猪circRNAs的系统鉴定及特征分析

发布时间：2021-09-15 09:10

　　旨在系统鉴定猪基因组中的环状RNAs（circular RNAs, circRNAs）,并对其分子特征进行分析。本研究采集长白、通城和五指山猪16个发育阶段（妊娠33、40、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100和105 d的胚胎以及出生后0和10 d）9种不同组织（背最长肌、心、脾、肺、肝、肾、胃、小肠和腿肌）样品,提取RNA再进行等量混合,构建链特异性转录组文库后,利用Illumina Genome Analyzer II平台进行测序,共获得1.18亿条总reads。采用CIRI2软件鉴定circRNAs,再利用生物信息学工具对鉴定的circRNAs进行分子特征分析。结果,共鉴定了8 486条circRNAs,其主要分布在1、6和13号染色体,91%的circRNAs为外显子型,平均长度为350 nt,平均GC含量为47.11%,每条染色体上的circRNAs数目与mRNAs数目显著正相关(R=0.84,P=1.285×10^-5)。最后,筛选出3条与骨骼肌生长发育相关的circRNAs（sus-MYH2₀025... 

【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(12)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

circRNAs的鉴定与分布特征

circRNAs序列和蛋白编码基因的特征

circRNAs和mRNAs的GC含量比较


本文编号：3395804