基于转录组测序分析自然感染的绵羊肺腺瘤肿瘤组织差异表达基因富集的生物学功能模块

发布时间：2021-07-29 07:40

　　为鉴定自然感染的绵羊肺腺瘤肿瘤组织与绵羊健康肺组织之间的差异表达基因（DEGs）,本研究采用Illumina Hiseq 4000高通量RNA-seq测序技术对自然感染的绵羊肺腺瘤肿瘤组织及绵羊健康肺组织进行转录组测序和生物信息学分析。参考绵羊基因组（Ovis_aries₃.1.88）对测序结果进行拼接与质量评估,测序数据处理后获得DEGs,上调的DEGs和下调的DEGs分别利用GO数据库进行富集分析。结果显示:自然感染的绵羊肺腺瘤肿瘤组织与绵羊健康肺组织比较,DEGs共有366个,其中上调的DEGs 154个,下调的DEGs 212个。通过GO功能富集分析,表达上调的DEGs主要富集于L-亮氨酸跨膜转运蛋白活性、铜还原酶活性、 NADH脱氢酶活性、 NAD+二磷酸酶活性、磷酸蛋白酶活性的负调控、 Nem1-Spo7磷酸酶复合物等生物学功能;表达下调的DEGs主要富集于Ⅲ型转化生长因子β受体结合、DNA导向聚合酶活性、胃气化趋同延伸、面部发育等生物学功能。随机选取7个DEGs利用RT-qPCR方法验证,结果显示这7个DEGs的转录水平与上述结果... 

【文章来源】：中国预防兽医学报. 2020,42(10)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

DEGs的RT-q PCR验证

通过从RNA-Seq产生的高质量序列鉴定DEGs，结果显示，对比绵羊参考基因组，6个检测样本拥有共同注释基因15 304个。在OPA患羊肺肿瘤组织中发现了366个DEGs，其中154个表达上调基因，212个表达下调基因（图1A),366个DEGs对应2 143个差异转录本，其中1 360个表达上调转录本，783个表达下调转录本（图1B）。以上数据表明，自然感染OPA羊肺肿瘤组织与健康羊肺组织之间存在大量DEGs，可作进一步功能富集分析。2.3 自然感染OPA羊肺肿瘤组织与健康羊肺组织DEGs的GO功能分类

【参考文献】：
期刊论文
[1]exJSRV和enJSRV致瘤机制的研究进展[J]. 杨惠,刘淑英.  中国兽医科学. 2018(04)
[2]外源性绵羊肺腺瘤病毒囊膜蛋白激活Akt/mTOR信号通路及调控Beclin1的研究[J]. 孙晓林,刘淑英.  中国预防兽医学报. 2017(04)
[3]荧光定量聚合酶链反应法比较标准管家基因3-磷酸甘油醛脱氢酶、β-肌动蛋白、酸性核糖体磷蛋白P0及18S核糖体RNA在老年大鼠不同组织中的表达[J]. 叶文静,侯配强,赵晓民,蔡洪信,夏作理.  中国组织工程研究与临床康复. 2008(18)



本文编号：3308914