大足黑山羊TET1基因多态性及其与胎盘性状的关联分析
发布时间：2021-07-28 11:24
山羊的胎产羔数是山羊生产中重要的育种指标,提高山羊的胎产羔数对保障养羊业持续健康发展、提高养羊业的经济效益和农民积极性具有重要意义。由于产羔数的遗传力低（0.1～0.15）和负的母体效应特点,多年来通过表型选择直接提高母羊的胎产羔数的进展缓慢。虽然人们也希望通过对影响产羔数的生理因素如排卵数、子宫容积等进行选择来加以提高,但因排卵数与胚胎存活率存在负的遗传相关,直接选择子宫容积难度大,总体收效不大。因此,探索一个与产羔数呈强正相关,且遗传力高的性状,如胎盘效率,来选择种母羊和选留后备母羊,以提高山羊的产羔率是十分必要的。10-11异位蛋白1（Ten-Eleven Translocation 1,TET1）作为去甲基化主导作用的双加氧酶成员,在哺乳动物早期胎盘发育、胚胎着床、胎儿生长、基因印记以及相关信号通路调控中具有普遍作用,是影响胎盘性状进而影响繁殖性能的一个重要候选基因,可以作为繁殖性状辅助选择的分子标记。国内外尚无山羊TET1基因及其与山羊胎盘性状的关联研究的相关报告。本论文以大足黑山羊为研究对象,旨在探索TET1基因多态性及其对胎盘性状的影响,为通过标记辅助选择提高山羊繁殖性能...
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：72 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图4-1.双变量相关性分析热图
4结果与分析23可以看出，单羔、双羔、三羔这三组产羔类型在胎盘重、子叶面积这两种性状上都是差异极显著的，而在胎盘效率上三组数据都差异不显著。单羔组的子叶总数极显著地小于双羔组和三羔组，而双羔和三羔之间子叶总数差异不显著。单羔组的子叶密度显著大于三羔组，而单羔组和双羔组差异不显著；双羔组和三羔组地差异也不显著。在子叶承载效率方面，单羔组显著大于双羔和三羔组，但双羔和三羔地差异不显著。大足黑山羊不同胎次类型的胎盘性状进行比较发现，只有子叶密度在经产和初产母羊间差异显著，而其他性状差异均不显著。表4-2以及表4-3中的结果与双变量相关性热图的结果是一致的。4.2TET1基因序列的克隆4.2.1基因组DNA的检测利用1%的琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA，结果如图4-2所示。从图中可以看出，基因组DNA较为完整，可以用于后续的分子实验中。同时，用紫外分光光度计检测DNA浓度和纯度，结果显示大多数样本的OD260/280值在1.8-2.0之间，说明提取的基因组DNA纯度较好。图4-2.琼脂糖电泳检测DNA质量Figure4-1.DetectionofDNAqualitybyagaroseelectrophoresis4.2.2引物最佳退火温度的确定设计合成21对引物，对每对引物进行预实验以确定其最佳的退火温度，通过琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物，结果如图4-3所示。具体如下：引物对TET1-1的退火温度为60℃，TET1-2的退火温度为60℃，TET1-3的退火温度为64℃，TET1-4的退火温度为63℃，TET1-5的退火温度为60℃，TET1-6的退火温度为61℃，TET1-7的退火温度为60℃，TET1-8的退火温度为61℃，TET1-9的退火
西南大学硕士学位论文24温度为65℃，TET1-10的退火温度为65℃，TET1-11的退火温度为63℃，TET1-12的退火温度为59℃，TET1-13的退火温度为65℃，TET1-14的退火温度为65℃，TET1-15的退火温度为61℃，TET1-16的退火温度为65℃，TET1-17的退火温度为63℃，TET1-18的退火温度为63℃，TET1-19的退火温度为59℃，TET1-20的退火温度为64℃，TET1-21的退火温度为64℃。确定最佳退火温度后，进行PCR扩增，用琼脂糖凝胶电泳检测，然后将样品送往武汉天一辉远生物技术有限公司进行测序。图4-3.引物的PCR产物琼脂糖电泳图A:1泳道为Maker，2-9泳道为TET-1，11泳道为Marker，12-19泳道为TET-2；B:从左到右每两个条带为一对引物。1泳道为Marker，2和3泳道为TET-3，4和5泳道为TET-4，6和7泳道为TET-5，8和9泳道为TET-6，10和11泳道为TET-7，12和13泳道为TET-8，14和15泳道为TET-9，16和17泳道为TET-10，18和19泳道为TET-11，20和21泳道为TET-12；C:从左到右每两个条带为一对引物。1泳道为Marker，2和3泳道为TET-13，4和5泳道为TET-14，6和7泳道为TET-15，8和9泳道为TET-16，10和11泳道为TET-17，12和13泳道为TET-18，14和15泳道为TET-19，16和17泳道为TET-20，18和19泳道为TET-21Figure4-3.AgaroseelectrophoresisofPCRproductsofprimers
【参考文献】：
期刊论文
[1]云上黑山羊肌肉生长抑制素基因多态性分析[J]. 江炎庭,王思宇,朱兰,杨红远,洪琼花. 中国草食动物科学. 2020(01)
[2]鹌鹑ESR1基因外显子1多态性与早期生长性能的关联分析[J]. 曹恒,杨帅,白俊艳,樊红灯,庞有志,付学言,卢小宁,时坤鹏. 河南农业科学. 2019(09)
[3]无角牦牛FTO基因多态性与生长性状的关联性分析[J]. 马武,张浩,贾聪俊,阎萍,成述儒,梁春年. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2020(02)
[4]SSR分子标记技术在植物研究中的应用[J]. 王玲玲,陈东亮,黄丛林,邢震. 安徽农业科学. 2017(36)
[5]分子遗传标记技术及其在动物育种中的研究进展[J]. 宋志芳,于国生,解佑志,芦春莲,曹洪战. 猪业科学. 2017(02)
[6]鸡DGAT2基因第7外显子多态性与生产性能的关联[J]. 付金秀,郭红威,李超,蒋瑞瑞,李转见,王彦彬,康相涛,韩瑞丽. 农业生物技术学报. 2016(05)
[7]大足黑山羊胎盘子叶性状和结构及其与繁殖性能的相关性[J]. 罗南剑,管代禄,李黄琨,王燕,赵永聚. 中国兽医学报. 2015(08)
[8]标记辅助选择技术在山羊育种中的应用[J]. 肖玉萍,周磊,程胜利,杨保平,魏云霞. 中国草食动物科学. 2012(06)
[9]绵羊皮肤源EST-SSR标记与羊毛性状的关联性分析[J]. 王遵宝,赵宗胜,吴洪宾,余鹏,张文祥,曾献存. 农业生物技术学报. 2011(06)
[10]北川白山羊基因组与表型性状相关的多态性RAPD标记[J]. 蔡欣,苟兴能,董绍森,刘畅,王雪,李勇. 中国兽医学报. 2011(10)
博士论文
[1]绒山羊Y染色体的BAC筛选、鉴定与序列分析[D]. 肖红梅.内蒙古农业大学 2013
硕士论文
[1]MC4R基因在绵羊和山羊群体中的变异研究[D]. 喻运.华中农业大学 2018
[2]牛羊SSR分析及MHC进化机制研究[D]. 陈李鹏.西南大学 2017
[3]宁都黄鸡BMP15、INHA基因多态性与生长、繁殖性状的关联分析[D]. 金恒.江西农业大学 2016
[4]家兔RERG、TGFBR1基因多态性与生长性状关联性分析及TGFBR1对骨骼肌卫星细胞生长的影响[D]. 朱建炉.四川农业大学 2016
[5]山羊CLPG基因染色体定位及其变异分析[D]. 沈祖楠.河北农业大学 2010
[6]安徽白山羊多胎性能相关分子标记的AFLP筛选[D]. 陈胜.南京农业大学 2008
[7]内蒙古绒山羊BMP-2基因DNA序列的克隆与荧光原位杂交定位[D]. 张海军.内蒙古农业大学 2008
本文编号：3307823
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：72 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图4-1.双变量相关性分析热图
4结果与分析23可以看出，单羔、双羔、三羔这三组产羔类型在胎盘重、子叶面积这两种性状上都是差异极显著的，而在胎盘效率上三组数据都差异不显著。单羔组的子叶总数极显著地小于双羔组和三羔组，而双羔和三羔之间子叶总数差异不显著。单羔组的子叶密度显著大于三羔组，而单羔组和双羔组差异不显著；双羔组和三羔组地差异也不显著。在子叶承载效率方面，单羔组显著大于双羔和三羔组，但双羔和三羔地差异不显著。大足黑山羊不同胎次类型的胎盘性状进行比较发现，只有子叶密度在经产和初产母羊间差异显著，而其他性状差异均不显著。表4-2以及表4-3中的结果与双变量相关性热图的结果是一致的。4.2TET1基因序列的克隆4.2.1基因组DNA的检测利用1%的琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA，结果如图4-2所示。从图中可以看出，基因组DNA较为完整，可以用于后续的分子实验中。同时，用紫外分光光度计检测DNA浓度和纯度，结果显示大多数样本的OD260/280值在1.8-2.0之间，说明提取的基因组DNA纯度较好。图4-2.琼脂糖电泳检测DNA质量Figure4-1.DetectionofDNAqualitybyagaroseelectrophoresis4.2.2引物最佳退火温度的确定设计合成21对引物，对每对引物进行预实验以确定其最佳的退火温度，通过琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物，结果如图4-3所示。具体如下：引物对TET1-1的退火温度为60℃，TET1-2的退火温度为60℃，TET1-3的退火温度为64℃，TET1-4的退火温度为63℃，TET1-5的退火温度为60℃，TET1-6的退火温度为61℃，TET1-7的退火温度为60℃，TET1-8的退火温度为61℃，TET1-9的退火
西南大学硕士学位论文24温度为65℃，TET1-10的退火温度为65℃，TET1-11的退火温度为63℃，TET1-12的退火温度为59℃，TET1-13的退火温度为65℃，TET1-14的退火温度为65℃，TET1-15的退火温度为61℃，TET1-16的退火温度为65℃，TET1-17的退火温度为63℃，TET1-18的退火温度为63℃，TET1-19的退火温度为59℃，TET1-20的退火温度为64℃，TET1-21的退火温度为64℃。确定最佳退火温度后，进行PCR扩增，用琼脂糖凝胶电泳检测，然后将样品送往武汉天一辉远生物技术有限公司进行测序。图4-3.引物的PCR产物琼脂糖电泳图A:1泳道为Maker，2-9泳道为TET-1，11泳道为Marker，12-19泳道为TET-2；B:从左到右每两个条带为一对引物。1泳道为Marker，2和3泳道为TET-3，4和5泳道为TET-4，6和7泳道为TET-5，8和9泳道为TET-6，10和11泳道为TET-7，12和13泳道为TET-8，14和15泳道为TET-9，16和17泳道为TET-10，18和19泳道为TET-11，20和21泳道为TET-12；C:从左到右每两个条带为一对引物。1泳道为Marker，2和3泳道为TET-13，4和5泳道为TET-14，6和7泳道为TET-15，8和9泳道为TET-16，10和11泳道为TET-17，12和13泳道为TET-18，14和15泳道为TET-19，16和17泳道为TET-20，18和19泳道为TET-21Figure4-3.AgaroseelectrophoresisofPCRproductsofprimers
【参考文献】：
期刊论文
[1]云上黑山羊肌肉生长抑制素基因多态性分析[J]. 江炎庭,王思宇,朱兰,杨红远,洪琼花. 中国草食动物科学. 2020(01)
[2]鹌鹑ESR1基因外显子1多态性与早期生长性能的关联分析[J]. 曹恒,杨帅,白俊艳,樊红灯,庞有志,付学言,卢小宁,时坤鹏. 河南农业科学. 2019(09)
[3]无角牦牛FTO基因多态性与生长性状的关联性分析[J]. 马武,张浩,贾聪俊,阎萍,成述儒,梁春年. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2020(02)
[4]SSR分子标记技术在植物研究中的应用[J]. 王玲玲,陈东亮,黄丛林,邢震. 安徽农业科学. 2017(36)
[5]分子遗传标记技术及其在动物育种中的研究进展[J]. 宋志芳,于国生,解佑志,芦春莲,曹洪战. 猪业科学. 2017(02)
[6]鸡DGAT2基因第7外显子多态性与生产性能的关联[J]. 付金秀,郭红威,李超,蒋瑞瑞,李转见,王彦彬,康相涛,韩瑞丽. 农业生物技术学报. 2016(05)
[7]大足黑山羊胎盘子叶性状和结构及其与繁殖性能的相关性[J]. 罗南剑,管代禄,李黄琨,王燕,赵永聚. 中国兽医学报. 2015(08)
[8]标记辅助选择技术在山羊育种中的应用[J]. 肖玉萍,周磊,程胜利,杨保平,魏云霞. 中国草食动物科学. 2012(06)
[9]绵羊皮肤源EST-SSR标记与羊毛性状的关联性分析[J]. 王遵宝,赵宗胜,吴洪宾,余鹏,张文祥,曾献存. 农业生物技术学报. 2011(06)
[10]北川白山羊基因组与表型性状相关的多态性RAPD标记[J]. 蔡欣,苟兴能,董绍森,刘畅,王雪,李勇. 中国兽医学报. 2011(10)
博士论文
[1]绒山羊Y染色体的BAC筛选、鉴定与序列分析[D]. 肖红梅.内蒙古农业大学 2013
硕士论文
[1]MC4R基因在绵羊和山羊群体中的变异研究[D]. 喻运.华中农业大学 2018
[2]牛羊SSR分析及MHC进化机制研究[D]. 陈李鹏.西南大学 2017
[3]宁都黄鸡BMP15、INHA基因多态性与生长、繁殖性状的关联分析[D]. 金恒.江西农业大学 2016
[4]家兔RERG、TGFBR1基因多态性与生长性状关联性分析及TGFBR1对骨骼肌卫星细胞生长的影响[D]. 朱建炉.四川农业大学 2016
[5]山羊CLPG基因染色体定位及其变异分析[D]. 沈祖楠.河北农业大学 2010
[6]安徽白山羊多胎性能相关分子标记的AFLP筛选[D]. 陈胜.南京农业大学 2008
[7]内蒙古绒山羊BMP-2基因DNA序列的克隆与荧光原位杂交定位[D]. 张海军.内蒙古农业大学 2008
本文编号：3307823
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