SLA复合体的微卫星遗传多样性及与免疫性状的关联
发布时间：2021-10-06 22:03
本试验选用SLA复合体区域17个微卫星位点,探究了猪地方群体遗传多态性,包括莱芜猪、蓝塘猪、小梅山猪、宁乡猪、淮南猪、圩猪和陆川猪7个品种；并筛选了12对微卫星引物对杜洛克×二花脸F2资源群体进行了多态性检测,且与80天血液免疫指标做的关联分析,通过计算等位基因数、遗传杂合度和多态信息含量等指标来衡量群体内SLA的遗传多态性,并运用遗传的距离和群体的结构等分析了群体间的遗传变异,利用R语言GLM模型与免疫指标做了关联分析,结果如下：1.共检测了7个地方猪品种SLA复合体内17个微卫星座位一共228个个体的遗传多样性。在总体群中总计检测到了73个等位基因,7个地方品种所有座位平均10.18个等位基因,7个地方品种每个座位平均4.82个。2.发现了莱芜猪中SLAMS034、SLAMS045和SLAMS056三个座位多态性较低,小梅山猪中SLAMS016、SLAMS034和SLAMS035多态性较低,宁乡猪中SLAMS056多态性较低,淮南猪中SLAMS052和SLAMS098两个座位多态性较低以及圩猪中SLAMS056多态性较低,其余座位均表现较好的多态性。从7个群体水平总体来看,观测杂合...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：60 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1 前言
1.1 研究问题的由来
1.2 SLA复合体基本概况
1.3 微卫星DNA简介及其突变机制
1.4 家畜遗传多样性的评估方法
1.5 SLA复合体多样性的研究概况与进展
1.6 SLA复合体与免疫性状的关联
1.6.1 SLA与疾病抗性和免疫性状的关系
1.6.2 SLA复合体在免疫抗病与育种中的应用
1.7 本研究的目的与意义
2 试验材料与方法
2.1 试验材料
2.1.1 试验动物及免疫指标
2.1.2 主要仪器设备
2.1.3 主要试验试剂
2.1.4 微卫星引物
2.1.5 主要分子生物学软件和数据库
2.2 试验方法
2.2.1 本研究的技术路线
2.2.2 DNA提取
2.2.3 PCR反应体系和反应条件
2.2.4 主要的数学指标
3 结果
3.1 PCR产物及峰形图
3.1.1 PCR扩增与产物检测
3.1.2 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳银染检测
3.1.3 ABI3730测序检测
3.2 十七个微卫星标记多态性分析
3.2.1 检测等位基因数
3.2.2 品种内SLA复合体微卫星多态性
3.3 七个地方品种猪遗传多态性比较及资源群体遗传多样性
3.3.1 固定指数
3.3.2 地方猪群体聚类分析及群体结构和遗传混合分析
3.3.2.1 地方猪群体聚类分析
3.3.2.2 群体结构和遗传混合分析
3.3.3 F2资源群体SLA复合体微卫星多态性
3.4 SLA复合体微卫星与免疫性状的关联分析
4 讨论
4.1 关于微卫星位点多态性检测方法的选择的讨论
4.2 关于微卫星标记缺陷引起的问题以及引入第三条荧光前缀引物检测技术的讨论
4.3 群体内遗传多样性的讨论
4.4 群体间的遗传变异的讨论
4.4.1 群体分化系数
4.4.2 群体间遗传距离的群体间聚类
4.4.3 群体结构分析
4.5 杂交家系资源群体多态性及与免疫性状关联的讨论
5 小结
5.1 本研究所获得的成果
5.2 本研究的创新点
5.3 下一步值得研究的问题
参考文献
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国部分汉族人群362种HLA单倍型的家系调查及重组单倍型分析[J]. 高素青,程曦,李茜,李玉珠,邓志辉. 中国实验血液学杂志. 2009(03)
[2]猪生物医学模型研究进展[J]. 王芳,牛冬,余旭平,傅衍. 动物医学进展. 2009(04)
[3]类猪圆环病毒因子P1感染对猪红细胞的影响[J]. 温立斌,何孔旺,杨汉春,倪艳秀,张雪寒,俞正玉,茅爱华. 内蒙古农业科技. 2009(02)
[4]小型猪动脉粥样硬化模型[J]. 陈华. 中国实验动物学报. 2008(05)
[5]猪SLAⅡ类基因多态性及其与抗病性状关联的研究进展[J]. 姚金梅,连林生. 中国畜牧兽医. 2008(10)
[6]猪生物医学模型的基因组学研究进展[J]. 史惠,余钗,Joan K. Lunney. 国外畜牧学(猪与禽). 2008(03)
[7]小型猪牙周感染与动脉粥样硬化复合模型的建立[J]. 丁鳌,王晓燕,唐昊喆,王勤涛. 牙体牙髓牙周病学杂志. 2008(04)
[8]SLAⅠ类基因研究新进展[J]. 陶璇,李华,李学伟,于辉,左启祯. 遗传. 2007(11)
[9]人类白细胞抗原分型技术的进展[J]. 王振雷,何路军,张飒,刘艳平,乔芳. 中国组织工程研究与临床康复. 2007(37)
[10]杜洛克、长白和大约克夏纯种猪微卫星多态性分析[J]. 赵振华,贾青,墨锋涛,锡建中,康峰,宁立娜. 江苏农业学报. 2007(02)
本文编号：3420825
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：60 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1 前言
1.1 研究问题的由来
1.2 SLA复合体基本概况
1.3 微卫星DNA简介及其突变机制
1.4 家畜遗传多样性的评估方法
1.5 SLA复合体多样性的研究概况与进展
1.6 SLA复合体与免疫性状的关联
1.6.1 SLA与疾病抗性和免疫性状的关系
1.6.2 SLA复合体在免疫抗病与育种中的应用
1.7 本研究的目的与意义
2 试验材料与方法
2.1 试验材料
2.1.1 试验动物及免疫指标
2.1.2 主要仪器设备
2.1.3 主要试验试剂
2.1.4 微卫星引物
2.1.5 主要分子生物学软件和数据库
2.2 试验方法
2.2.1 本研究的技术路线
2.2.2 DNA提取
2.2.3 PCR反应体系和反应条件
2.2.4 主要的数学指标
3 结果
3.1 PCR产物及峰形图
3.1.1 PCR扩增与产物检测
3.1.2 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳银染检测
3.1.3 ABI3730测序检测
3.2 十七个微卫星标记多态性分析
3.2.1 检测等位基因数
3.2.2 品种内SLA复合体微卫星多态性
3.3 七个地方品种猪遗传多态性比较及资源群体遗传多样性
3.3.1 固定指数
3.3.2 地方猪群体聚类分析及群体结构和遗传混合分析
3.3.2.1 地方猪群体聚类分析
3.3.2.2 群体结构和遗传混合分析
3.3.3 F2资源群体SLA复合体微卫星多态性
3.4 SLA复合体微卫星与免疫性状的关联分析
4 讨论
4.1 关于微卫星位点多态性检测方法的选择的讨论
4.2 关于微卫星标记缺陷引起的问题以及引入第三条荧光前缀引物检测技术的讨论
4.3 群体内遗传多样性的讨论
4.4 群体间的遗传变异的讨论
4.4.1 群体分化系数
4.4.2 群体间遗传距离的群体间聚类
4.4.3 群体结构分析
4.5 杂交家系资源群体多态性及与免疫性状关联的讨论
5 小结
5.1 本研究所获得的成果
5.2 本研究的创新点
5.3 下一步值得研究的问题
参考文献
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国部分汉族人群362种HLA单倍型的家系调查及重组单倍型分析[J]. 高素青,程曦,李茜,李玉珠,邓志辉. 中国实验血液学杂志. 2009(03)
[2]猪生物医学模型研究进展[J]. 王芳,牛冬,余旭平,傅衍. 动物医学进展. 2009(04)
[3]类猪圆环病毒因子P1感染对猪红细胞的影响[J]. 温立斌,何孔旺,杨汉春,倪艳秀,张雪寒,俞正玉,茅爱华. 内蒙古农业科技. 2009(02)
[4]小型猪动脉粥样硬化模型[J]. 陈华. 中国实验动物学报. 2008(05)
[5]猪SLAⅡ类基因多态性及其与抗病性状关联的研究进展[J]. 姚金梅,连林生. 中国畜牧兽医. 2008(10)
[6]猪生物医学模型的基因组学研究进展[J]. 史惠,余钗,Joan K. Lunney. 国外畜牧学(猪与禽). 2008(03)
[7]小型猪牙周感染与动脉粥样硬化复合模型的建立[J]. 丁鳌,王晓燕,唐昊喆,王勤涛. 牙体牙髓牙周病学杂志. 2008(04)
[8]SLAⅠ类基因研究新进展[J]. 陶璇,李华,李学伟,于辉,左启祯. 遗传. 2007(11)
[9]人类白细胞抗原分型技术的进展[J]. 王振雷,何路军,张飒,刘艳平,乔芳. 中国组织工程研究与临床康复. 2007(37)
[10]杜洛克、长白和大约克夏纯种猪微卫星多态性分析[J]. 赵振华,贾青,墨锋涛,锡建中,康峰,宁立娜. 江苏农业学报. 2007(02)
本文编号：3420825
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3420825.html
