黑羽番鸭CAPN1基因的克隆及生物信息学分析

发布时间：2021-09-25 14:20

　　本实验旨在对黑羽番鸭CAPN1基因进行克隆和生物信息学分析,以期为改善番鸭肌肉嫩度提供参考。选取黑羽番鸭为研究对象,采集腿肌组织,提取RNA,反转录为cDNA,通过同源重组方法克隆CAPN1基因的编码区序列并进行生物信息学分析。结果显示:黑羽番鸭CAPN1基因编码区序列长度为2 148 bp,编码715个氨基酸;与鸭、鸡、雉鸡、人、猪、牛、绵羊、马的序列进行同源性比较,显示核苷酸序列的同源性分别为98.70%、87.29%、86.11%、81.89%、81.62%、81.18%、81.04%、81.27%,氨基酸序列的同源性分别为99.30%、91.47%、90.63%、83.22%、83.64%、83.10%、82.96%、83.36%。系统进化分析结果与传统分类学结果一致。理化性质分析表明CAPN1蛋白相对分子质量为81 368.72 ku,理论等电点为5.82,亮氨酸使用频率最高,组氨酸使用频率最低,属于稳定性、亲水性蛋白;存在2个跨膜螺旋区,无信号肽剪切位点,主要分布于细胞质中。修饰结构分析表明,该蛋白存在59个潜在的磷酸化位点,9个O-糖基化位点和3个N-糖基化位点;二级结构... 

【文章来源】：中国畜牧杂志. 2020,56(08)北大核心

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

PCR扩增CAPN1基因CDS区电泳结果

菌液PCR检测结果如图2所示，有2个菌落鉴定结果为阳性。将这2个菌落分别加入到5 mL含有氨苄青霉素的LB液体培养基中，37℃摇菌培养12 h，用于提质粒。将提取的质粒用Bam HI和HindIII进行双酶切后使用2%的琼脂糖凝胶电泳进行检测，结果如图3所示。由图3可知，1号和2号质粒经Bam HI和HindIII双酶切后，均形成了2 692 bp和2 148 bp 2个片段，检测结果为阳性。将菌液PCR鉴定和质粒酶切鉴定均为阳性的克隆，送北京擎科生物公司进行测序。

将这2个菌落分别加入到5 mL含有氨苄青霉素的LB液体培养基中，37℃摇菌培养12 h，用于提质粒。将提取的质粒用Bam HI和HindIII进行双酶切后使用2%的琼脂糖凝胶电泳进行检测，结果如图3所示。由图3可知，1号和2号质粒经Bam HI和HindIII双酶切后，均形成了2 692 bp和2 148 bp 2个片段，检测结果为阳性。将菌液PCR鉴定和质粒酶切鉴定均为阳性的克隆，送北京擎科生物公司进行测序。2.2 生物信息学分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]广灵驴CAPN1基因克隆、生物信息学分析及表达研究[J]. 赵婧微,孙瑜彤,李武峰.  中国畜牧兽医. 2020(03)
[2]羊肌内脂肪含量分子标记及其在肉羊品种培育中的应用[J]. 刘学峰,李信涛,佟桂芝,朱贵,王伟霞,海龙.  黑龙江动物繁殖. 2020(01)
[3]生物信息学分析人MEPE蛋白的结构与功能[J]. 黄燕,李钰娜,任晨霞,汪君梅,黄轩艺,宋丽华.  化学教育(中英文). 2019(10)
[4]散养黄羽肉鸡CAPN1、H-FABP基因表达的发育性变化及其肌内脂肪含量的研究[J]. 朱梦婷,解一凡,王晓路,赵宗胜.  中国畜牧兽医. 2019(05)
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[7]蛋白质糖基化修饰的研究进展[J]. 王晓龙,王秀然,卢天成.  基因组学与应用生物学. 2017(10)
[8]蛋白质的二级结构预测研究进展[J]. 唐媛,李春花,张瑗,尚进,邹凌云,李立奇.  现代生物医学进展. 2013(26)
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[10]蛋白质翻译后修饰研究进展[J]. 胡笳,郭燕婷,李艳梅.  科学通报. 2005(11)

博士论文
[1]蛋白质修饰位点的通用计算机预测方法[D]. 王绍鹏.上海大学 2018
[2]鲤钙蛋白酶基因家族克隆表达及与肌肉质构相关性研究[D]. 陈伟兴.哈尔滨工业大学 2016
[3]鸡CAPN1、CAPN2、CAPN3和CAST基因的克隆、表达及其在肉质中的遗传效应分析[D]. 张增荣.四川农业大学 2009
[4]家猪、野猪CAPN家族4个基因的克隆、表达模式和多态性研究[D]. 杨秀芹.东北农业大学 2007

硕士论文
[1]蛋白序列分析模型在膜蛋白跨膜区预测中的应用[D]. 柏雨生.浙江理工大学 2015
[2]山羊CAPN1基因和CAST基因Ⅱ型转录本克隆及在不同组织中的表达[D]. 赵伯阳.四川农业大学 2011
[3]牦牛钙激活中性蛋白酶大亚基基因cDNA的克隆与测序分析[D]. 蔡欣.甘肃农业大学 2003



本文编号：3409892