猪繁殖与呼吸综合症糖基化蛋白GP2/3与CD163/9同源模建及相互作用模拟研究

发布时间：2021-07-23 19:28

　　猪呼吸繁殖综合症（Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS）是由猪呼吸繁殖综合症病毒（PRRSV）感染引起的,是猪群发生以繁殖障碍和呼吸系统症状为特征的一种急性、高度传染的病毒性传染病。研究表明,PRRSV的黏附与唾液黏附素Siglec-1（Sn,又名CD163）分子的唾液酸部分有重要关系。GP2是PRRSV的次要结构蛋白之一,CD163是PRRSV的第二个受体基因。CD163是清道夫受体（SRCR）超家族成员之一,富含半胱氨酸,由吞噬细胞表达,仅在单核细胞/巨噬细胞系统细胞膜上发现的跨膜分子。参与多种免疫活动,对正常生理具有意义,同时与某些疾病发展密切相关。猪繁殖与呼吸综合征（Porcine Reproductive and Respiration Syndrome,PRRSV）主要特征为各个年龄段猪呼吸道症状和妊娠母猪繁殖障碍的病毒性传染疾病,严重危害养猪业。基因组中有六种结构蛋白基因由ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6、ORF7编码蛋白的GP2、GP3、GP4、GP5、M蛋白和N蛋白,GP2为次要结构蛋白,... 

【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：44 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第1章 前言
    1.1 繁殖与呼吸综合征
    1.2 同源模建与分子对接
第2章 PRRSV糖基化蛋白GP3与CD169同源模建及相互作用模拟
    2.1 GP3蛋白和CD169蛋白
    2.2 计算方法
        2.2.1 蛋白的一级序列及晶体模型搜索
        2.2.2 序列比对
        2.2.3 同源模建
        2.2.4 模型评估
        2.2.5 模型优化
        2.2.6 蛋白大分子对接
        2.2.7 寻找活性位点
        2.2.8 小分子对接及药物小分子筛选
    2.3 结果与讨论
        2.3.1 序列比对
        2.3.2 同源模建
        2.3.3 模型优化
        2.3.4 模型评估
        2.3.5 蛋白大分子对接
        2.3.6 寻找蛋白合体的活性位点及分析
        2.3.7 小分子对接及药物小分子库筛选
    2.4 结论
第3章 PRRSV糖基化蛋白GP2与CD163同源模建及相互作用模拟
    3.1 GP2蛋白和CD163蛋白
    3.2 实验方法
        3.2.1 下载晶体模型
        3.2.2 序列比对
        3.2.3 同源模建
        3.2.4 模型评估
        3.2.5 模型优化
        3.2.6 蛋白-蛋白对接
        3.2.7 寻找活性位点
        3.2.8 药物小分子筛选及对接
            3.2.8.1 药物小分子筛选
            3.2.8.2 小分子对接
    3.3 结果与讨论
        3.3.1 下载晶体模型
        3.3.2 序列比对
        3.3.3 同源模建
        3.3.4 模型评估
            3.3.4.1 拉氏图法分析
            3.3.4.2 Profiles-3D评估
        3.3.5 蛋白-蛋白大分子对接
        3.3.6 寻找蛋白合体的活性位点及小分子药物对接分析
        3.3.7 小分子药物筛选
    3.4 结论
参考文献
致谢


【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
[1]天然鹿茸多肽和自整合障碍因子两类蛋白的分子模拟研究[D]. 尚禹东.吉林大学 2015
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[3]基于巨噬细胞移动抑制因子的药物设计和分子模拟研究[D]. 许磊.苏州大学 2013
[4]蛋白质结合位点预测方法研究与应用[D]. 邱智军.大连理工大学 2012
[5]基于靶酶结构的新型抑制剂先导化合物的合理设计与筛选研究[D]. 张青叶.华中师范大学 2008

硕士论文
[1]P-糖蛋白的同源模建及分子对接模拟研究[D]. 张艳慧.天津大学 2010
[2]PRRSV GP2和M蛋白免疫活性及其在感染细胞内分布的初步研究[D]. 刘明莉.河南农业大学 2009



本文编号：3299893