Asia1型口蹄疫病毒衣壳蛋白进化踪迹分析

发布时间：2021-10-11 06:05

　　口蹄疫（Foot-and-mouth disease, FMD）是由口蹄疫病毒（FMDV）感染偶蹄动物引起的一种高度接触性传染病。FMDV易变异,已确定FMDV有7个血清型：O、A、C、SAT1、SAT2、SAT3和Asia1型。其中,Asial FMDV主要流行于亚洲国家,严重影响了畜牧业及贸易的健康发展。目前,关于Asial FMDV衣壳蛋白的功能研究还不是特别清楚。为研究VP1～VP4衣壳蛋白序列中的重要功能残基,利用同源建模方法构建出毒株Asial/YS/CHA/05的VP1～P4四聚体全长结构初始模型,而后对初始模型进行优化。利用PROCHECK在线程序对模型质量进行评价,结果表明所建模型结构可靠合理。依据晶体结构1FOD,利用DS2.5软件重叠构建Asial FMDV完整的二十面对称结构模型,可用于预测Asial FMDV病毒的衣壳蛋白序列中的重要功能残基。采用进化踪迹（Evolutionary Trace, ET）分析对52个Asial FMD毒株的衣壳蛋白VP1～VP4氨基酸序列进行分析,确定序列中共有71个组特异残基。ET分析中,依据10分区（P01～P10）对进化树... 

【文章来源】：中国农业科学院北京市

【文章页数】：50 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

AsialFMDV衣壳蛋白的结构模型

P01?PIO分区VPl，VP2,VP3和VP4蛋白序列中的踪迹残基

_1VP1?VP4四聚体的schematic模型五倍轴结构（VP1浅绿色标出，VP2浅粉标出，VP3蓝绿标出，VP4红色标出，loop区域用CPK模型标出）

【参考文献】：
期刊论文
[1]禽流感分离株GD/1/96（H5N1）非结构蛋白结构建模[J]. 郭莹莹,吴春艳,王靖飞.  中国预防兽医学报. 2010(03)



本文编号：3429931