miRNA-206对山羊SMSC增殖分化的调控作用及机制研究
发布时间：2021-08-11 21:54
山羊产业是我国畜牧业的重要组成部分,随着人们生活水平的提高,人们对羊肉的需求量不断增加。因此,为了提高山羊的个体产肉量,研究探索山羊肌肉生长发育的调控机理成为了热点。而miRNA,作为一类广泛存在于真核生物中的具有调控作用的非编码小分子RNA,已有大量研究表明其可通过表达量的改变影响靶基因的转录水平或蛋白表达量,而且miRNA还被证实还参与多种细胞的增殖、分化及凋亡等过程,且有研究表明相关候选miRNA通过作用于骨骼肌卫星细胞来调控动物肌肉的生长发育。本研究基于已公布的简州大耳羊胎儿不同发育阶段背最长肌组织的全基因组miRNA差异表达研究结果,选择差异显著的候选小RNA miR-206（P<0.01）作为研究对象,以大足黑山羊骨骼肌卫星细胞（SMSC）为研究材料,通过过表达体系构建,研究miR-206对体外培养SMSC增殖与分化的调控作用,并进一步筛选和验证该miRNA可能作用的靶基因及其互作关系,为山羊肌肉生长发育的分子遗传机制研究提供基础数据。本研究的主要内容及其结果如下:1.miR-206在大足黑山羊不同组织间的表达谱和原位杂交定位研究。利用荧光定量PCR分别检测胎儿期75...
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
实验技术路线图
西南大学硕士学位论文23图3-1转录组文库构建技术路线图Fig.3-1Technicalroadmapfortranscriptomelibraryconstruction3.2.10.3高通量测序数据分析数据质控：为了保证数据质量，要在信息分析前对原始数据进行数据过滤，以减少无效数据所来带的分析干扰。首先，我们对下机的rawreads利用fastp[89](https://github.com/OpenGene/fastp)进行质控，过滤低质量数据（过滤标准见下文），得到cleanreads。reads过滤的步骤如下:（1）去除含adapter的reads（2）去除含N比例大于10%的reads（3）去除全部都是A碱基的reads（4）去除低质量reads(质量值Q≤20的碱基数占整条read的50％以上)。数据经过过滤后，我们将分析碱基的组成及质量分布，以直观展示数据质量情况。碱基组成越平衡，质量越高，后续分析则越准确。比对参考基因组：通过TopHat2[90](version2.0.3.12)将得到的cleanreads比对到山羊的参考基因组(GCA_001704415.1ARS1，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/10731?genome_assembly_id=281266)，通过这个，我们可以将测序得到的reads对应到基因及基因组上，用于后续分析差异表达基因(DEGs)分析：为了识别样本或组间差异表达的基因，使用了edgeR软件包(http://www.rproject.org/)。我们在比较中确定了重复变化≥2和错误
DEGs注释Fig.3-2DEGsAnnotation
【参考文献】：
期刊论文
[1]不同地方猪种背部皮下脂肪中miR-206差异表达研究[J]. 陶璇,顾以韧,杨雪梅,梁艳,何志平,钟志君,杨跃奎,曾凯,陈晓晖,王言,龚建军,应三成,吕学斌. 养猪. 2020(01)
[2]miR-206靶向调控TIMP3影响RA-FLS迁移及侵袭的研究[J]. 王慧,刘家欢,周玮,杨洁,沈维干,张育. 扬州大学学报(农业与生命科学版). 2019(06)
[3]MiRNA-206通过抑制CDK9表达对鼻咽癌CNE2细胞的生长及转移的影响[J]. 王晓辉,沙树奎,闫嘉俊,姚明月. 临床与病理杂志. 2019(10)
[4]选择性剪接多聚嘧啶结合蛋白及其同源蛋白与恶性肿瘤相关性的研究进展[J]. 王娟,龙喜带. 右江医学. 2019(10)
[5]血清miR-222和miR-206水平与女性阿尔茨海默病患者认知和运动功能的关系及其在诊断中的价值[J]. 易全民,漆琼蔚,刘璐,范文澜. 临床精神医学杂志. 2019(04)
[6]CircRNA4736通过“海绵状”吸附miR-206调控Seipin介导的线粒体自噬在缺血性脑卒中再灌注损伤的分子机制[J]. 禹文峰. 中国药理学与毒理学杂志. 2019(06)
[7]腔隙性脑梗死伴脑白质病变患者血清miR-206、BDNF水平与认知功能受损的关系[J]. 吴小杨,黄艮彬,沈沸. 现代医学. 2019(01)
[8]家养动物肌肉发育相关基因的研究进展[J]. 文逸凡,贺花,宋成创,彭术军,雷初朝,陈宏,黄永震. 基因组学与应用生物学. 2018(07)
[9]骨骼肌卫星细胞增殖与成肌分化过程中关键信号通路的作用[J]. 郑琪,睢梦华,凌英会. 畜牧兽医学报. 2017(11)
[10]安淮山羊骨骼肌卫星细胞的分离培养与鉴定[J]. 郑琪,睢梦华,朱龙,吴昊,丁建平,张运海,凌英会. 安徽农业大学学报. 2017(02)
博士论文
[1]保元汤调控AT1-CARP通路抑制心室重构防治心梗后心衰的作用机制研究[D]. 孟慧.北京中医药大学 2019
[2]猪骨骼肌miRNA转录组分析及miR-486功能的初步研究[D]. 郭晓萍.广西大学 2015
[3]秦川牛肌肉生长发育相关基因和蛋白质的筛选及其初步鉴定[D]. 贺花.西北农林科技大学 2014
硕士论文
[1]染色质重塑复合物INO80对ANKRD1表达调控作用的研究[D]. 于超.吉林大学 2018
[2]microRNA-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖和成肌分化的调控机制研究[D]. 代阳.天津农学院 2016
[3]miRNA-101a对山羊骨骼肌卫星细胞增殖与分化调控作用研究[D]. 李丹丹.四川农业大学 2015
[4]敲低锚定重复区域1（Ankrdl）通过抑制p53活化和线粒体功能障碍减少心肌细胞凋亡[D]. 沈亮.南方医科大学 2015
[5]MiR-1和miR-133在山羊骨骼肌组织和细胞中的表达规律及功能研究[D]. 王丽娟.安徽农业大学 2014
[6]miR-206对牛骨骼肌卫星细胞分化的影响研究[D]. 鲁明.东北农业大学 2013
[7]羊肌细胞生成素（MyoG）基因的克隆、表达及成肌活性研究[D]. 许峰.扬州大学 2011
本文编号：3336954
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
实验技术路线图
西南大学硕士学位论文23图3-1转录组文库构建技术路线图Fig.3-1Technicalroadmapfortranscriptomelibraryconstruction3.2.10.3高通量测序数据分析数据质控：为了保证数据质量，要在信息分析前对原始数据进行数据过滤，以减少无效数据所来带的分析干扰。首先，我们对下机的rawreads利用fastp[89](https://github.com/OpenGene/fastp)进行质控，过滤低质量数据（过滤标准见下文），得到cleanreads。reads过滤的步骤如下:（1）去除含adapter的reads（2）去除含N比例大于10%的reads（3）去除全部都是A碱基的reads（4）去除低质量reads(质量值Q≤20的碱基数占整条read的50％以上)。数据经过过滤后，我们将分析碱基的组成及质量分布，以直观展示数据质量情况。碱基组成越平衡，质量越高，后续分析则越准确。比对参考基因组：通过TopHat2[90](version2.0.3.12)将得到的cleanreads比对到山羊的参考基因组(GCA_001704415.1ARS1，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/10731?genome_assembly_id=281266)，通过这个，我们可以将测序得到的reads对应到基因及基因组上，用于后续分析差异表达基因(DEGs)分析：为了识别样本或组间差异表达的基因，使用了edgeR软件包(http://www.rproject.org/)。我们在比较中确定了重复变化≥2和错误
DEGs注释Fig.3-2DEGsAnnotation
【参考文献】：
期刊论文
[1]不同地方猪种背部皮下脂肪中miR-206差异表达研究[J]. 陶璇,顾以韧,杨雪梅,梁艳,何志平,钟志君,杨跃奎,曾凯,陈晓晖,王言,龚建军,应三成,吕学斌. 养猪. 2020(01)
[2]miR-206靶向调控TIMP3影响RA-FLS迁移及侵袭的研究[J]. 王慧,刘家欢,周玮,杨洁,沈维干,张育. 扬州大学学报(农业与生命科学版). 2019(06)
[3]MiRNA-206通过抑制CDK9表达对鼻咽癌CNE2细胞的生长及转移的影响[J]. 王晓辉,沙树奎,闫嘉俊,姚明月. 临床与病理杂志. 2019(10)
[4]选择性剪接多聚嘧啶结合蛋白及其同源蛋白与恶性肿瘤相关性的研究进展[J]. 王娟,龙喜带. 右江医学. 2019(10)
[5]血清miR-222和miR-206水平与女性阿尔茨海默病患者认知和运动功能的关系及其在诊断中的价值[J]. 易全民,漆琼蔚,刘璐,范文澜. 临床精神医学杂志. 2019(04)
[6]CircRNA4736通过“海绵状”吸附miR-206调控Seipin介导的线粒体自噬在缺血性脑卒中再灌注损伤的分子机制[J]. 禹文峰. 中国药理学与毒理学杂志. 2019(06)
[7]腔隙性脑梗死伴脑白质病变患者血清miR-206、BDNF水平与认知功能受损的关系[J]. 吴小杨,黄艮彬,沈沸. 现代医学. 2019(01)
[8]家养动物肌肉发育相关基因的研究进展[J]. 文逸凡,贺花,宋成创,彭术军,雷初朝,陈宏,黄永震. 基因组学与应用生物学. 2018(07)
[9]骨骼肌卫星细胞增殖与成肌分化过程中关键信号通路的作用[J]. 郑琪,睢梦华,凌英会. 畜牧兽医学报. 2017(11)
[10]安淮山羊骨骼肌卫星细胞的分离培养与鉴定[J]. 郑琪,睢梦华,朱龙,吴昊,丁建平,张运海,凌英会. 安徽农业大学学报. 2017(02)
博士论文
[1]保元汤调控AT1-CARP通路抑制心室重构防治心梗后心衰的作用机制研究[D]. 孟慧.北京中医药大学 2019
[2]猪骨骼肌miRNA转录组分析及miR-486功能的初步研究[D]. 郭晓萍.广西大学 2015
[3]秦川牛肌肉生长发育相关基因和蛋白质的筛选及其初步鉴定[D]. 贺花.西北农林科技大学 2014
硕士论文
[1]染色质重塑复合物INO80对ANKRD1表达调控作用的研究[D]. 于超.吉林大学 2018
[2]microRNA-128对牛骨骼肌卫星细胞增殖和成肌分化的调控机制研究[D]. 代阳.天津农学院 2016
[3]miRNA-101a对山羊骨骼肌卫星细胞增殖与分化调控作用研究[D]. 李丹丹.四川农业大学 2015
[4]敲低锚定重复区域1（Ankrdl）通过抑制p53活化和线粒体功能障碍减少心肌细胞凋亡[D]. 沈亮.南方医科大学 2015
[5]MiR-1和miR-133在山羊骨骼肌组织和细胞中的表达规律及功能研究[D]. 王丽娟.安徽农业大学 2014
[6]miR-206对牛骨骼肌卫星细胞分化的影响研究[D]. 鲁明.东北农业大学 2013
[7]羊肌细胞生成素（MyoG）基因的克隆、表达及成肌活性研究[D]. 许峰.扬州大学 2011
本文编号：3336954
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3336954.html
