槐猪与杜洛克猪背部皮下脂肪转录组分析
发布时间：2021-08-24 04:54
[目的]了解槐猪和杜洛克猪背部皮下脂肪组织脂肪沉积的分子机制差异。[方法]对槐猪和杜洛克猪背部皮下脂肪组织进行转录组测序,并进行生物信息学分析。[结果]槐猪和杜洛克猪分别获得37 858 968和37 545 394条干净读段（clean reads）。槐猪和杜洛克猪分别预测到9 612和9 457可变剪接事件;两猪种间共有709个差异表达基因,与杜洛克猪相比,槐猪有395个上调基因和314个下调基因。差异表达基因共归类到46个GO条目中,其中细胞组分11个、分子功能12个及生物学过程23个;显著富集的KEGG通路共计9个,其中含有与调节脂类代谢显著相关通路,如胰岛素信号通路和PPAR信号通路等。[结论]该研究可为今后研究脂肪沉积的遗传机理提供科学依据。
【文章来源】：安徽农业科学. 2020,48(24)
【文章页数】：3 页
【部分图文】：
可变剪切事件统计
该研究对槐猪和杜洛克猪背部皮下脂肪组织之间的差异表达基因进行GO功能分类和KEGG通路分析,有助于进一步了解差异表达基因的功能及基因产物在细胞代谢过程中的作用。KEGG通路反映蛋白质之间的互相作用关系,参与代谢通路的蛋白的表达量或者酶的活性改变都可以引起通路调节出现差异。该研究显著富集的通路中,发现一些与调节脂类代谢显著相关通路,如胰岛素信号通路和PPAR信号通路等,为进一步研究脂肪沉积的分子机制提供了一定的参考,后期将结合蛋白质功能试验(如基因敲除、转基因和RNA干扰等)进一步证实。表2 差异表达基因显著富集的9个通路Table 2 Enriched 9 pathways of DEGs 通路名称Pathway name 通路中有注释的差异表达基因数目Number of DEGs annotated in the pathway Q值 Q value 通路ID号ID number of pathways 补体系统Complement and coagulation cascades 32 0.00E+00 ko04610 药物代谢-细胞色素P450 Drug metabolism-cytochrome P450 21 3.40E-11 ko00982 视黄醇代谢Retinol metabolism 20 1.39E-10 ko00830 异生素细胞色素P450新陈代谢通路Metabolism of xenobiotics by cytochrome P450 17 5.88E-08 ko00980 PPAR信号通路 PPAR signaling pathway 12 8.10E-05 ko03320 甾类激素的生物合成Steroid hormone biosynthesis 22 2.38E-04 ko00140 胰岛素信号通路Insulin signaling pathway 11 3.02E-04 ko04910 淀粉和蔗糖代谢Starch and sucrose metabolism 13 4.33E-04 ko00500 糖酵解/糖异生Glycolysis / Gluconeogenesis 12 2.14E-03 ko00010
【参考文献】：
期刊论文
[1]北京油鸡和来航鸡脾脏差异表达基因的筛选与分析[J]. 耿立英,巩元芳,刘铮铸,张健,朱文进,赵书雨,张传生,李祥龙. 中国兽医学报. 2017(05)
硕士论文
[1]杨树溃疡病发生的水分生理效应及转录组分析[D]. 刘文鑫.河北农业大学 2015
[2]纹枯病菌对寄主侵染的选择性机制初步研究[D]. 费冰虹.四川农业大学 2015
本文编号：3359319
【文章来源】：安徽农业科学. 2020,48(24)
【文章页数】：3 页
【部分图文】：
可变剪切事件统计
该研究对槐猪和杜洛克猪背部皮下脂肪组织之间的差异表达基因进行GO功能分类和KEGG通路分析,有助于进一步了解差异表达基因的功能及基因产物在细胞代谢过程中的作用。KEGG通路反映蛋白质之间的互相作用关系,参与代谢通路的蛋白的表达量或者酶的活性改变都可以引起通路调节出现差异。该研究显著富集的通路中,发现一些与调节脂类代谢显著相关通路,如胰岛素信号通路和PPAR信号通路等,为进一步研究脂肪沉积的分子机制提供了一定的参考,后期将结合蛋白质功能试验(如基因敲除、转基因和RNA干扰等)进一步证实。表2 差异表达基因显著富集的9个通路Table 2 Enriched 9 pathways of DEGs 通路名称Pathway name 通路中有注释的差异表达基因数目Number of DEGs annotated in the pathway Q值 Q value 通路ID号ID number of pathways 补体系统Complement and coagulation cascades 32 0.00E+00 ko04610 药物代谢-细胞色素P450 Drug metabolism-cytochrome P450 21 3.40E-11 ko00982 视黄醇代谢Retinol metabolism 20 1.39E-10 ko00830 异生素细胞色素P450新陈代谢通路Metabolism of xenobiotics by cytochrome P450 17 5.88E-08 ko00980 PPAR信号通路 PPAR signaling pathway 12 8.10E-05 ko03320 甾类激素的生物合成Steroid hormone biosynthesis 22 2.38E-04 ko00140 胰岛素信号通路Insulin signaling pathway 11 3.02E-04 ko04910 淀粉和蔗糖代谢Starch and sucrose metabolism 13 4.33E-04 ko00500 糖酵解/糖异生Glycolysis / Gluconeogenesis 12 2.14E-03 ko00010
【参考文献】：
期刊论文
[1]北京油鸡和来航鸡脾脏差异表达基因的筛选与分析[J]. 耿立英,巩元芳,刘铮铸,张健,朱文进,赵书雨,张传生,李祥龙. 中国兽医学报. 2017(05)
硕士论文
[1]杨树溃疡病发生的水分生理效应及转录组分析[D]. 刘文鑫.河北农业大学 2015
[2]纹枯病菌对寄主侵染的选择性机制初步研究[D]. 费冰虹.四川农业大学 2015
本文编号：3359319
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