青海高原牦牛PRDM1基因克隆及生物信息学与差异表达分析
发布时间：2021-09-30 12:35
以青海高原牦牛淋巴结,90日龄胎儿头部皮肤,牦牛精子以及西门塔尔牛精子为材料,通过RT-PCR克隆了包含PRDM1基因编码区的cDNA序列。将克隆获得的青海高原牦牛PRDM1基因的cDNA与黄牛相应序列进行比对,对青海高原牦牛PRDM1蛋白与其他物种PRDM1蛋白进行序列比对和进化树分析,对青海高原牦牛PRDM1蛋白的特性和结构进行预测。荧光定量检测青海高原牦牛淋巴结,90日龄胎儿头部皮肤,牦牛精子以及西门塔尔牛精子中PRDM1基因mRNA表达量。结果显示,克隆获得青海高原牦牛PRDM1基因该部分cDNA片段长度为761bp,其中PRDM1基因编码区长741bp,编码246个氨基酸;序列分析显示,克隆获得的牦牛cDNA序列与黄牛该序列存在3个碱基的变异;青海高原牦牛PRDM1蛋白与黄牛、野牦牛、绵羊、马相应序列同源性分别是99.0%,99.0%,97.0%,92.0%;各物种PRDM1蛋白进化树符合物种进化规律。包含卷曲螺旋等典型结构域,人甲基转移酶蛋白结构域PR蛋白1具有94%的相似性,人甲基转移酶蛋白结构域PR蛋白10具有36%的相似性,具有SET结构域活性。青海高原牦牛PRDM1...
【文章来源】：中国兽医学报. 2017,37(04)北大核心CSCD
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
图１青海高原牦牛ＰＲＤＭ１基因ＰＣＲ扩增产物电泳图Ｍ．ＤＬ２０００ＤＮＡＭａｒｋｅｒ；１～５．ＰＲＤＭ１基因
后得到预期７６１ｂｐ长片段。克隆所得青海高原牦牛ＰＲＤＭ１与黄牛ＰＲＤＭ１（登录号：ＮＭ＿００１１９２９３６．１）ｍＲＮＡ序列进行同源性分析比对，存在３个碱基突变，该ｃＤＮＡ片段位置１０Ｔ＞Ｇ，青海高原牦牛在黄牛该ｃＤＮＡ片段位置１０与１１之间增加１个Ｇ，７５５与７５６之间增加１个Ｃ（图２）。图１青海高原牦牛ＰＲＤＭ１基因ＰＣＲ扩增产物电泳图Ｍ．ＤＬ２０００ＤＮＡＭａｒｋｅｒ；１～５．ＰＲＤＭ１基因图２青海高原牦牛ＰＲＤＭ１基因部分ＣＤＳ区核苷酸序列同源性分析２．２核苷酸序列分析结果使用ＮＣＢＩＯＲＦＦｉｎｄ－ｅｒ对克隆得到的牦牛ＰＲＤＭ１基因序列进行开放阅读框分析，得知本片段含有１个长为７４１ｂｐ的开放阅读框，编码２４６个氨基酸，起始密码子为ＡＴＧ（图３）。用ＢＬＡＳＴ对不同物种ＰＲＤＭ１基因的核７４８中国兽医学报２０１７年４月第３７卷第４期ＣｈｉｎＪＶｅｔＳｃｉＡｐｒ．２０１７Ｖｏｌ．３７Ｎｏ．４
９０１６０７．１）、绵羊（ＸＭ＿０１２１８２７０５．１）、马（ＸＭ＿００１５０１８２４．３）相应序列同源性分别是９９．０％，９９．０％，９７．０％，９２．０％。图３ＰＲＤＭ１基因部分编码区编码的氨基酸２．３青海高原牦牛ＰＲＤＭ１基因发育树应用Ｍｅｇａ６．０软件中的ＮＪ法构建生物进化树。构建完成发育树后发现，克隆得到的青海高原牦牛ＰＲＤＭ１片段与黄牛ＰＲＤＭ１基因归为一类，藏羚羊、山羊与绵羊归为一类，人与小鼠归为一类（图４）。图４基于ＰＲＤＭ１基因编码区序列构建的发育树２．３氨基酸序列２．３．１理化性质利用ＰｒｏｔＰａｒａｍ软件分析牦牛ＰＲＤＭ１基因编码蛋白的基本理化性质，该蛋白相对分子质量为２７１９５．５，理论等电点为１１．８。含有２０种氨基酸，其中含量最高的分别是Ａｌａ（１９．９％）和Ｔｈｒ（１４．５％），含量最低的是Ｔｒｐ（１．０％）（表２）；含有负电荷的残基为８个，正电荷残基３９个；分子形式Ｃ１１９７Ｈ１９４０Ｎ３７０Ｏ３３１Ｓ１２，相对分子质量３８５０，其水溶液在２８０ｎｍ处的消光系数为４３３４５，肽链Ｎ末端为Ｃ（Ｃｙｓ）。该蛋白不稳定系数为５３．２，属于不稳定蛋白。该蛋白脂溶指数和总平均疏水指数分别为６７．１，－０．５０７。表２ＰＲＤＭ１基因编码蛋白氨基酸含量％序号氨基酸含量１丙氨酸（Ａｌａ）５．０２精氨酸（Ａｒｇ）１２．０３天冬酰胺（Ａｓｎ）２．５４天冬氨酸（Ａｓｐ）０．４５半胱氨酸（Ｃｙｓ
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国牦牛业发展现状及对策分析[J]. 郭宪,阎萍,梁春年,裴杰,曾玉峰,包鹏甲. 中国牛业科学. 2009(02)
本文编号：3415875
【文章来源】：中国兽医学报. 2017,37(04)北大核心CSCD
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
图１青海高原牦牛ＰＲＤＭ１基因ＰＣＲ扩增产物电泳图Ｍ．ＤＬ２０００ＤＮＡＭａｒｋｅｒ；１～５．ＰＲＤＭ１基因
后得到预期７６１ｂｐ长片段。克隆所得青海高原牦牛ＰＲＤＭ１与黄牛ＰＲＤＭ１（登录号：ＮＭ＿００１１９２９３６．１）ｍＲＮＡ序列进行同源性分析比对，存在３个碱基突变，该ｃＤＮＡ片段位置１０Ｔ＞Ｇ，青海高原牦牛在黄牛该ｃＤＮＡ片段位置１０与１１之间增加１个Ｇ，７５５与７５６之间增加１个Ｃ（图２）。图１青海高原牦牛ＰＲＤＭ１基因ＰＣＲ扩增产物电泳图Ｍ．ＤＬ２０００ＤＮＡＭａｒｋｅｒ；１～５．ＰＲＤＭ１基因图２青海高原牦牛ＰＲＤＭ１基因部分ＣＤＳ区核苷酸序列同源性分析２．２核苷酸序列分析结果使用ＮＣＢＩＯＲＦＦｉｎｄ－ｅｒ对克隆得到的牦牛ＰＲＤＭ１基因序列进行开放阅读框分析，得知本片段含有１个长为７４１ｂｐ的开放阅读框，编码２４６个氨基酸，起始密码子为ＡＴＧ（图３）。用ＢＬＡＳＴ对不同物种ＰＲＤＭ１基因的核７４８中国兽医学报２０１７年４月第３７卷第４期ＣｈｉｎＪＶｅｔＳｃｉＡｐｒ．２０１７Ｖｏｌ．３７Ｎｏ．４
９０１６０７．１）、绵羊（ＸＭ＿０１２１８２７０５．１）、马（ＸＭ＿００１５０１８２４．３）相应序列同源性分别是９９．０％，９９．０％，９７．０％，９２．０％。图３ＰＲＤＭ１基因部分编码区编码的氨基酸２．３青海高原牦牛ＰＲＤＭ１基因发育树应用Ｍｅｇａ６．０软件中的ＮＪ法构建生物进化树。构建完成发育树后发现，克隆得到的青海高原牦牛ＰＲＤＭ１片段与黄牛ＰＲＤＭ１基因归为一类，藏羚羊、山羊与绵羊归为一类，人与小鼠归为一类（图４）。图４基于ＰＲＤＭ１基因编码区序列构建的发育树２．３氨基酸序列２．３．１理化性质利用ＰｒｏｔＰａｒａｍ软件分析牦牛ＰＲＤＭ１基因编码蛋白的基本理化性质，该蛋白相对分子质量为２７１９５．５，理论等电点为１１．８。含有２０种氨基酸，其中含量最高的分别是Ａｌａ（１９．９％）和Ｔｈｒ（１４．５％），含量最低的是Ｔｒｐ（１．０％）（表２）；含有负电荷的残基为８个，正电荷残基３９个；分子形式Ｃ１１９７Ｈ１９４０Ｎ３７０Ｏ３３１Ｓ１２，相对分子质量３８５０，其水溶液在２８０ｎｍ处的消光系数为４３３４５，肽链Ｎ末端为Ｃ（Ｃｙｓ）。该蛋白不稳定系数为５３．２，属于不稳定蛋白。该蛋白脂溶指数和总平均疏水指数分别为６７．１，－０．５０７。表２ＰＲＤＭ１基因编码蛋白氨基酸含量％序号氨基酸含量１丙氨酸（Ａｌａ）５．０２精氨酸（Ａｒｇ）１２．０３天冬酰胺（Ａｓｎ）２．５４天冬氨酸（Ａｓｐ）０．４５半胱氨酸（Ｃｙｓ
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国牦牛业发展现状及对策分析[J]. 郭宪,阎萍,梁春年,裴杰,曾玉峰,包鹏甲. 中国牛业科学. 2009(02)
本文编号：3415875
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3415875.html
