湖南地区猪捷申病毒和猪萨佩罗病毒的分子流行病学和基因特性研究
发布时间：2021-09-28 23:08
猪捷申病毒（porcine teschovirus,PTV）和猪萨佩罗病毒（porcine sapelovirus,PSV）同属于小RNA病毒科,分别属于捷申病毒属和萨佩罗病毒属,在猪群中存在广泛,感染PTV或PSV能导致猪的腹泻、呼吸道疾病、脑脊髓灰质炎等,甚至死亡。为了解湖南省猪群中PTV和PSV的感染情况以及流行毒株的分子特征,我们建立了分别用于检测PTV和PSV的RT-PCR方法,应用这两种方法对其他常见的猪病毒性病原的DNA或cDNA进行PCR扩增均无特异性条带出现,证明其具有强的特异性;PTV-RT-PCR方法最低能够检测到36.4 copies/μL的含PTV目的片段的质粒DNA,PSV-RT-PCR方法最低能够检测到58.9 copies/μL的含PSV目的片段的质粒DNA,从而证明了这两种RT-PCR方法的敏感性高。2014年2017年,从湖南省的42个猪场共采集了460份粪便样品和118份肠道内容物样品,应用PTV-RT-PCR方法对猪群中PTV的感染情况进行调查后发现猪群感染PTV的总体阳性率达到14.88%,其中在保育阶段（16.44%）和...
【文章来源】：湖南农业大学湖南省
【文章页数】：118 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
PTV和PSV单重RT-PCR重复性试验
图 2-2 PTV和 PSV单重 RT-PCR 特异性试验Fig. 2-2 Specificity for the simplex PTV/PSV-RT-PCR methods2.3.3 PTV和 PSV单重 RT-PCR敏感性试验通过 ND2000 超微量核酸蛋白测定仪对含 PTV，PSV 目的片段的重组质粒进行核酸浓度的测定，含 PTV，PSV 目的片段重组质粒的核酸浓度分别是119.8 ng/μL，190.6 ng/μL，应用 PTV 单重 RT-PCR 方法检测的质粒最高稀释倍数为 107，敏感性达到 36.4 copies/μL，而应用 PSV 单重 RT-PCR 方法检测的质粒最高稀释倍数为 107，敏感性达到 58.9 copies/μL（图 2-3），从而证明建立的这两种 RT-PCR 方法的敏感性高。1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 M 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 M
34PTV 毒株之间的进化关系的构建利用 MEGA 6.06 软件的 Maximum Likelihood 方法，模型选择为 Poisson +Gamma distributed with Invariant sites (G+I)。通过 bootstrap 值（重复次数 1000）计算出的与病毒聚簇相关的复制比例在靠近每个树的分支的位置上展示（仅显示大于 70%的值）。标尺表示每个位点的氨基酸替换，本研究中鉴定出的 PTV毒株用三角形符号表示。图 3-1 根据 VP1 基因的氨基酸序列构建的 PTV毒株之间的进化关系Fig. 3-1 Evolutionary PTV relationships based on the deduced amino acid sequences of the VP1 gene.
本文编号：3412710
【文章来源】：湖南农业大学湖南省
【文章页数】：118 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
PTV和PSV单重RT-PCR重复性试验
图 2-2 PTV和 PSV单重 RT-PCR 特异性试验Fig. 2-2 Specificity for the simplex PTV/PSV-RT-PCR methods2.3.3 PTV和 PSV单重 RT-PCR敏感性试验通过 ND2000 超微量核酸蛋白测定仪对含 PTV，PSV 目的片段的重组质粒进行核酸浓度的测定，含 PTV，PSV 目的片段重组质粒的核酸浓度分别是119.8 ng/μL，190.6 ng/μL，应用 PTV 单重 RT-PCR 方法检测的质粒最高稀释倍数为 107，敏感性达到 36.4 copies/μL，而应用 PSV 单重 RT-PCR 方法检测的质粒最高稀释倍数为 107，敏感性达到 58.9 copies/μL（图 2-3），从而证明建立的这两种 RT-PCR 方法的敏感性高。1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 M 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 M
34PTV 毒株之间的进化关系的构建利用 MEGA 6.06 软件的 Maximum Likelihood 方法，模型选择为 Poisson +Gamma distributed with Invariant sites (G+I)。通过 bootstrap 值（重复次数 1000）计算出的与病毒聚簇相关的复制比例在靠近每个树的分支的位置上展示（仅显示大于 70%的值）。标尺表示每个位点的氨基酸替换，本研究中鉴定出的 PTV毒株用三角形符号表示。图 3-1 根据 VP1 基因的氨基酸序列构建的 PTV毒株之间的进化关系Fig. 3-1 Evolutionary PTV relationships based on the deduced amino acid sequences of the VP1 gene.
本文编号：3412710
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