔山羊卵巢差异表达miRNA筛选与分析[D]. 郭晓飞.安徽农业大学 2014
本文编号：3294622
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