三个不同填饲阶段朗德鹅肥肝转录组测序及ACAA1基因的克隆
发布时间：2021-11-04 14:36
肝脏在脂质代谢、消化、吸收、合成和分解过程中均发挥关键作用。在强饲状态下,鹅能将大量脂肪沉积在肝脏中,导致肝脂肪变性,但不损害肝脏的功能。在停止饲喂后,鹅肥肝可以恢复到正常状态。鹅肥肝的研究无论是在医学还是在畜禽分子育种上,均具有重要意义。本试验使用Roche 454 GSFLX测序平台对朗德鹅三个不同填饲状态下的肝脏组织进行测序,对挖掘到的ACAA1基因进行克隆测序分析,结果如下:1.通过转录组测序,共获得3,824,961个原始转录本,其中正常组（NL）,填饲组（FL）和恢复组（CL）分别为1,423,917、1,153,743和1,247,301个。包括37,973个isogenes,通过BLASTX对比,发现19,752个（所有序列的52.02%）isogenes与公共数据库匹配良好。2.进一步进行功能注释分析发现:具有GO注释的unigenes有3562个,具有COG注释的有1,196个,注释到KEGG通路的有285个,这些基因主要涉及脂肪酸合成、代谢、结合等途径。3.基于三个文库的差异表达基因比较,鉴定出1,156个差异表达的转录本,主要涉及糖类代谢、脂质合成、代谢、分泌和...
【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
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在生物过程类别中，前三项分别为细胞过程、代谢过程和单一生物过程。在??细胞组分中条目最多的的前三项为细胞、细胞部分和细胞器。在分子功能类别中，??结合和催化活性的频率最高（图４）。在这些ＧＯ分类中“”ｃｅｌｌ?ｋｉｌｌｉｎｇ，?ｎｕｃｌｅｏｉｄ，??ｓｙｍｐｌａｓｔ，?ｖｉｒｉｏｎ，?ｃｈｅｍｏｒｅｐｅｌｌｅｎｔ?ａｃｔｉｖｉｔｙ，?ｃｈｅｍｏａｔｔｒａｃｔａｎｔ?ａｃｔｉｖｉｔｙ，?ｎｕｔｒｉｅｎｔ?ｅａｓｅｒｖｏｉｒ??ａｃｔｉｖｉｔｙ，ｒｅｃｅｐｔｏｒ?ｒｅｇｕｌａｔｏｒ?ａｃｔｉｖｉｔｙ，?ａｎｔｉｏｘｉｄａｎｔ?ａｃｔｉｖｉｔｙ?等注释被发现。这些?ＧＯ??注释为研究鹅的特定生物过程、功能及细胞结构提供了有价值的资源。??１００?－１?「１４２９２??ｉ?：?｜｜?ｌｉｌｉｌｉ?ｉｉｉｉｉｉｉｌ?１?ｉ，?１ＩＩ，???Ｉ??Ｉ?Ｊｌ丨丨丨丨丨丨丨丨Ｉ丨丨丨丨丨丨丨丨丨ＪＩＩ?ＩＭ?：?七Ｉ??／觀罐”：舞’??／／／；／?／／／／／??ｂｉｏｌｏｇｌｃａｌｊＤｒｏｃｅｓｓ?ｃｅｌｌｉ?ｊｔｅｒ＿ｃｏｍ?ｐａｎｅｎｌ?ｍｏｌｅｃｕｌａ＾ｆｕｎｃｔｉｃｗｉ??图４拼接的ｉｓｏｇｅｎｅｓ?ＧＯ分类??Ｆｉｇ．?４?Ｇｅｎｅ?Ｏｎｔｏｌｏｇｙ?（ＧＯ）?ｃａｔｅｇｏｒｉｅｓ?ｏｆ?ｔｈｅ?ａｓｓｅｍｂｌｅｄ?ｉｓｏｇｅｎｅｓ．??将所有ｉｓｏｇｅｎｅｓ经ＮＲ数据库筛选后与ＣＯＧ，?ＫＯＧ数据库进行比对，发??现有４，３５１、７，４３３个ｉｓｏｇｅｎｅｓ分别分配到ＣＯＧ和ＫＯＧ功能类别中。在２５个??ＣＯＧ功能类别（图５）中
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【参考文献】：
期刊论文
[1]半番鸭与番鸭精巢组织差异表达转录组测序分析[J]. 李丽,缪中纬,辛清武,朱志明,章琳俐,庄晓东,郑嫩珠. 中国农业科学. 2017(18)
[2]白来航蛋鸡产蛋前后肝转录组功能分析[J]. 李慧锋,张臻,朱文进,张同玉,郭文婕,蔡永强,朱芷葳,张利环. 畜牧兽医学报. 2017(09)
[3]鹅等级前卵泡组织转录组测序分析[J]. 孙永峰,武惠岩,王子遒,路洪涛,李书哲,杨威,隋玉健. 中国畜牧杂志. 2017(06)
[4]北京鸭腹部脂肪组织的转录组特征分析[J]. 陈黎,李国勤,田勇,沈军达,陶争荣,徐坚,曾涛,卢立志. 浙江农业学报. 2016(05)
[5]鹅乙酰辅酶A酰基转移酶2基因的克隆及其在鹅肥肝形成过程中的表达变化[J]. 王倩倩,杨彪,夏丽丽,孙晓先,耿拓宇,龚道清. 畜牧兽医学报. 2016(04)
[6]填饲期肥肝鹅脂肪沉积、血脂成分和脂类代谢酶的变化规律[J]. 王宝维,舒常平,葛文华,岳斌,张名爱,姜杨. 中国农业科学. 2014(08)
[7]鹅DHRS7基因克隆、序列分析及其在鹅肥肝形成过程中的表达特点[J]. 何桦,潘志雄,刘贺贺,李乐,夏露,胡深强,鲁凯,董霞,李亮,王继文. 畜牧兽医学报. 2012(09)
[8]朗德鹅C/EBPα基因的克隆及不同处理对其在肝脏中表达的影响[J]. 于莎莉,张翔,苏胜彦,周阳,李齐发,谢庄. 畜牧兽医学报. 2011(04)
[9]鹅肥肝中脂肪酸沉积规律研究[J]. 刘振春,段绪,李慧,李侠,吴伟. 食品科学. 2010(23)
[10]鹅Perilipin基因部分片段的克隆、不同品种及填饲对组织mRNA表达水平的影响[J]. 潘志雄,王继文,唐慧,向梳瑕,王静,吕佳,杨超,韩春春. 畜牧兽医学报. 2010(08)
本文编号：3475929
【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
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在生物过程类别中，前三项分别为细胞过程、代谢过程和单一生物过程。在??细胞组分中条目最多的的前三项为细胞、细胞部分和细胞器。在分子功能类别中，??结合和催化活性的频率最高（图４）。在这些ＧＯ分类中“”ｃｅｌｌ?ｋｉｌｌｉｎｇ，?ｎｕｃｌｅｏｉｄ，??ｓｙｍｐｌａｓｔ，?ｖｉｒｉｏｎ，?ｃｈｅｍｏｒｅｐｅｌｌｅｎｔ?ａｃｔｉｖｉｔｙ，?ｃｈｅｍｏａｔｔｒａｃｔａｎｔ?ａｃｔｉｖｉｔｙ，?ｎｕｔｒｉｅｎｔ?ｅａｓｅｒｖｏｉｒ??ａｃｔｉｖｉｔｙ，ｒｅｃｅｐｔｏｒ?ｒｅｇｕｌａｔｏｒ?ａｃｔｉｖｉｔｙ，?ａｎｔｉｏｘｉｄａｎｔ?ａｃｔｉｖｉｔｙ?等注释被发现。这些?ＧＯ??注释为研究鹅的特定生物过程、功能及细胞结构提供了有价值的资源。??１００?－１?「１４２９２??ｉ?：?｜｜?ｌｉｌｉｌｉ?ｉｉｉｉｉｉｉｌ?１?ｉ，?１ＩＩ，???Ｉ??Ｉ?Ｊｌ丨丨丨丨丨丨丨丨Ｉ丨丨丨丨丨丨丨丨丨ＪＩＩ?ＩＭ?：?七Ｉ??／觀罐”：舞’??／／／；／?／／／／／??ｂｉｏｌｏｇｌｃａｌｊＤｒｏｃｅｓｓ?ｃｅｌｌｉ?ｊｔｅｒ＿ｃｏｍ?ｐａｎｅｎｌ?ｍｏｌｅｃｕｌａ＾ｆｕｎｃｔｉｃｗｉ??图４拼接的ｉｓｏｇｅｎｅｓ?ＧＯ分类??Ｆｉｇ．?４?Ｇｅｎｅ?Ｏｎｔｏｌｏｇｙ?（ＧＯ）?ｃａｔｅｇｏｒｉｅｓ?ｏｆ?ｔｈｅ?ａｓｓｅｍｂｌｅｄ?ｉｓｏｇｅｎｅｓ．??将所有ｉｓｏｇｅｎｅｓ经ＮＲ数据库筛选后与ＣＯＧ，?ＫＯＧ数据库进行比对，发??现有４，３５１、７，４３３个ｉｓｏｇｅｎｅｓ分别分配到ＣＯＧ和ＫＯＧ功能类别中。在２５个??ＣＯＧ功能类别（图５）中
赴?硕?焙汀昂私峁埂敝挥猩偈?椋螅铮纾澹睿澹螅崳?匹配。然而，没有ｉｓｏｇｅｎｅｓ分配到“细胞外结构”类别。在２５个ＫＯＧ类别（图６）??中，“信号转导机制”、“一般功能预测”和“翻译后修饰、蛋白质周转率、分子伴??侣”占主导地位。而“细胞壁／膜／胞膜生物发生”，“核结构”和“细胞运动”比例很小。??另外，１５４个，６７７个和ｉｓｏｇｅｎｅｓ没有被赋予任何功能类别的ＣＯＧ，ＫＯＧ。??ＣＯＧ?Ｆｕｎｃｔｉｏｎ?Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ??Ａ：?ＲＭＡ?ｐｒｏｃｅｓｓ?ｎｇ?ａｎｄ?ｍｏｄｉｆｔｅａｌｉｃｗ??Ｂ?：?ＣｔｆｆｏｒｎＢｌｉｎ?ｓｔｆｕｃｌｕｒｅ?ａｔｖｄ?ｄｙｒｖａｍｃａ??Ｃ?：?Ｅｎｅｒｇｙ?ｐｒｏｄｕｃｌｓｏｎ?ａｒ＞ｄ?＃樱荆鳎澹颍螅椹枺睿崳?Ｄ?：?Ｃｅｌｌ?ｔｙｅｌｅ?说?＿ｌｌ?切吣巾〇势ｒＮ？?ｐ＊ｒ；ｉＵｏｎｉｎｇ??Ｅ?：?Ａｍｉｎａ?ａｃ４ｄ?ｉｒａｎｓｐｗｔ?ａｎｄ?ｍｅＥａｂｏｆｅｓｍ??１１０４?－?Ｆ?：?Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ?ｔｆａａｓｐｏｒ?ａｎｄ?ｎ？ｌａｆｃｏｌｉｓｍ??Ｇ?Ｃａｒｂｏｈｙ－ｄｒａｔｅ?Ｉｒａｎｓｐ＾ｔ?ａｒｉｄ?ｍｅｌ：ａｂ？＞Ｓｒｓｒｎ??＾?Ｈ?：?ＣｂＳｒｔｔｙｍｅ?Ｓｒａｒ＾ｐＯｒｔ?ａｎｄ?ＰｌｉａｔａｂｏＢＳｉＴｌ??运－?Ｋ：?Ｌｉｐｅｄ?ｔｒａｎｓｐｏｒｔ?ａｒｅｄ?ｒｎｅｃａｂｏｌＢｍ??，旨＞?８．２８?一?■?ｊ?：?Ｔｆａ＿ｔｉ〇ｎ，咖§〇＿?软ｆｙｄ脚挪?ｂｔｏｇｅｎｅｓａｓ??ＺＤ?■?Ｋ?：?Ｔｒａｎｓ?ｃｒｉｐｌｉａｎ??Ｏ?Ｉ?Ｌ?：?Ｒｅｐｌｒｃｆｔｔｉｏｎ
【参考文献】：
期刊论文
[1]半番鸭与番鸭精巢组织差异表达转录组测序分析[J]. 李丽,缪中纬,辛清武,朱志明,章琳俐,庄晓东,郑嫩珠. 中国农业科学. 2017(18)
[2]白来航蛋鸡产蛋前后肝转录组功能分析[J]. 李慧锋,张臻,朱文进,张同玉,郭文婕,蔡永强,朱芷葳,张利环. 畜牧兽医学报. 2017(09)
[3]鹅等级前卵泡组织转录组测序分析[J]. 孙永峰,武惠岩,王子遒,路洪涛,李书哲,杨威,隋玉健. 中国畜牧杂志. 2017(06)
[4]北京鸭腹部脂肪组织的转录组特征分析[J]. 陈黎,李国勤,田勇,沈军达,陶争荣,徐坚,曾涛,卢立志. 浙江农业学报. 2016(05)
[5]鹅乙酰辅酶A酰基转移酶2基因的克隆及其在鹅肥肝形成过程中的表达变化[J]. 王倩倩,杨彪,夏丽丽,孙晓先,耿拓宇,龚道清. 畜牧兽医学报. 2016(04)
[6]填饲期肥肝鹅脂肪沉积、血脂成分和脂类代谢酶的变化规律[J]. 王宝维,舒常平,葛文华,岳斌,张名爱,姜杨. 中国农业科学. 2014(08)
[7]鹅DHRS7基因克隆、序列分析及其在鹅肥肝形成过程中的表达特点[J]. 何桦,潘志雄,刘贺贺,李乐,夏露,胡深强,鲁凯,董霞,李亮,王继文. 畜牧兽医学报. 2012(09)
[8]朗德鹅C/EBPα基因的克隆及不同处理对其在肝脏中表达的影响[J]. 于莎莉,张翔,苏胜彦,周阳,李齐发,谢庄. 畜牧兽医学报. 2011(04)
[9]鹅肥肝中脂肪酸沉积规律研究[J]. 刘振春,段绪,李慧,李侠,吴伟. 食品科学. 2010(23)
[10]鹅Perilipin基因部分片段的克隆、不同品种及填饲对组织mRNA表达水平的影响[J]. 潘志雄,王继文,唐慧,向梳瑕,王静,吕佳,杨超,韩春春. 畜牧兽医学报. 2010(08)
本文编号：3475929
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