猪流行性腹泻病毒S、M、ORF3基因的克隆和序列分析
发布时间:2021-10-27 09:27
猪流行性腹泻(PED)由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起,临床上以猪的呕吐、腹泻和脱水为主要特征的急性接触性肠道传染病,对哺乳仔猪的致死率可达100%,给当前我国养猪业造成了巨大的经济损失。2010年以来,该病的发病率明显升高,在免疫猪场也有发病报道,发病仔猪以腹泻、呕吐和脱水为主要特征,死亡率达80%以上,严重影响我国养猪业的健康发展。为了解我国新发疾病的病原及其主要基因的特征,作者对我国华中、华南和西南等地区12个省市的13个流行毒株的主要基因即S基因、M基因和ORF3基因进行了测序和序列分析。其中,S蛋白介导病毒与细胞的吸附和融合,并能诱导宿主产生中和抗体;M蛋白是病毒含量最高的蛋白,是跨膜蛋白,在病毒装配及出芽过程中发挥重要的作用,该蛋白也是PEDV刺激机体产生抗体保护的重要结构蛋白之一;ORF3基因所编码的蛋白为一种跨膜蛋白,该蛋白具有离子通道活性,并与病毒毒力相关。参考GenBank中登录的CV777全基因组序列(AF353511.1),本研究设计扩增PEDV S基因、ORF3基因和M基因的引物。通过优化反应条件,分别建立了S基因、ORF3基因和M基因全长扩增的RT-PCR...
【文章来源】:华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】:68 页
【学位级别】:硕士
【文章目录】:
摘要
Abstract
缩略语表
1 猪流行性腹泻研究进展
1.1 猪流行性腹泻病毒
1.2 猪流行性腹泻流行情况
1.3 猪流行性腹泻病毒S基因的研究进展
1.4 猪流行性腹泻病毒M基因的研究进展
1.5 猪流行性腹泻病毒ORF3基因的研究进展
1.6 猪流行性腹泻诊断方法研究概况
2 研究的目的及意义
3 材料与方法
3.1 实验材料
3.1.1 病料
3.1.2 试剂
3.1.3 所需主要实验器材
3.1.4 主要溶液及缓冲液的配制
3.2 实验方法
3.2.1 引物的设计与合成
3.2.2 样品处理
3.2.3 总RNA的提取
3.2.4 反转录合成cDNA
3.2.5 PCR扩增反应体系及反应条件
3.2.6 PCR产物的回收与纯化
3.2.7 PCR产物与pMD18-T载体的连接
3.2.8 感受态的制备(氯化钙法)
3.2.9 转化
3.2.10 质粒的小量制备
3.2.11 质粒的PCR鉴定
3.2.12 序列测定
3.2.13 序列分析
4 结果与分析
4.1 S基因、M基因和ORF3基因的扩增结果
4.2 质粒的鉴定、测序及序列拼接
4.3 S基因的测序结果及分析
4.3.1 S基因的分子特征分析
4.3.2 S基因的同源性分析
4.3.3 S基因的分子进化分析
4.4 M基因的测序结果及分析
4.4.1 M基因的分子特征分析
4.4.2 M基因的同源性分析
4.4.3 M基因的分子进化分析
4.4.4 PEDV M蛋白的跨膜区分析
4.5 ORF3基因的测序结果及分析
4.5.1 ORF3基因的分子特征分析
4.5.2 ORF3基因的同源性分析
4.5.3 ORF3基因的分子进化分析
4.5.4 PEDV ORF3蛋白的跨膜区分析
5 讨论
5.1 PEDV S基因
5.2 PEDV M基因
5.3 PEDV ORF3基因
6 结论
参考文献
附录
附录1
附录2
致谢
【参考文献】:
期刊论文
[1]猪病毒性腹泻分子流行病学调查[J]. 刘云波,赵洪翠,王志成,武刚,何启盖. 中国畜牧兽医. 2013(02)
[2]基于SYBR Ⅰ实时荧光定量PCR对猪流行性腹泻病毒野毒和疫苗弱毒鉴别诊断方法的建立[J]. 修金生,陈小权,王斌,李涛. 中国动物传染病学报. 2012(05)
[3]2011年福建省猪流行性腹泻的流行特点及其防治措施[J]. 张世忠,江斌. 福建畜牧兽医. 2012(02)
[4]2011年猪流行性腹泻病毒的遗传变异分析[J]. 刘孝珍,陈建飞,时洪艳,张鑫,石达,刘胜旺,冯力. 中国预防兽医学报. 2012(03)
[5]猪流行性腹泻病毒SYBRⅠ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立[J]. 修金生,周伦江,陈如敬,王隆柏,陈小权. 中国兽医科学. 2012(02)
[6]猪流行性腹泻胶体金抗体检测技术的建立及其应用[J]. 张利勃,周铁忠,王珅,高慎阳. 中国农学通报. 2011(03)
[7]猪流行性腹泻流行特点及流行现状的研究[J]. 甘振磊,汤德元,李春燕,王彬,张晓杰,王凤,刘志杰. 猪业科学. 2010(12)
[8]猪流行性腹泻的实验室诊断方法[J]. 李思银,杨亮宇,杨玉艾. 猪业科学. 2010(12)
[9]猪流行性腹泻病毒基因及其疫苗的研究[J]. 王凤,汤德元,李春燕,王彬,张晓杰,甘振磊,刘志杰. 猪业科学. 2010(12)
[10]猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒和猪A群轮状病毒多重RT-PCR检测方法的建立及临床应用[J]. 张坤,何启盖. 畜牧兽医学报. 2010(08)
硕士论文
[1]猪病毒性腹泻多重RT-PCR诊断方法的建立和应用及猪轮状病毒的分离[D]. 张坤.华中农业大学 2010
[2]猪流行性腹泻病毒结构蛋白基因的克隆与特征分析[D]. 杨敏.甘肃农业大学 2007
本文编号:3461323
【文章来源】:华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】:68 页
【学位级别】:硕士
【文章目录】:
摘要
Abstract
缩略语表
1 猪流行性腹泻研究进展
1.1 猪流行性腹泻病毒
1.2 猪流行性腹泻流行情况
1.3 猪流行性腹泻病毒S基因的研究进展
1.4 猪流行性腹泻病毒M基因的研究进展
1.5 猪流行性腹泻病毒ORF3基因的研究进展
1.6 猪流行性腹泻诊断方法研究概况
2 研究的目的及意义
3 材料与方法
3.1 实验材料
3.1.1 病料
3.1.2 试剂
3.1.3 所需主要实验器材
3.1.4 主要溶液及缓冲液的配制
3.2 实验方法
3.2.1 引物的设计与合成
3.2.2 样品处理
3.2.3 总RNA的提取
3.2.4 反转录合成cDNA
3.2.5 PCR扩增反应体系及反应条件
3.2.6 PCR产物的回收与纯化
3.2.7 PCR产物与pMD18-T载体的连接
3.2.8 感受态的制备(氯化钙法)
3.2.9 转化
3.2.10 质粒的小量制备
3.2.11 质粒的PCR鉴定
3.2.12 序列测定
3.2.13 序列分析
4 结果与分析
4.1 S基因、M基因和ORF3基因的扩增结果
4.2 质粒的鉴定、测序及序列拼接
4.3 S基因的测序结果及分析
4.3.1 S基因的分子特征分析
4.3.2 S基因的同源性分析
4.3.3 S基因的分子进化分析
4.4 M基因的测序结果及分析
4.4.1 M基因的分子特征分析
4.4.2 M基因的同源性分析
4.4.3 M基因的分子进化分析
4.4.4 PEDV M蛋白的跨膜区分析
4.5 ORF3基因的测序结果及分析
4.5.1 ORF3基因的分子特征分析
4.5.2 ORF3基因的同源性分析
4.5.3 ORF3基因的分子进化分析
4.5.4 PEDV ORF3蛋白的跨膜区分析
5 讨论
5.1 PEDV S基因
5.2 PEDV M基因
5.3 PEDV ORF3基因
6 结论
参考文献
附录
附录1
附录2
致谢
【参考文献】:
期刊论文
[1]猪病毒性腹泻分子流行病学调查[J]. 刘云波,赵洪翠,王志成,武刚,何启盖. 中国畜牧兽医. 2013(02)
[2]基于SYBR Ⅰ实时荧光定量PCR对猪流行性腹泻病毒野毒和疫苗弱毒鉴别诊断方法的建立[J]. 修金生,陈小权,王斌,李涛. 中国动物传染病学报. 2012(05)
[3]2011年福建省猪流行性腹泻的流行特点及其防治措施[J]. 张世忠,江斌. 福建畜牧兽医. 2012(02)
[4]2011年猪流行性腹泻病毒的遗传变异分析[J]. 刘孝珍,陈建飞,时洪艳,张鑫,石达,刘胜旺,冯力. 中国预防兽医学报. 2012(03)
[5]猪流行性腹泻病毒SYBRⅠ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立[J]. 修金生,周伦江,陈如敬,王隆柏,陈小权. 中国兽医科学. 2012(02)
[6]猪流行性腹泻胶体金抗体检测技术的建立及其应用[J]. 张利勃,周铁忠,王珅,高慎阳. 中国农学通报. 2011(03)
[7]猪流行性腹泻流行特点及流行现状的研究[J]. 甘振磊,汤德元,李春燕,王彬,张晓杰,王凤,刘志杰. 猪业科学. 2010(12)
[8]猪流行性腹泻的实验室诊断方法[J]. 李思银,杨亮宇,杨玉艾. 猪业科学. 2010(12)
[9]猪流行性腹泻病毒基因及其疫苗的研究[J]. 王凤,汤德元,李春燕,王彬,张晓杰,甘振磊,刘志杰. 猪业科学. 2010(12)
[10]猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒和猪A群轮状病毒多重RT-PCR检测方法的建立及临床应用[J]. 张坤,何启盖. 畜牧兽医学报. 2010(08)
硕士论文
[1]猪病毒性腹泻多重RT-PCR诊断方法的建立和应用及猪轮状病毒的分离[D]. 张坤.华中农业大学 2010
[2]猪流行性腹泻病毒结构蛋白基因的克隆与特征分析[D]. 杨敏.甘肃农业大学 2007
本文编号:3461323
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