基于RAD-seq简化基因组测序的金湖乌凤鸡遗传进化研究

发布时间：2021-10-05 07:01

　　利用RAD-seq简化基因组测序鉴定金湖乌凤鸡与其它18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析金湖乌凤鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因.结果表明,在金湖乌凤鸡中鉴定出SNP标记325 531个,SNP标记在染色体上均匀分布.金湖乌凤鸡的观察杂合度H_o为0.213 6、核苷酸多样度P_i为0.240 4,近交系数F_is为0.111 6,与其它18个地方鸡种相比遗传多样性较为丰富;金湖乌凤鸡的平均遗传分化系数F_st为0.155 6,平均基因流N_m为1.398 2,在系统发育树中形成一个相对独立的分支.通过F_st和θ_π检验,在金湖乌凤鸡中发现23个受选择区域,包含104个受选择基因,功能分析表明这些受选择基因主要富集在代谢过程、发育过程、细胞信号转导等生物学通路. 

【文章来源】：福建农林大学学报(自然科学版). 2020,49(02)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

金湖乌凤鸡及其它鸡种的UPGMA聚类

结合核苷酸多样度θπ比率和遗传分化系数Fst的选择信号分析发现23个染色体区域受到选择,104个受选择基因.功能分析结果表明,整体上,受选择基因主要富集在代谢过程、发育过程、细胞信号传导和刺激响应等生物学通路(图2).其中,与黑色素沉积(TFAP2C、GDNF、MC1R、EDN3、TBX1、GLI3、GNAQ、MEF2C)、辐射响应(ERCC8、PRKAA1)、就巢行为(PRLR、CYP24A1、VIPR-1)、皮肤发育(THBS4、THAP1、DHCR24)及抗病力(PDE4D、NFATC2、TNFAIP8)相关的基因显示出强烈选择信号.3 讨论

【参考文献】：
期刊论文
[1]华东地区地方鸡品种mtDNA控制区遗传多样性[J]. 贾晓旭,唐修君,樊艳凤,陆俊贤,黄胜海,葛庆联,高玉时,韩威.  生物多样性. 2017(05)
[2]应用微卫星标记对12个中国地方乌骨鸡品种遗传多样性的研究[J]. 汤青萍,陈宽维,李慧芳,章双杰,赵东伟.  畜牧兽医学报. 2005(08)
[3]MC1R是控制鸡黑色素形成的候选主效基因[J]. 杨永升,邓学梅,李宁,傅衍,朱睦元,吴常信.  生物化学与生物物理进展. 2004(06)

博士论文
[1]鸡黑色素过度沉积性状基因的定位与候选基因的表达分析研究[D]. 田明.中国农业大学 2013



本文编号：3419233