绵羊PHD2基因克
发布时间：2021-08-19 17:00
本试验以甘肃高山细毛羊、藏绵羊、滩羊、塔什库尔干羊、哈萨克羊和湖羊共6个绵羊群体为研究对象,克隆测定藏绵羊PHD2基因CDS序列并对其进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR技术检测PHD2基因mRNA在绵羊十二指肠等13个组织中的相对表达量。运用PCR-SSCP技术分析6个绵羊群体中PHD2基因的遗传多态性,以探讨藏绵羊PHD2基因遗传特异性,丰富藏绵羊高原低氧适应候选基因的研究基础数据。主要研究结果及结论如下:（1）本试验经克隆测序获得藏绵羊PHD2基因CDS序列,序列长2609bp,编码358个氨基酸残基;与Ensemble数据库中绵羊序列比对发现2个SNPs,均为同义突变。蛋白分子式为C1691H2674N496O514S12,分子量为38561.5,理论等电点（PI）为8.64。该蛋白由线粒体合成,为亲水性蛋白和稳定蛋白。预测分析发现藏绵羊PHD2蛋白无信号肽剪切位点和跨膜螺旋结构,存在两个低复杂度区域和三个结构域。该蛋白翻译后修饰的主要方式是磷酸化,在细胞内主要行翻译、氨基酸生物合成、中央中介代谢、调节功能、复制和转录和脂肪酸代谢作用,且以连接酶的形式在细胞内发挥底物合成...
【文章来源】：甘肃农业大学甘肃省
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Summary
第一章 文献综述
1 高原低氧适应性进化
1.1 生理生化、形态结构和细胞代谢等的适应性进化特征
1.2 分子水平适应进化
2 脯氨酸羟化酶概述
2.1 PHDs家族概述
2.2 PHDs的类型和分布
2.3 染色体定位及基因结构
2.4 PHDs家族的工作机制
2.5 PHDs家族的生物学功能
3 PHD2基因及其研究进展
3.1 PHD2基因的结构特点及表达调控
3.2 PHD2基因多态性和表达研究
3.3 PHD2基因在高原低氧适应中的研究进展
4 本研究的目的和意义
第二章 试验材料与研究方法
1 试验材料
1.1 血样、组织样采集
1.2 主要试剂、仪器设备和主要溶剂配制
2 试验方法
2.1 DNA的提取和检测
2.2 总RNA的提取和检测
2.3 cDNA合成
2.4 引物设计与扩增
2.5 扩增产物琼脂糖检测
2.6 扩增产物SSCP检测
2.7 基因克隆与测序
3 数据分析方法
3.1 生物信息学分析方法
3.2 实时荧光定量数据分析方法
3.3 基因多态性分析方法
第三章 结果与分析
1 藏绵羊PHD2基因生物信息学分析
1.1 藏绵羊PHD2基因PCR扩增结果
1.2 藏绵羊扩增序列比对
1.3 藏绵羊PHD2蛋白理化性质分析
1.4 亚细胞定位
1.5 信号肽剪切位点预测
1.6 跨膜螺旋结构预测
1.7 磷酸化和糖基化位点预测
1.8 保守结构域分析
1.9 亲疏水性分析
1.10 功能预测与分析
1.11 二级结构和三级结构预测分析
2 绵羊PHD2基因各组织表达差异
2.1 总RNA提取琼脂糖电泳质量检测
2.2 目的基因PCR产物琼脂糖电泳检测
2.3 目的基因RT-qPCR动力学曲线分析
2.4 目的基因RT-qPCR溶解曲线分析
2.5 目的基因在绵羊不同组织中的表达分析
3 绵羊PHD2基因多态性遗传特征
3.1 PCR扩增检测
3.2 SSCP检测
3.3 等位基因序列比对
3.4 群体遗传特性分析
第四章 讨论
1 藏绵羊PHD2基因生物信息学特征
2 绵羊PHD2基因mRNA表达差异
3 绵羊PHD2基因变异特征
第五章 结论
参考文献
附件
致谢
作者简介
导师简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]Expression and effect of proline hydroxylase domain 2 in retina of diabetic rats[J]. Zhen Li,Yi-Qiao Xing,Wei Cui,Qiang Lu. International Journal of Ophthalmology. 2016(03)
[2]肝细胞癌中脯氨酸羟化酶1、2、3的表达及其临床意义[J]. 林巧妹,王伟林. 中国老年学杂志. 2015(23)
[3]慢性高原病及高原健康人血清干细胞因子水平变化的研究[J]. 苏娟,柴克霞,李占全,崔森,冀林华,陈媛清,杨洁,秦雅婧. 高原医学杂志. 2015(03)
[4]eNOS和NADPH氧化酶在慢性缺氧条件下小鼠肺组织中表达关系的研究[J]. 吴西玲,杜立中,徐雪峰. 中国当代儿科杂志. 2015(09)
[5]高原动物的低氧适应性研究进展[J]. 董传豪,饶开晴,徐亚欧,于雷. 黑龙江畜牧兽医. 2015(17)
[6]世居不同高海拔藏族EGLN1多态与海拔水平的关联研究[J]. 王博洋,巴桑卓玛,李蕾,央拉,刘兰,崔超英,龚嘎兰孜,尼玛玉珍,多吉,王笑峰,金力. 复旦学报(自然科学版). 2015(04)
[7]ACE基因插入/缺失多态性与肾素-血管紧张素-醛固酮系统及相关心血管疾病的关系研究进展[J]. 于彦彦,董天葳,隋小芳,彭鹏,杨军. 中华临床医师杂志(电子版). 2015(07)
[8]藏驴的血液生理学特性研究[J]. 韩旭,万宝云,孔小艳,李济中,刘兴勇,王雪艳,江炎庭,杨舒黎,杨建发,严达伟. 经济动物学报. 2015(01)
[9]NOS在侧支血管生长中对血管VE-cadherin表达及通透性的影响[J]. 杨光,金春子. 中西医结合心血管病电子杂志. 2015(04)
[10]缺氧诱导因子1调控缺氧性肺动脉高压的研究进展[J]. 刘洪涛,曾艳,苟德明. 中华高血压杂志. 2014(07)
博士论文
[1]藏猪高海拔环境适应性分子机制探讨[D]. 董坤哲.中国农业科学院 2015
[2]鸡胚胎低氧适应表型及心脏组织差异表达基因鉴定[D]. 苟文钰.中国农业大学 2015
[3]ACE、HIF1AN、EGLN1基因多态性与急性高原病的相关性研究[D]. 张恩浩.第三军医大学 2015
[4]高原鼠兔对缺氧、寒冷极端高原环境适应的分子机制研究[D]. 白振忠.青海大学 2015
[5]低氧/低硒对肉鸡肺脏内皮素-1和其受体基因表达的影响[D]. 高建峰.华中农业大学 2014
[6]肌红蛋白在藏羚羊心肌和骨骼肌低氧适应中的作用[D]. 马兰.青海大学 2014
[7]藏族低氧适应与遗传多态性的相关性研究[D]. 李骞.北京协和医学院 2013
[8]NO/NOS在侧支血管生长中对血管VE-cadherin表达及通透性的影响[D]. 杨宝林.中南大学 2013
[9]PHD2对结肠癌细胞糖酵解活性的调控作用及分子机制研究[D]. 谢赣丰.第三军医大学 2012
[10]线粒体基因组与高原习服适应相关性的初步研究[D]. 罗勇军.第三军医大学 2008
硕士论文
[1]PHD2表达与胃癌性促纤维反应的相关性研究[D]. 简立辉.福建医科大学 2014
[2]缺氧诱导因子1α及其调控因子在缺氧性肺动脉高压新生大鼠肺组织的蛋白质表达研究[D]. 曹静.新疆医科大学 2014
[3]HIF-1α与脯氨酸羟化酶PHD1、PHD2、PHD3在肝细胞肝癌中的表达及其临床意义[D]. 林巧妹.浙江大学 2014
[4]EGLN1基因rs479200和rs480902位点多态性与藏族人群HGB关系的研究[D]. 吕坡.辽宁医学院 2013
本文编号：3351793
【文章来源】：甘肃农业大学甘肃省
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Summary
第一章 文献综述
1 高原低氧适应性进化
1.1 生理生化、形态结构和细胞代谢等的适应性进化特征
1.2 分子水平适应进化
2 脯氨酸羟化酶概述
2.1 PHDs家族概述
2.2 PHDs的类型和分布
2.3 染色体定位及基因结构
2.4 PHDs家族的工作机制
2.5 PHDs家族的生物学功能
3 PHD2基因及其研究进展
3.1 PHD2基因的结构特点及表达调控
3.2 PHD2基因多态性和表达研究
3.3 PHD2基因在高原低氧适应中的研究进展
4 本研究的目的和意义
第二章 试验材料与研究方法
1 试验材料
1.1 血样、组织样采集
1.2 主要试剂、仪器设备和主要溶剂配制
2 试验方法
2.1 DNA的提取和检测
2.2 总RNA的提取和检测
2.3 cDNA合成
2.4 引物设计与扩增
2.5 扩增产物琼脂糖检测
2.6 扩增产物SSCP检测
2.7 基因克隆与测序
3 数据分析方法
3.1 生物信息学分析方法
3.2 实时荧光定量数据分析方法
3.3 基因多态性分析方法
第三章 结果与分析
1 藏绵羊PHD2基因生物信息学分析
1.1 藏绵羊PHD2基因PCR扩增结果
1.2 藏绵羊扩增序列比对
1.3 藏绵羊PHD2蛋白理化性质分析
1.4 亚细胞定位
1.5 信号肽剪切位点预测
1.6 跨膜螺旋结构预测
1.7 磷酸化和糖基化位点预测
1.8 保守结构域分析
1.9 亲疏水性分析
1.10 功能预测与分析
1.11 二级结构和三级结构预测分析
2 绵羊PHD2基因各组织表达差异
2.1 总RNA提取琼脂糖电泳质量检测
2.2 目的基因PCR产物琼脂糖电泳检测
2.3 目的基因RT-qPCR动力学曲线分析
2.4 目的基因RT-qPCR溶解曲线分析
2.5 目的基因在绵羊不同组织中的表达分析
3 绵羊PHD2基因多态性遗传特征
3.1 PCR扩增检测
3.2 SSCP检测
3.3 等位基因序列比对
3.4 群体遗传特性分析
第四章 讨论
1 藏绵羊PHD2基因生物信息学特征
2 绵羊PHD2基因mRNA表达差异
3 绵羊PHD2基因变异特征
第五章 结论
参考文献
附件
致谢
作者简介
导师简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]Expression and effect of proline hydroxylase domain 2 in retina of diabetic rats[J]. Zhen Li,Yi-Qiao Xing,Wei Cui,Qiang Lu. International Journal of Ophthalmology. 2016(03)
[2]肝细胞癌中脯氨酸羟化酶1、2、3的表达及其临床意义[J]. 林巧妹,王伟林. 中国老年学杂志. 2015(23)
[3]慢性高原病及高原健康人血清干细胞因子水平变化的研究[J]. 苏娟,柴克霞,李占全,崔森,冀林华,陈媛清,杨洁,秦雅婧. 高原医学杂志. 2015(03)
[4]eNOS和NADPH氧化酶在慢性缺氧条件下小鼠肺组织中表达关系的研究[J]. 吴西玲,杜立中,徐雪峰. 中国当代儿科杂志. 2015(09)
[5]高原动物的低氧适应性研究进展[J]. 董传豪,饶开晴,徐亚欧,于雷. 黑龙江畜牧兽医. 2015(17)
[6]世居不同高海拔藏族EGLN1多态与海拔水平的关联研究[J]. 王博洋,巴桑卓玛,李蕾,央拉,刘兰,崔超英,龚嘎兰孜,尼玛玉珍,多吉,王笑峰,金力. 复旦学报(自然科学版). 2015(04)
[7]ACE基因插入/缺失多态性与肾素-血管紧张素-醛固酮系统及相关心血管疾病的关系研究进展[J]. 于彦彦,董天葳,隋小芳,彭鹏,杨军. 中华临床医师杂志(电子版). 2015(07)
[8]藏驴的血液生理学特性研究[J]. 韩旭,万宝云,孔小艳,李济中,刘兴勇,王雪艳,江炎庭,杨舒黎,杨建发,严达伟. 经济动物学报. 2015(01)
[9]NOS在侧支血管生长中对血管VE-cadherin表达及通透性的影响[J]. 杨光,金春子. 中西医结合心血管病电子杂志. 2015(04)
[10]缺氧诱导因子1调控缺氧性肺动脉高压的研究进展[J]. 刘洪涛,曾艳,苟德明. 中华高血压杂志. 2014(07)
博士论文
[1]藏猪高海拔环境适应性分子机制探讨[D]. 董坤哲.中国农业科学院 2015
[2]鸡胚胎低氧适应表型及心脏组织差异表达基因鉴定[D]. 苟文钰.中国农业大学 2015
[3]ACE、HIF1AN、EGLN1基因多态性与急性高原病的相关性研究[D]. 张恩浩.第三军医大学 2015
[4]高原鼠兔对缺氧、寒冷极端高原环境适应的分子机制研究[D]. 白振忠.青海大学 2015
[5]低氧/低硒对肉鸡肺脏内皮素-1和其受体基因表达的影响[D]. 高建峰.华中农业大学 2014
[6]肌红蛋白在藏羚羊心肌和骨骼肌低氧适应中的作用[D]. 马兰.青海大学 2014
[7]藏族低氧适应与遗传多态性的相关性研究[D]. 李骞.北京协和医学院 2013
[8]NO/NOS在侧支血管生长中对血管VE-cadherin表达及通透性的影响[D]. 杨宝林.中南大学 2013
[9]PHD2对结肠癌细胞糖酵解活性的调控作用及分子机制研究[D]. 谢赣丰.第三军医大学 2012
[10]线粒体基因组与高原习服适应相关性的初步研究[D]. 罗勇军.第三军医大学 2008
硕士论文
[1]PHD2表达与胃癌性促纤维反应的相关性研究[D]. 简立辉.福建医科大学 2014
[2]缺氧诱导因子1α及其调控因子在缺氧性肺动脉高压新生大鼠肺组织的蛋白质表达研究[D]. 曹静.新疆医科大学 2014
[3]HIF-1α与脯氨酸羟化酶PHD1、PHD2、PHD3在肝细胞肝癌中的表达及其临床意义[D]. 林巧妹.浙江大学 2014
[4]EGLN1基因rs479200和rs480902位点多态性与藏族人群HGB关系的研究[D]. 吕坡.辽宁医学院 2013
本文编号：3351793
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