鸡HMIT基因的克隆与表达分析
发布时间：2021-10-31 09:20
旨在克隆鸡H+/肌醇转运蛋白（H+/myoinositol transporter,HMIT）基因的转录序列,并检测HMIT基因在鸡不同组织中的表达情况,以及外源胰岛素处理对HMIT基因相对表达量的影响。本研究以AA肉鸡为试验动物,采用RT-PCR技术克隆鸡HMIT基因全编码区序列,采用生物信息学技术分析其编码蛋白的生物学特性,利用荧光定量PCR检测HMIT基因在大脑、肝、腹脂、腿肌、心、肾、空肠和回肠等组织中的表达情况,并检测其在肾和大脑中进行胰岛素处理120和240 min后的表达情况。结果表明,以NCBI预测的鸡HMIT（XM001232939.5）序列为模板设计引物,成功克隆出鸡HMIT基因（1 694 bp,GenBank登录号:MN708211）。克隆的鸡HMIT编码区全长1 380 bp,相比XM001232939.5预测的编码序列少561 bp,预测编码含有459个氨基酸组成的蛋白。核苷酸和氨基酸序列比对发现,鸡HMIT在物种间高度同源,共线性分析显示,HMIT所在的1号染色体区域在物种间也是高度保守的。HMIT编码的蛋白质是...
【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(08)北大核心CSCD
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
人和鸡HMIT蛋白结构域分析
采用NCBI上的ORF Finder 对本研究克隆得到的鸡HMIT 序列分析发现,鸡HMIT含有一个长161 bp的5′UTR,一个长1 380 bp的ORF(open reading frame),一个长153 bp的3′UTR,预测编码一个由459个氨基酸组成的蛋白。利用UCSC在线数据库的Blat查找HMIT在基因组位置和外显子的分布情况,结果发现,鸡HMIT位于1号染色体上,CDS区跨越的基因组大小为102 545 bp,共包含9个外显子,长度在109～227 bp之间,且剪接供体和受体都符合GT-AG法则。将本研究克隆得到的鸡HMIT编码序列结构与已知的人HMIT (NM_052885.4)基因结构相比(表2),克隆的鸡HMIT比人HMIT 缺少第一外显子和第二外显子的部分序列。表2 鸡与人HMIT基因CDS区基因组结构比较Table 2 Genomic structural comparison of HMIT CDS between chicken and human 外显子Exon 鸡 Chicken 人 Human 外显子区域1/bpExon region 外显子大小/bpExon size 外显子区域2/bpExon region 外显子大小/bpExon size 1 1～149 149 1～556 556 2 150～358 209 557～716 160 3 359～467 109 717～925 209 4 468～631 164 926～1 034 109 5 632～752 121 1 035～1 198 164 6 753～878 126 1 199～1 319 121 7 879～1 000 122 1 320～1 445 126 8 1 001～1 153 153 1 446～1 567 122 9 1 154～1 380 227 1 568～1 720 153 10 - - 1 721～1 947 227 1．根据鸡HMIT基因GenBank登录号：MN708211;2．根据人HMIT基因GenBank登录号：NM＿052885.41.The HMITgene of chicken GenBank ID:MN708211;2.The HMITgene of human GenBank ID:NM＿052885.4
用罗氏血糖仪检测胰岛素和PBS处理后不同时间点鸡的血糖浓度,结果显示(图7B),注射60、120和240 min后,INS组血糖浓度极显著低于PBS组(P<0.01),且血糖浓度在120 min达到最低。组织表达结果显示,鸡HMIT在大脑和肾表达量最高,血糖检测结果显示,胰岛素处理后120和240 min血糖浓度较低。通过荧光定量PCR检测HMIT基因在肾和大脑中外源胰岛素处理120和240 min后的表达情况,结果显示,在肾的INS组中(图7C),HMIT在240 min的表达量显著高于120 min(P<0.05),在240 min时,肾中HMIT在INS组的表达量显著低于PBS组(P<0.05)。在大脑的INS组中(图7D),HMIT在240 min的表达量同样高于120 min,但未达到显著水平,在240 min 时,大脑中HMIT在INS组的表达量显著低于PBS组(P<0.05),表现出与肾中同样的表达规律。图3 HMIT基因组区域的保守共线性
【参考文献】：
期刊论文
[1]猪Nrf2基因克隆、生物信息学分析及启动子区转录活性分析[J]. 刘宗立,陈涛,杨丹丹,崔景香,李川皓,曾勇庆,陈伟. 畜牧兽医学报. 2019(07)
[2]猪MYNN基因可变剪接体的克隆及表达特性研究[J]. 郭晓红,李萌,高鹏飞,曹果清,成志敏,张宁芳,乐宝玉,刘剑锋,刘小军,李步高. 畜牧兽医学报. 2018(03)
本文编号：3467868
【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(08)北大核心CSCD
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
人和鸡HMIT蛋白结构域分析
采用NCBI上的ORF Finder 对本研究克隆得到的鸡HMIT 序列分析发现,鸡HMIT含有一个长161 bp的5′UTR,一个长1 380 bp的ORF(open reading frame),一个长153 bp的3′UTR,预测编码一个由459个氨基酸组成的蛋白。利用UCSC在线数据库的Blat查找HMIT在基因组位置和外显子的分布情况,结果发现,鸡HMIT位于1号染色体上,CDS区跨越的基因组大小为102 545 bp,共包含9个外显子,长度在109～227 bp之间,且剪接供体和受体都符合GT-AG法则。将本研究克隆得到的鸡HMIT编码序列结构与已知的人HMIT (NM_052885.4)基因结构相比(表2),克隆的鸡HMIT比人HMIT 缺少第一外显子和第二外显子的部分序列。表2 鸡与人HMIT基因CDS区基因组结构比较Table 2 Genomic structural comparison of HMIT CDS between chicken and human 外显子Exon 鸡 Chicken 人 Human 外显子区域1/bpExon region 外显子大小/bpExon size 外显子区域2/bpExon region 外显子大小/bpExon size 1 1～149 149 1～556 556 2 150～358 209 557～716 160 3 359～467 109 717～925 209 4 468～631 164 926～1 034 109 5 632～752 121 1 035～1 198 164 6 753～878 126 1 199～1 319 121 7 879～1 000 122 1 320～1 445 126 8 1 001～1 153 153 1 446～1 567 122 9 1 154～1 380 227 1 568～1 720 153 10 - - 1 721～1 947 227 1．根据鸡HMIT基因GenBank登录号：MN708211;2．根据人HMIT基因GenBank登录号：NM＿052885.41.The HMITgene of chicken GenBank ID:MN708211;2.The HMITgene of human GenBank ID:NM＿052885.4
用罗氏血糖仪检测胰岛素和PBS处理后不同时间点鸡的血糖浓度,结果显示(图7B),注射60、120和240 min后,INS组血糖浓度极显著低于PBS组(P<0.01),且血糖浓度在120 min达到最低。组织表达结果显示,鸡HMIT在大脑和肾表达量最高,血糖检测结果显示,胰岛素处理后120和240 min血糖浓度较低。通过荧光定量PCR检测HMIT基因在肾和大脑中外源胰岛素处理120和240 min后的表达情况,结果显示,在肾的INS组中(图7C),HMIT在240 min的表达量显著高于120 min(P<0.05),在240 min时,肾中HMIT在INS组的表达量显著低于PBS组(P<0.05)。在大脑的INS组中(图7D),HMIT在240 min的表达量同样高于120 min,但未达到显著水平,在240 min 时,大脑中HMIT在INS组的表达量显著低于PBS组(P<0.05),表现出与肾中同样的表达规律。图3 HMIT基因组区域的保守共线性
【参考文献】：
期刊论文
[1]猪Nrf2基因克隆、生物信息学分析及启动子区转录活性分析[J]. 刘宗立,陈涛,杨丹丹,崔景香,李川皓,曾勇庆,陈伟. 畜牧兽医学报. 2019(07)
[2]猪MYNN基因可变剪接体的克隆及表达特性研究[J]. 郭晓红,李萌,高鹏飞,曹果清,成志敏,张宁芳,乐宝玉,刘剑锋,刘小军,李步高. 畜牧兽医学报. 2018(03)
本文编号：3467868
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