山羊内源性鼻内肿瘤病毒enENTV-FJ1株全基因组测序及生物信息学分析

发布时间：2021-10-20 19:07

　　为了丰富山羊内源性鼻内肿瘤病毒（enENTV）全基因组序列资源,本研究从1份患羊地方性鼻内肿瘤（ENT）病羊的肾脏中经PCR扩增了1株enENTV全基因组序列,命名为enENTV-FJ1,分别对其全基因组、5’端长末端重复序列（5’LTR）基因、gag基因、env基因及其编码的氨基酸序列进行同源性分析并构建系统进化树,对enENTV的5’LTR进行酶切位点分析,并分析该株病毒的gag、env序列与enENTV、山羊地方性鼻内肿瘤病毒（ENTV-2）、绵羊鼻内肿瘤病毒1型（ENTV-1）等相关病毒参考株相应序列的差异性。结果显示,enENTV-FJ1基因组结构为LTR-gag-pro-pol-env-LTR,长度为7 923 bp;全基因组同源性分析结果显示,enENTV-FJ1株与enENTVCHN1～enENTV-CHN6 6个参考株的同源性为95.7%～97.3%,同源性最近;与ENTV-2参考株的同源性为87.0%～93.2%;enENTV-FJ1的5’LTR基因序列、gag基因及其编码的氨基酸序列与enENTV参考株相应序列的同源性分别为92.8%～99.1%、92.6%～97... 

【文章来源】：中国预防兽医学报. 2020,42(10)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

基于全基因组序列构建的en ENTV-FJ1株系统进化树

以患ENT病羊的肾脏提取的DNA为模板，采用en ENTV分段扩增引物经RT-PCR方法扩增病毒全基因组的4个片段。结果显示，扩增出与预期大小相符的4个片断目的条带（图1）。测序结果显示，各目的基因片段分别为2 267 bp、2 137 bp、2 461 bp、1 806 bp。表明，正确扩增了en ENTV-FJ1株全基因组各基因片段。2.2 en ENTV-FJ1株全基因组序列同源性及进化关系分析结果

【参考文献】：
期刊论文
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[2]山羊地方性鼻内肿瘤病毒Shaanxi株前病毒全基因组克隆及生物信息学分析[J]. 何亚鹏,付明哲,许信刚,庞文静,王景,周曼,张琪.  中国预防兽医学报. 2017(01)
[3]山羊地方性鼻内肿瘤病毒ENTV-SC株基因组cDNA文库的构建及生物信息学分析[J]. 冯迎春,颜其贵,郭万柱,王小玉,舒蕾.  中国兽医科学. 2011(02)
[4]山羊地方性鼻内腺瘤病毒和内源性逆转录病毒gag变异区的克隆与分析[J]. 王小玉,冯迎春,颜其贵,张国俊,陈瑜,韩国全,任玉鹏,郭万柱.  动物医学进展. 2011(01)

博士论文
[1]ENTV和enENTV全基因组分析及ENA组织miRNA差异表达分析[D]. 王彬.四川农业大学 2016



本文编号：3447443