河北省PCV2和PCV3分子流行病学调查及双重纳米PCR检测方法的建立
发布时间：2021-07-21 16:11
圆环病毒病是由圆环病毒感染所引起的器官功能性障碍或繁殖障碍疾病,该病是世界范围内公认的严重危害养猪业的主要疾病之一,当与其他病毒混合感染时往往对猪造成严重的危害。为了解PCV2在河北省流行特点及遗传演化规律,本研究建立PCV2和PCV3双重纳米PCR检测方法,对河北省养猪场的379份临床样品进行PCV2和PCV3检测,并对47阳性样品进行了PCV2 ORF2基因测序分析,部分PCV2和PCV3全基因序列分析,结果如下:1.应用PCR方法对379份临床样品进行检测。结果发现PCV2的阳性感染率达到53.6%,PCV3的阳性感染率较低为25.6%,而PCV2和PCV3混合感染率为12.1%,表明我省北部地区PCV2和PCV3感染较普遍。47个强阳性样品的PCV2 ORF2基因遗传演化分析,结果发现20152019年间河北省PCV2优势流行毒株为PCV2b和PCV2d亚型,但亦存在少数PCV2e的流行。2.应用PCR检测方法对2株PCV2（HB-PCV2-5、HB-PCV2-182）和1株PCV3（HB-PCV3）阳性毒株的全基因进行扩增、克隆、测序和遗传进化分析。结果...
【文章来源】：河北科技师范学院河北省
【文章页数】：57 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
PCV2ORF2基因遗传进化树
第二章PCV2和PCV3遗传演化分析302.3.3PCV2ORF2核苷酸序列同源性分析根据进化树分析结果选取14株遗传进化距离较远差异较大的PCV2ORF2序列与18株参考毒株进行同源性比对分析（图2-2），发现14株PCV2ORF2序列之间核苷酸同源性为87.0%~97.7%，与参考毒株及疫苗株间同源性为83.5%~97.3%，其中分离毒株与疫苗株LG-HM038034.1和SH-HM038027.1的同源性分别为87.3%~90.6%和88.1%~96.2%。图2-2部分PCV2分离株ORF2基因核苷酸同源性比对Fig.2-2ComparisonofnucleotidehomologyofORF2geneofsomePCV2isolates2.3.4PCV2ORF2氨基酸位点比对分析利用Megalign对代表毒株和参考毒株的氨基酸序列进行位点比对分析，结果发现其氨基酸同源性在87.1%~100%之间，PCV2Cap蛋白变异较高的位点主要集中于50~90aa，130~135aa和184~191aa三个区段（图2-3）。
第二章PCV2和PCV3遗传演化分析31图2-3PCV2ORF2氨基酸位点比对分析Fig.2-3PCV2ORF2aminoacidpositioncomparisonanalysis2.3.5PCV2和PCV3全基因扩增结果通过优化PCR反应温度及条件，得到PCV2的扩增条带为1768bp，PCV3的扩增条带为2000bp，与预期目标相符。2.3.6PCV2全基因片段克隆及序列拼接将扩增获得的全基因组片段的PCR产物，经过纯化、连接、转化后，挑取单个菌落，摇菌扩大培养后提取质粒。用快速内切酶进行双酶切鉴定，将鉴定为阳性的质粒送测序。测序结果用软件拼接处理，获得PCV2和PCV3的全基因序列，并将其全基因组序列提交至NCBI，PCV2的GenBank登陆号为MT711855和MT711856，PCV3的GenBank登陆号为MT71187。分析得出PCV2和PCV3各片段的信息（表2-10、表2-11）。表2-10PCV2全基因结构分析Table2-10DetailanalysisofPCV2straingenomicregionsRegionNucleotidelengthAminoacidORF1942314ORF2702234ORF3312104
【参考文献】：
期刊论文
[1]浙江金华地区PCV2分子流行病学调查及遗传变异分析[J]. 吴明臻,江云波,敖超杰,于学祥,库旭钢,陈芳洲,孙琪,吴昊,何启盖,赵青. 中国兽医学报. 2019(10)
[2]猪圆环病毒3型全基因克隆及遗传演化分析[J]. 金宏凯,马宇驰,孙莉,樊琼,董媛媛,马鸣潇. 畜牧与兽医. 2019(02)
[3]福建省新发猪圆环病毒3型分子流行病学调查及其Cap基因分子特征[J]. 黄翠琴,范克伟,余佳,宋洲洋,杨守深,戴爱玲,杨小燕,刘建奎,林青青,费世港,林宏彬,周存锐,陈冠果,张跃鸿. 中国兽医学报. 2018(12)
[4]河北北部猪圆环病毒2型流行毒株的遗传变异分析[J]. 刘玄福,宋涛,芮萍,田瑞,郝建香,王秋悦,刘谢荣,辛树阳,张守聪,马增军. 中国兽医学报. 2018(11)
[5]北京地区猪圆环病毒3型感染的检测及基因组遗传变异分析[J]. 孙明,马君,乔明明,刘巧荣,田新生,杨欣艳,孙胜永,陈西钊. 畜牧兽医学报. 2018(10)
[6]华南地区猪圆环病毒3型分子流行病学研究[J]. 蒋智勇,蔡汝健,楚品品,林德锐,勾红潮,李艳,宋帅,李春玲. 广东农业科学. 2018(07)
[7]猪圆环病毒2型河北株全基因组序列分析[J]. 芮萍,田瑞,郝建香,刘玄福,王秋悦,刘谢荣,潘朔楠,辛树阳,张守聪,马增军. 黑龙江畜牧兽医. 2018(11)
[8]猪圆环病毒3型的病原学特征及检测技术研究进展[J]. 庄金秋,梅建国,王艳,莫玲,李峰. 中国动物检疫. 2018(02)
[9]PCV2和PCV3双重纳米PCR方法的建立及初步应用[J]. 梁琳,逄春华,罗亚坤,周灵,王静,刘畅,刘琪,崔尚金. 中国畜牧兽医. 2017(12)
[10]猪圆环病毒2型纳米PCR检测方法的建立及初步应用[J]. 刘志科,曹军军,张洁,杨宁宁,徐明国,吴文星,陈创夫. 现代畜牧兽医. 2017(11)
硕士论文
[1]PEDV检测纳米PCR方法的建立及其分子流行病学调查[D]. 朱禹.黑龙江八一农垦大学 2017
[2]湖南省仔猪PCV2流行病学调查及其病理学研究[D]. 朱哲.湖南农业大学 2015
[3]陕西地区猪圆环病毒2型分子流行病学调查及重组病毒株的鉴定[D]. 邵萌.西北农林科技大学 2013
[4]猪Ⅱ型圆环病毒全基因克隆及结构基因表达研究[D]. 李洋.吉林大学 2008
本文编号：3295350
【文章来源】：河北科技师范学院河北省
【文章页数】：57 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
PCV2ORF2基因遗传进化树
第二章PCV2和PCV3遗传演化分析302.3.3PCV2ORF2核苷酸序列同源性分析根据进化树分析结果选取14株遗传进化距离较远差异较大的PCV2ORF2序列与18株参考毒株进行同源性比对分析（图2-2），发现14株PCV2ORF2序列之间核苷酸同源性为87.0%~97.7%，与参考毒株及疫苗株间同源性为83.5%~97.3%，其中分离毒株与疫苗株LG-HM038034.1和SH-HM038027.1的同源性分别为87.3%~90.6%和88.1%~96.2%。图2-2部分PCV2分离株ORF2基因核苷酸同源性比对Fig.2-2ComparisonofnucleotidehomologyofORF2geneofsomePCV2isolates2.3.4PCV2ORF2氨基酸位点比对分析利用Megalign对代表毒株和参考毒株的氨基酸序列进行位点比对分析，结果发现其氨基酸同源性在87.1%~100%之间，PCV2Cap蛋白变异较高的位点主要集中于50~90aa，130~135aa和184~191aa三个区段（图2-3）。
第二章PCV2和PCV3遗传演化分析31图2-3PCV2ORF2氨基酸位点比对分析Fig.2-3PCV2ORF2aminoacidpositioncomparisonanalysis2.3.5PCV2和PCV3全基因扩增结果通过优化PCR反应温度及条件，得到PCV2的扩增条带为1768bp，PCV3的扩增条带为2000bp，与预期目标相符。2.3.6PCV2全基因片段克隆及序列拼接将扩增获得的全基因组片段的PCR产物，经过纯化、连接、转化后，挑取单个菌落，摇菌扩大培养后提取质粒。用快速内切酶进行双酶切鉴定，将鉴定为阳性的质粒送测序。测序结果用软件拼接处理，获得PCV2和PCV3的全基因序列，并将其全基因组序列提交至NCBI，PCV2的GenBank登陆号为MT711855和MT711856，PCV3的GenBank登陆号为MT71187。分析得出PCV2和PCV3各片段的信息（表2-10、表2-11）。表2-10PCV2全基因结构分析Table2-10DetailanalysisofPCV2straingenomicregionsRegionNucleotidelengthAminoacidORF1942314ORF2702234ORF3312104
【参考文献】：
期刊论文
[1]浙江金华地区PCV2分子流行病学调查及遗传变异分析[J]. 吴明臻,江云波,敖超杰,于学祥,库旭钢,陈芳洲,孙琪,吴昊,何启盖,赵青. 中国兽医学报. 2019(10)
[2]猪圆环病毒3型全基因克隆及遗传演化分析[J]. 金宏凯,马宇驰,孙莉,樊琼,董媛媛,马鸣潇. 畜牧与兽医. 2019(02)
[3]福建省新发猪圆环病毒3型分子流行病学调查及其Cap基因分子特征[J]. 黄翠琴,范克伟,余佳,宋洲洋,杨守深,戴爱玲,杨小燕,刘建奎,林青青,费世港,林宏彬,周存锐,陈冠果,张跃鸿. 中国兽医学报. 2018(12)
[4]河北北部猪圆环病毒2型流行毒株的遗传变异分析[J]. 刘玄福,宋涛,芮萍,田瑞,郝建香,王秋悦,刘谢荣,辛树阳,张守聪,马增军. 中国兽医学报. 2018(11)
[5]北京地区猪圆环病毒3型感染的检测及基因组遗传变异分析[J]. 孙明,马君,乔明明,刘巧荣,田新生,杨欣艳,孙胜永,陈西钊. 畜牧兽医学报. 2018(10)
[6]华南地区猪圆环病毒3型分子流行病学研究[J]. 蒋智勇,蔡汝健,楚品品,林德锐,勾红潮,李艳,宋帅,李春玲. 广东农业科学. 2018(07)
[7]猪圆环病毒2型河北株全基因组序列分析[J]. 芮萍,田瑞,郝建香,刘玄福,王秋悦,刘谢荣,潘朔楠,辛树阳,张守聪,马增军. 黑龙江畜牧兽医. 2018(11)
[8]猪圆环病毒3型的病原学特征及检测技术研究进展[J]. 庄金秋,梅建国,王艳,莫玲,李峰. 中国动物检疫. 2018(02)
[9]PCV2和PCV3双重纳米PCR方法的建立及初步应用[J]. 梁琳,逄春华,罗亚坤,周灵,王静,刘畅,刘琪,崔尚金. 中国畜牧兽医. 2017(12)
[10]猪圆环病毒2型纳米PCR检测方法的建立及初步应用[J]. 刘志科,曹军军,张洁,杨宁宁,徐明国,吴文星,陈创夫. 现代畜牧兽医. 2017(11)
硕士论文
[1]PEDV检测纳米PCR方法的建立及其分子流行病学调查[D]. 朱禹.黑龙江八一农垦大学 2017
[2]湖南省仔猪PCV2流行病学调查及其病理学研究[D]. 朱哲.湖南农业大学 2015
[3]陕西地区猪圆环病毒2型分子流行病学调查及重组病毒株的鉴定[D]. 邵萌.西北农林科技大学 2013
[4]猪Ⅱ型圆环病毒全基因克隆及结构基因表达研究[D]. 李洋.吉林大学 2008
本文编号：3295350
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