香猪3种组织环状RNA的表达及其功能分析

发布时间：2021-11-06 14:22

　　本研究旨在探索环状RNA（circular RNA,circRNA）在香猪皮肤、皮下脂肪及背最长肌的表达及其潜在功能。本研究采用RNA-Seq技术和生物信息学方法,分析香猪皮肤、皮下脂肪及背最长肌circRNA的表达,对3种组织特有circRNA亲本基因进行GO和KEGG富集分析,对样品组织结构功能相关亲本基因中circRNA结合的靶miRNA进行预测。从香猪3种组织表达谱中共鉴定出6 483个circRNAs,皮肤、皮下脂肪及背最长肌分别鉴定出4 575、5 180、5 219个circRNAs,其中特异性表达的分别有83、234、586个;circRNAs在染色体上分布广泛,主要来源于外显子,少数来源于内含子和基因间隔区;多数circRNAs表达量较低;皮肤特有circRNAs的亲本基因主要参与蛋白水解、RNA转运、缝隙连接等过程,其中NF1、MAPK1等亲本基因与皮肤性疾病相关,可能以circRNAs的形式发挥作用,其中亲本基因MAPK1中的circRNA（circ-MAPK1）可结合miR-18a、miR-132、miR-411等,可能参与调控胶原蛋白的形成;皮下脂肪特有cir... 

【文章来源】：中国畜牧兽医. 2020,47(12)北大核心

【文章页数】：12 页

【部分图文】：

circRNA数量分布维恩图

circRNA来源比例

circRNA在染色体上分布

【参考文献】：
期刊论文
[1]miR-18a对人正常滋养细胞中MMP-2、MMP-9表达的影响[J]. 杨洋,陈蕊,王稳莹,刘成娟.  国际妇产科学杂志. 2019(04)
[2]miR-181a对牛骨骼肌卫星细胞分化的影响[J]. 朱新峰,李树峰,严云勤,佟慧丽,郝卫杰,朱月.  黑龙江畜牧兽医. 2017(21)
[3]中国小型猪种——香猪[J]. 张博生,马君峰.  畜牧兽医杂志. 2015(04)

博士论文
[1]miR-378a-3p、miR-107和相关circRNA调控牛肌细胞发育的机制研究[D]. 魏雪锋.西北农林科技大学 2017



本文编号：3479991