青脚麻鸡L系脾脏发育性状的全基因组关联分析
发布时间：2021-07-31 11:29
脾脏是家禽重要的免疫器官。本研究选取70日龄纯系公母鸡各150只,利用重测序技术获取基因组高密度SNP信息,通过全基因组关联分析（genome-wide association study, GWAS）挖掘影响解析青脚麻鸡配套系父本纯系（L系）脾脏重和脾脏率的相关候选基因。研究发现,脾脏重和脾脏率的遗传力分别为0.28和0.32,脾脏率较脾脏重有更大的变异。基于单变量混合线性模型,利用质控后的7 882 695个高质量位点进行全基因组关联分析,发现7和9个SNP位点分别与脾脏重和脾脏率显著相关,位于1、2、4、10和26号染色体。对显著SNP位点进行注释,共筛选到MTMR2、CEP57、IL16和LGR6等11个可能与脾脏发育有关的候选基因。
【文章来源】：畜牧与兽医. 2020,52(04)北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
SNP密度分布及PCA图
表4 与脾脏重和脾脏率显著相关的SNP位点信息 性状 染色体 物理位置 p_value P 候选基因 CPV/% 脾脏重 1 186878278 2.52E-09 0.020 MTMR2 1.28 1 186883019 2.03E-09 0.016 CEP57 2.01 1 186883108 3.4E-10 0.003 DEUP1 1.13 1 186886393 4.84E-09 0.038 HEPHL1 1.02 2 98469678 4.35E-09 0.034 PP4R1 1.26 10 12566389 5.11E-09 0.040 IL16 2.17 26 694641 2.26E-09 0.018 LGR6、PHLDA3 2.06 脾脏率 1 186878278 3.11E-09 0.024 MTMR2 1.26 1 186883019 2.77E-09 0.022 CEP57 2.03 1 186883108 5.12E-10 0.004 DEUP1 1.06 1 186886393 5.44E-09 0.043 HEPHL1 0.98 2 98469678 3.77E-09 0.030 PP4R1 2.12 4 19542133 4.87E-09 0.038 TRIM2 1.24 4 19542329 5.69E-09 0.045 SLITRK2 1.46 4 19542525 2.00E-09 0.016 MND1 1.38 26 694641 3.52E-09 0.028 LGR6、PHLDA3 2.12 注:P为矫正后的P值,P<0.05表示显著差异; CPV为SNP位点对表型方差的解释率3 讨论
【参考文献】：
期刊论文
[1]复方中草药对青脚麻鸡脾脏发育、抗氧化性及细胞增殖凋亡的影响[J]. 熊宪献,刘婷,杨云龙,孙启,金光明,靳二辉. 安徽科技学院学报. 2019(02)
[2]鸡脾脏重全基因组关联分析[J]. 沈曼曼,曲亮,窦套存,马猛,郭军,卢建,胡玉萍,李永峰,王克华. 中国农业科学. 2018(06)
[3]介绍两个优良鸡品种[J]. 李银化. 农村百事通. 2017(17)
[4]鸡胸腺重和脾脏重性状的全基因组关联[J]. 张磊,郑麦青,刘冉冉,文杰,吴丹,胡耀东,孙艳发,李鹏,刘丽,赵桂苹. 中国农业科学. 2012(15)
[5]中国北京油鸡和引进白来航蛋鸡免疫性状的比较[J]. 吴春梅,赵桂苹,文杰,陈继兰,郑麦青,陈国宏. 畜牧兽医学报. 2007(12)
本文编号：3313380
【文章来源】：畜牧与兽医. 2020,52(04)北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
SNP密度分布及PCA图
表4 与脾脏重和脾脏率显著相关的SNP位点信息 性状 染色体 物理位置 p_value P 候选基因 CPV/% 脾脏重 1 186878278 2.52E-09 0.020 MTMR2 1.28 1 186883019 2.03E-09 0.016 CEP57 2.01 1 186883108 3.4E-10 0.003 DEUP1 1.13 1 186886393 4.84E-09 0.038 HEPHL1 1.02 2 98469678 4.35E-09 0.034 PP4R1 1.26 10 12566389 5.11E-09 0.040 IL16 2.17 26 694641 2.26E-09 0.018 LGR6、PHLDA3 2.06 脾脏率 1 186878278 3.11E-09 0.024 MTMR2 1.26 1 186883019 2.77E-09 0.022 CEP57 2.03 1 186883108 5.12E-10 0.004 DEUP1 1.06 1 186886393 5.44E-09 0.043 HEPHL1 0.98 2 98469678 3.77E-09 0.030 PP4R1 2.12 4 19542133 4.87E-09 0.038 TRIM2 1.24 4 19542329 5.69E-09 0.045 SLITRK2 1.46 4 19542525 2.00E-09 0.016 MND1 1.38 26 694641 3.52E-09 0.028 LGR6、PHLDA3 2.12 注:P为矫正后的P值,P<0.05表示显著差异; CPV为SNP位点对表型方差的解释率3 讨论
【参考文献】：
期刊论文
[1]复方中草药对青脚麻鸡脾脏发育、抗氧化性及细胞增殖凋亡的影响[J]. 熊宪献,刘婷,杨云龙,孙启,金光明,靳二辉. 安徽科技学院学报. 2019(02)
[2]鸡脾脏重全基因组关联分析[J]. 沈曼曼,曲亮,窦套存,马猛,郭军,卢建,胡玉萍,李永峰,王克华. 中国农业科学. 2018(06)
[3]介绍两个优良鸡品种[J]. 李银化. 农村百事通. 2017(17)
[4]鸡胸腺重和脾脏重性状的全基因组关联[J]. 张磊,郑麦青,刘冉冉,文杰,吴丹,胡耀东,孙艳发,李鹏,刘丽,赵桂苹. 中国农业科学. 2012(15)
[5]中国北京油鸡和引进白来航蛋鸡免疫性状的比较[J]. 吴春梅,赵桂苹,文杰,陈继兰,郑麦青,陈国宏. 畜牧兽医学报. 2007(12)
本文编号：3313380
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