三个地方品种鸡肌肉组织基因组DNA甲基化分析
发布时间：2021-09-19 01:10
DNA甲基化是在DNA甲基转移酶的催化下，将S-硫代腺苷甲硫氨酸中的甲基基团转移到胞嘧啶的第五个碳原子上，使DNA分子中碱基结合甲基的过程。DNA甲基化在基因表达、X染色体的失活、遗传印记、细胞分化、染色质结构维持、胚胎发育、癌症的发生和胚胎发育中扮演着重要角色。DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰，其功能主要是通过基因表达抑制来实现。显著的甲基化水平差异已经在不同组织中发现，并且在相同组织具有不同的功能。很多研究表明不同的甲基化水平可能与组织特异性转录和某些性状有关，并且对正常的分化和发育以及一些性状起到至关重要的作用。肉质性状是个复杂的性状，由多基因控制，因此控制肉质性状基因的甲基化水平的改变必然影响其表达，进而对肉质性状产生效应。DNA甲基化水平受到品种、性别、年龄、环境、饲养管理水平等诸多因素的影响，并且在时间和空间上存在差异表达。本研究采用荧光标记的甲基化敏感性扩增多态性技术对汶上芦花鸡9种组织基因组DNA甲基化水平进行了检测，共计检测到19,795个片段，其中非甲基化片段8,935个；半甲基化片段5,668个，全甲基化片段5,192个。半甲基化比率胸肌显著高于其他组织（P...
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：109 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
DNA甲基化示意图
DNA发生去甲基化，而另外50%的DNA处于半甲基化状态。有研究表MBD2具有去甲基的能力，认为MBD2就是一种去甲基化酶[19-21]。动去甲基化存在机制的可能有以下五种：（1）核苷酸外切修复机制G二核苷酸。（2）脱氨酶参与的碱基切除修复：5-mC脱氨变成胸腺入碱基切除修复途径。（3）DNA转葡糖基酶参与的碱基切除修复：直接去除。（4）水解去甲基化：水解胞嘧啶的甲基基团，使其以甲醇化去甲基化：发生氧化反应打开碳-碳键，直接去除甲基基团[22]。 甲基化转移酶的分类能和序列的同源性，真核生物DNA甲基化转移酶又分为4类：维持DT1或维持甲基化酶）、甲基化转移酶2（DNMT2）、从头甲基化酶（甲基化转移酶的家族成员结构如图2所示。
对照组用 Cy3 标记），然后与芯片杂交。芯片上每个探针的Cy5/Cy3 强度比例显示出该区域的甲基化程度。其原理和具体过程如图 3 所示。图3 免疫共沉淀分析基因组整体水平甲基化的原理和具体过程示意图3.1.6 基于二代测序平台的全基因组甲基化分析新一代测序仪的飞速发展使得全基因组甲基化测序的研究成为可能。近年来利用高通量测序相结合，绘制出了甲基化图谱。全基因组重亚硫酸盐测序（whole genome bisulfite sequencing）又称为“金标准”BS-seq 测序，它是基于二代测序平台的全基因组甲基化分析。其原理是首先用重亚硫酸盐对基因组 DNA 进行处理，将未发生甲基化的C 碱基转换成 U，进行 PCR 扩增后变成 T，与原本具有甲基化修饰的 C 碱基区分开来，再结合高通量测序技术，特别适用于绘制单碱基分辨率的全基因组 DNA 甲基化图谱。全基因组重亚硫酸盐测序成本比较高，而其中的甲基化 DNA 免疫共沉淀测序（MeDIP-seq）和简化的表观亚硫酸?
【参考文献】：
期刊论文
[1]Twin-Based DNA Methylation Analysis Takes the Center Stage of Studies of Human Complex Diseases[J]. Dongfeng Zhang~(a,*),Shuxia Li~b,Qihua Tan~(b,c),Zengchang Pang~(a,d) a Department of Public Health,Qingdao University Medical College,38 Dengzhou Street,Qingdao 266021,China b Institute of Clinical Research,Unit of Human Genetics,University of Southern Denmark,Sdr.Boulevard 29,Odense C DK-5000,Denmark c Epidemiology,Institute of Public Health,University of Southern Denmark,J.B.Winslows Vej 9b,Odense C DK-5000,Denmark d Qingdao Center for Disease Control and Prevention,175 Shandong Road,Qingdao 266033,China. 遗传学报. 2012(11)
[2]DNA甲基化及其生物学功能[J]. 沈秀平,林月霞,徐琪. 中国畜牧兽医. 2012(06)
[3]DNA去甲基化机制的研究进展[J]. 曹领改,张旸,蓝兴国,李玉花. 现代生物医学进展. 2012(01)
[4]DNA甲基化的研究进展[J]. 谢松松,王宝峰,周宗瑶. 现代生物医学进展. 2009(17)
[5]DNA甲基化与胚胎发育的研究进展[J]. 黄钧,蒋小青,蒋犁. 国外医学(妇产科学分册). 2007(01)
[6]DNA甲基化与细胞分化[J]. 付晓兰,李雪峰. 广西农业生物科学. 2006(S1)
[7]DNA甲基化研究方法的回顾与评价[J]. 顾婷婷,张忠明,郑鹏生. 中国妇幼健康研究. 2006(06)
[8]鸡H-FABP和A-FABP基因表达与肌内脂肪含量相关研究[J]. 李文娟,李宏宾,文杰,陈继兰,赵桂苹,郑麦青. 畜牧兽医学报. 2006(05)
[9]DNA甲基化及其生物学功能[J]. 宫时玉,蒋曹德,邓昌彦. 华中农业大学学报. 2005(06)
[10]DNA甲基化的分析与状态检测[J]. 朱燕. 现代预防医学. 2005(09)
本文编号：3400702
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：109 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
DNA甲基化示意图
DNA发生去甲基化，而另外50%的DNA处于半甲基化状态。有研究表MBD2具有去甲基的能力，认为MBD2就是一种去甲基化酶[19-21]。动去甲基化存在机制的可能有以下五种：（1）核苷酸外切修复机制G二核苷酸。（2）脱氨酶参与的碱基切除修复：5-mC脱氨变成胸腺入碱基切除修复途径。（3）DNA转葡糖基酶参与的碱基切除修复：直接去除。（4）水解去甲基化：水解胞嘧啶的甲基基团，使其以甲醇化去甲基化：发生氧化反应打开碳-碳键，直接去除甲基基团[22]。 甲基化转移酶的分类能和序列的同源性，真核生物DNA甲基化转移酶又分为4类：维持DT1或维持甲基化酶）、甲基化转移酶2（DNMT2）、从头甲基化酶（甲基化转移酶的家族成员结构如图2所示。
对照组用 Cy3 标记），然后与芯片杂交。芯片上每个探针的Cy5/Cy3 强度比例显示出该区域的甲基化程度。其原理和具体过程如图 3 所示。图3 免疫共沉淀分析基因组整体水平甲基化的原理和具体过程示意图3.1.6 基于二代测序平台的全基因组甲基化分析新一代测序仪的飞速发展使得全基因组甲基化测序的研究成为可能。近年来利用高通量测序相结合，绘制出了甲基化图谱。全基因组重亚硫酸盐测序（whole genome bisulfite sequencing）又称为“金标准”BS-seq 测序，它是基于二代测序平台的全基因组甲基化分析。其原理是首先用重亚硫酸盐对基因组 DNA 进行处理，将未发生甲基化的C 碱基转换成 U，进行 PCR 扩增后变成 T，与原本具有甲基化修饰的 C 碱基区分开来，再结合高通量测序技术，特别适用于绘制单碱基分辨率的全基因组 DNA 甲基化图谱。全基因组重亚硫酸盐测序成本比较高，而其中的甲基化 DNA 免疫共沉淀测序（MeDIP-seq）和简化的表观亚硫酸?
【参考文献】：
期刊论文
[1]Twin-Based DNA Methylation Analysis Takes the Center Stage of Studies of Human Complex Diseases[J]. Dongfeng Zhang~(a,*),Shuxia Li~b,Qihua Tan~(b,c),Zengchang Pang~(a,d) a Department of Public Health,Qingdao University Medical College,38 Dengzhou Street,Qingdao 266021,China b Institute of Clinical Research,Unit of Human Genetics,University of Southern Denmark,Sdr.Boulevard 29,Odense C DK-5000,Denmark c Epidemiology,Institute of Public Health,University of Southern Denmark,J.B.Winslows Vej 9b,Odense C DK-5000,Denmark d Qingdao Center for Disease Control and Prevention,175 Shandong Road,Qingdao 266033,China. 遗传学报. 2012(11)
[2]DNA甲基化及其生物学功能[J]. 沈秀平,林月霞,徐琪. 中国畜牧兽医. 2012(06)
[3]DNA去甲基化机制的研究进展[J]. 曹领改,张旸,蓝兴国,李玉花. 现代生物医学进展. 2012(01)
[4]DNA甲基化的研究进展[J]. 谢松松,王宝峰,周宗瑶. 现代生物医学进展. 2009(17)
[5]DNA甲基化与胚胎发育的研究进展[J]. 黄钧,蒋小青,蒋犁. 国外医学(妇产科学分册). 2007(01)
[6]DNA甲基化与细胞分化[J]. 付晓兰,李雪峰. 广西农业生物科学. 2006(S1)
[7]DNA甲基化研究方法的回顾与评价[J]. 顾婷婷,张忠明,郑鹏生. 中国妇幼健康研究. 2006(06)
[8]鸡H-FABP和A-FABP基因表达与肌内脂肪含量相关研究[J]. 李文娟,李宏宾,文杰,陈继兰,赵桂苹,郑麦青. 畜牧兽医学报. 2006(05)
[9]DNA甲基化及其生物学功能[J]. 宫时玉,蒋曹德,邓昌彦. 华中农业大学学报. 2005(06)
[10]DNA甲基化的分析与状态检测[J]. 朱燕. 现代预防医学. 2005(09)
本文编号：3400702
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