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青海高原牦牛PRDM1基因克隆及生物信息学与差异表达分析

发布时间:2021-09-30 12:35
  以青海高原牦牛淋巴结,90日龄胎儿头部皮肤,牦牛精子以及西门塔尔牛精子为材料,通过RT-PCR克隆了包含PRDM1基因编码区的cDNA序列。将克隆获得的青海高原牦牛PRDM1基因的cDNA与黄牛相应序列进行比对,对青海高原牦牛PRDM1蛋白与其他物种PRDM1蛋白进行序列比对和进化树分析,对青海高原牦牛PRDM1蛋白的特性和结构进行预测。荧光定量检测青海高原牦牛淋巴结,90日龄胎儿头部皮肤,牦牛精子以及西门塔尔牛精子中PRDM1基因mRNA表达量。结果显示,克隆获得青海高原牦牛PRDM1基因该部分cDNA片段长度为761bp,其中PRDM1基因编码区长741bp,编码246个氨基酸;序列分析显示,克隆获得的牦牛cDNA序列与黄牛该序列存在3个碱基的变异;青海高原牦牛PRDM1蛋白与黄牛、野牦牛、绵羊、马相应序列同源性分别是99.0%,99.0%,97.0%,92.0%;各物种PRDM1蛋白进化树符合物种进化规律。包含卷曲螺旋等典型结构域,人甲基转移酶蛋白结构域PR蛋白1具有94%的相似性,人甲基转移酶蛋白结构域PR蛋白10具有36%的相似性,具有SET结构域活性。青海高原牦牛PRDM1... 

【文章来源】:中国兽医学报. 2017,37(04)北大核心CSCD

【文章页数】:6 页

【部分图文】:

青海高原牦牛PRDM1基因克隆及生物信息学与差异表达分析


图1青海高原牦牛PRDM1基因PCR扩增产物电泳图M.DL2000DNAMarker;1~5.PRDM1基因

牦牛,青海高原,核苷酸序列分析,基因


后得到预期761bp长片段。克隆所得青海高原牦牛PRDM1与黄牛PRDM1(登录号:NM_001192936.1)mRNA序列进行同源性分析比对,存在3个碱基突变,该cDNA片段位置10T>G,青海高原牦牛在黄牛该cDNA片段位置10与11之间增加1个G,755与756之间增加1个C(图2)。图1青海高原牦牛PRDM1基因PCR扩增产物电泳图M.DL2000DNAMarker;1~5.PRDM1基因图2青海高原牦牛PRDM1基因部分CDS区核苷酸序列同源性分析2.2核苷酸序列分析结果使用NCBIORFFind-er对克隆得到的牦牛PRDM1基因序列进行开放阅读框分析,得知本片段含有1个长为741bp的开放阅读框,编码246个氨基酸,起始密码子为ATG(图3)。用BLAST对不同物种PRDM1基因的核748中国兽医学报2017年4月第37卷第4期ChinJVetSciApr.2017Vol.37No.4

序列,基因编码区,序列


901607.1)、绵羊(XM_012182705.1)、马(XM_001501824.3)相应序列同源性分别是99.0%,99.0%,97.0%,92.0%。图3PRDM1基因部分编码区编码的氨基酸2.3青海高原牦牛PRDM1基因发育树应用Mega6.0软件中的NJ法构建生物进化树。构建完成发育树后发现,克隆得到的青海高原牦牛PRDM1片段与黄牛PRDM1基因归为一类,藏羚羊、山羊与绵羊归为一类,人与小鼠归为一类(图4)。图4基于PRDM1基因编码区序列构建的发育树2.3氨基酸序列2.3.1理化性质利用ProtParam软件分析牦牛PRDM1基因编码蛋白的基本理化性质,该蛋白相对分子质量为27195.5,理论等电点为11.8。含有20种氨基酸,其中含量最高的分别是Ala(19.9%)和Thr(14.5%),含量最低的是Trp(1.0%)(表2);含有负电荷的残基为8个,正电荷残基39个;分子形式C1197H1940N370O331S12,相对分子质量3850,其水溶液在280nm处的消光系数为43345,肽链N末端为C(Cys)。该蛋白不稳定系数为53.2,属于不稳定蛋白。该蛋白脂溶指数和总平均疏水指数分别为67.1,-0.507。表2PRDM1基因编码蛋白氨基酸含量%序号氨基酸含量1丙氨酸(Ala)5.02精氨酸(Arg)12.03天冬酰胺(Asn)2.54天冬氨酸(Asp)0.45半胱氨酸(Cys

【参考文献】:
期刊论文
[1]中国牦牛业发展现状及对策分析[J]. 郭宪,阎萍,梁春年,裴杰,曾玉峰,包鹏甲.  中国牛业科学. 2009(02)



本文编号:3415875

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